Formation sur la publication des données de biodiversité dans le réseau GBIF et leur aptitude à être utilisées, édition 2011 Comment le DwC-A a changé.

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1 Formation sur la publication des données de biodiversité dans le réseau GBIF et leur aptitude à être utilisées, édition 2011 Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité Michael Akbaraly(akbaraly@gbif.fr) IT Engineer GBIF France Buenos Aires (Argentina) 28 September 2011

2 Rappel : Standards d'échange ABCD (TDWG Standard) > 1200 concepts XML Utilisé par BioCase, Tapir Darwin Core (pre-standard v. 1.2, 47 versions) 48 concepts, specimens XML Utilisé par DiGIR Darwin Core (pre-standard v. 1.4) 46 concepts (plus extensions), specimens XML Utilisé par Tapir Darwin Core (TDWG Standard) 172 concepts (156 dans Simple Darwin Core), données de biodiversité CSV, XML, RDF, JSON, … Utilisé par Tapir, Darwin Core Archive ou fichier texte

3 Darwin Core Archive Données PrimairesDonnées TaxonomiquesMétadonnées http://www.quelquepart.org/data.zip

4 Darwin Core Archive Contenu de l'archive Une archive correspond à un jeu de données Fichiers formatés par le standard Darwin Core Données d’occurrences ou taxonomiques Métadonnées sous format EML

5 Format simple (fichiers texte) Processus de récolte efficace (fichier unique) Stockage efficace (archive compressée) Facilité d'accès (ne nécessite pas de logiciel spécifique) Extensible (fichiers liées dans une archive unique) Darwin Core Archive: Avantages Format d'échange préferé pour la publication des données sur le réseau GBIF

6 Darwin Core Archive: Anatomie Les archives ont toujours un fichier de métadonnées EML

7 Ecological Metadata Language (EML) Titre et Description Citation and Attribution Contacts et Auteurs Couverture Géographique Méthode d'échantillonage Bibliographie Et plus... Décrit les jeux de données – même ceux qui ne sont pas publiés

8 Darwin Core Archive: Anatomie Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File)

9 Types de fichier de données principal (Core data file) Données taxonomiques – une espèce par ligne Données d'occurrences – une par ligne OU

10 Darwin Core Archive: Anatomie Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File)

11 Le fichier principal a une colonne “ID_Principal” unique pour chaque enregistrement du fichier Darwin Core Archive: Anatomie

12 Les colonnes sont mises en correspondance avec les concepts DarwinCore Darwin Core Archive: Anatomie

13 Les colonnes ne correspondant pas à un concept DarwinCore peuvent être rajoutées, mais seront ignorées “Wingspan” n'est pas un concept Darwin Core Darwin Core Archive: Anatomie

14 1) Renommer les colonnes dans le fichier Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore Darwin Core Archive: Anatomie

15 2) Faire la correspondance des champs dans le fichier meta.xml Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore Darwin Core Archive: Anatomie

16 meta.xml décrit les colonnes du fichier de données principal (species.txt) Plus d'informations sur le meta.xml plus tard... Darwin Core Archive: Anatomie

17 Les archives peuvent inclure des extensions Species.txt Common_names.txt Les extensions permettent de relier plusieurs enregistrements à un enregistrement principal Les extensions sont reliées au fichier principal par l'ID_Principal Darwin Core Archive: Anatomie

18 GBIF héberge les définitions des extensions http://rs.gbif.org/extension/

19 Plusieurs extensions peuvent être reliées au fichier principal Darwin Core Archive: Anatomie

20 Tous les fichiers sont stockées dans un seul dossier Darwin Core Archive: Anatomie

21 Le dossier est zippé Ceci est une archive DarwinCore Fichiers de données Fichier de correspondance des colonnes (meta.xml) Fichier de métadonnées (eml.xml) Darwin Core Archive: Anatomie

22 http://www.organisation.org /my_data.zip Les archives sur un serveur web peuvent être accessible par une URL. Partagez cette URL pour publier vos données! Darwin Core Archive: Publication

23 Darwin Core Archive: Options de Publication

24 GBIF Spreadsheet Templates

25 Integrated Publishing Toolkit

26 Data Hosting Centers

27 Darwin Core Mapping Assistant Metafile http://tools.gbif.org/dwca-assistant/

28 Darwin Core Mapping Assistant

29 GBIF Darwin Core Archive Spreadsheet Templates: Les données sont déja sous forme de tableur Création d'une simple archive IPT: Créer/gérer plusieurs archives venant de plusieurs jeux de données Gérer les archives provenant de plusieurs organisations Édition des métadonnées sous le GBIF Metadata Profile Création manuelle: Automatisation de la creation des archives Customisation Centre d'hébergement: Économie d'échelle Infrastructure et assistance Un peu de tout ça... Darwin Core Archive: Options de publication

30 GB18 Training Session - Jour 1 Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité Michael Akbaraly / Anne-Sophie Archambeau / Nicolas Noé GBIF France - BeBIF Global Biodiversity Information Facility (GBIF) 28/09/11