Anne Sophie Archambeau GBIF France Buenos Aires (Argentina) 28 September 2011 Training course on biodiversity data publishing and.

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1 Anne Sophie Archambeau (archambeau@gbif.fr) GBIF France Buenos Aires (Argentina) 28 September 2011 Training course on biodiversity data publishing and fitness-for-use in the GBIF Network, 2011 edition Comment publier des listes de nom/taxonomiques

2 Processus de publication des données

3 Qu’est-ce qu’une checklist? Liste contenant un ensemble de noms scienifiques qui réfèrent implicitement ou explicitement à un taxon. Cet ensemble peut être contraint par: -Groupe taxonomique, -Région géographique, -Thème -La combinaison des trois

4 Types de ressources Listes de noms Listes nomenclaturales Listes taxonomiques Checklist annotée Listes florales ou faunales Monographes “Hyam. R., Standardisation of Data Exchange in the Pan-European Species-directories Infrastructure (PESI) Deliverable D 4.1”

5 Who uses checklists? Taxonomistes Catalog of Life (aggregateur) Gestionnaires de zone protégée Organismes de protection Décideurs Ecologistes

6 Où trouver les checklists? Les checklists seront explorables et accessibles sur le portail du GBIF en 2012.

7 Utiliser Darwin Core Archive pour préparer une checklist Checklist de métadonnées Checklist de données – extensions Documentation: ‘Best practices’

8 Checklist de métadonnées Requiert la documentation sur la provenance et la portée des jeux de données afin de publier des checklists de données sur le GBIF. La documentation des jeux de données permet aux utilisateurs d’évaluer l’adéquation à l’usage d’un jeu de données.

9 Checklist data Taxon taxonID | acceptedNameUsageID | acceptedNameUsage | parentNameUsageID | parentNameUsage | originalNameUsageID | originalNameUsage | nameAccordingToID | nameAccordingTo | namePublishedInID | namePublishedIn | taxonConceptID | scientificNameID | scientificName | scientificNameAuthorship | higherClassification | kingdom | phylum | class | order | family | genus | subgenus | specificEpithet | infraspecificEpithet | taxonRank | verbatimTaxonRank | vernacularName | nomenclaturalCode | taxonomicStatus | nomenclaturalStatus | taxonRemarks | modified | language | rights | rightsHolder | accessRights | bibliographicCitation | informationWithheld | datasetID | datasetName | source

10 Checklist data: Extensions Vernacular names vernacularName | source | language | temporal | locationID | locality | countryCode | sex | lifeStage | isPlural | isPreferredName | organismPart | taxonRemarks Species descriptions description | type | source | language | creator | contributor | audience | license | rightsHolder Species distributions locationID | locality | countryCode | lifeStage | occurrenceStatus | threatStatus | establishmentMeans | appendixCITES | eventDate | startDayOfYear | endDayOfYear | source | occurrenceRemarks

11 Checklist data: Extensions References identifier | bibliographicCitation | title | creator | date | source | description | subject | language | rights | taxonRemarks | type Type information bibliographicCitation | occurrenceID | institutionCode | collectionCode | catalogNumber | typeStatus | scientificName | taxonRank | identificationRemarks | locality | sex | recordedBy | source | verbatimEventDate | verbatimLabel | verbatimLongitude | verbatimLatitude

12 Checklist data: Extensions Links and identifiers – Dynamic links – Alternative identifiers identifier | title | subject | format | – Resource relationship resourceRelationshipID | relatedResourceID | relationshipOfResource | relationshipAccordingTo | relationshipEstablishedDate | relationshipRemarks | scientificName

13 Checklist best practices Sharing scientific names Publishing classifications Publishing synonymy Metadata citation and attribution

14 Spreadsheet processor 1.Télécharger le tableur http://tools.gbif.org/spreadsheet- processor/templates/metadata/metadata-1_v1.xls http://tools.gbif.org/spreadsheet- processor/templates/metadata/metadata-1_v1.xls 2.Le remplir 3.Le transformer en utilisant le spreadsheet processor http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor/ http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor/ 4.Valider l’archive avec le Darwin Core Archive Validator http://tools.gbif.org/dwca-validator/ 5.Publier l’archive grace à une URL publique

15 IPT 1.Créer une nouvelle ressource dans l’IPT -Inclure les extensions (si besoin) -Suivre les ‘best practices’ 2.Remplir les métadonnées -Fournir les informations d’utilisation pour l’utilisateur de cette checklist 3.La publier -Fichier principal -Document sur les métadonnées -Fichiers d’extensions -Fichier de description de l’archive

16 Ressources Publishing Species Checklists, Best Practices Publishing Species Checklists, Step-by-Step Guide GBIF GNA Profile Reference Guide for Darwin Core Archive, Core Terms and Extensions

17 Presenter (email) Role Organization Buenos Aires (Argentina) 28 September 2011 Training course on biodiversity data publishing and fitness-for-use in the GBIF Network, 2011 edition How to publish taxonomic data