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POLYMORPHISME GENETIQUE. LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES Marqueurs morphologiques Marqueurs morphologiques - Complexité danalyse - Influence.

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1 POLYMORPHISME GENETIQUE

2 LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES Marqueurs morphologiques Marqueurs morphologiques - Complexité danalyse - Influence de lenvironnement - Représentation partielle du génome - Faible polymorphisme - Expression tardifs des caractères Marqueurs biochimiques Marqueurs biochimiques - Complexité danalyse - Influence de lenvironnement - Représentation partielle du génome - Faible polymorphisme - Expression tardifs des caractères Marqueurs ADN Marqueurs ADN

3 Localisation des marqueurs ADN ADN Chloroplastique ADN Chloroplastique ADN mitochondrial Gène, ADNanonyme ADN mitochondrial Gène, ADNanonyme ADN nucléaire ADN nucléaire

4 Les diffèrents types de marqueurs polymorphes ADN Polymorphismes de longueur RFLP RFLP AFLP AFLP RAPD RAPD Minisatellite Minisatellite Microsatellite Microsatellite Mutation ponctuelle ou SNP

5 Définition et propriétés des marqueurs Polymorphisme Polymorphisme Liaison Liaison

6 Polymorphisme Taux 1 à 5% est fonction de: - Environnement - Environnement - Composition du génome (Hot spot, cite fragile etc.…) - Composition du génome (Hot spot, cite fragile etc.…) - Mutations - Mutations - Situation de la population (consanguinité, dérive génétique, sélection etc.…) - Situation de la population (consanguinité, dérive génétique, sélection etc.…)

7 PIC (polymorphisme information content) - Varie de 0 à 1 - Proportion dindividus informatifs dans une population idéale - Influencé par: Nombre dallèles Le type de transmission du locus (dominant ou codominant) La composante de la famille en individus (homozygotes ou hétérozygotes)

8 Liaison Absence de recombinaison Absence de recombinaison Distance génétique réduite (<20cM) Distance génétique réduite (<20cM) Déséquilibre de liaison Déséquilibre de liaison SAM Cartographie génétique Diagnostique génétique Introgression

9 Equilibre de liaison: - Présence de recombinaison - Population en équilibre de H.W (absence de sélection, migration, mutation ou dérive génétique)

10 ORIGINE DU POLYMORPHISME Mutation ponctuelle Mutation ponctuelle Mutation large: Mutation large: - Insertion - Délétion - C.O inégaux - Slippage - Erreurs dans le système de réparation de lADN

11 INTERÊT DUN MARQUEUR Précocité du typage Précocité du typage Rapidité dutilisation Rapidité dutilisation Coût faible Coût faible Détermination du génotype au marqueur possible chez tout animal Détermination du génotype au marqueur possible chez tout animal Marqueurs ADN Marqueurs ADN

12 DOMAINES DAPPLICATIONS Marqueurs très polymorphes Marqueurs très polymorphes SAM Marqueurs liés Caractérisation Marqueurs liés Cartographie Marqueurs liés Clonage positionnelle Cartographie dintervalle Phylogénie Marqueurs non liés Pop de la même espèce (marqueurs microsatellites) Entre espèces différentes (ex. gène Hox) Lig. Mat. (marq. Mito)

13 Marqueur moyennement polymorphe: - Etude de caractérisation sur populations très réduite en nombre - Etude de caractérisation sur populations consanguines - Etude de caractérisation sur un faible échantillon

14 Comment palier a un problème dinformativité ? Situation: Région chromosomique importante Problème: Absence de marqueurs polymorphe Solution: Haplotype (marqueur ADN génétiquement très liés)

15 Stratégie détablissement des cartes génétiques Constitution dune collection dADN génomique de familles de référence Constitution dune collection dADN génomique de familles de référence - 02 parents et 10 à 30 produits à 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque dADN génomique Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque dADN génomique Typage des individus du panel de référence pour les marqueurs étudiés Typage des individus du panel de référence pour les marqueurs étudiés Centralisation des résultats et analyse de liaison Centralisation des résultats et analyse de liaison

16 RFLP Marqueur ADN Sonde ADN: -Radioactif -Fluorescente Enzyme de restriction

17 Mécanisme de génération du polymorphisme RFLP Mutation ponctuelle Mutation ponctuelle Insertion Insertion - Transposant - Virus Duplication Duplication

18 Techniques de mise en évidence Southern blot Southern blot PCR/RFLP PCR/RFLP

19 Southern blot Principe de la technique Principe de la technique - Digestion de lADN par enzyme de restriction - Electrophorèse sur gel dagarose - Hybridation avec une sonde - Mise en évidence Limite de la technique Limite de la technique - Quantité dADN - Toxicité - Nécessité de connaître la région étudié

20 PCR/RFLP Principe Principe - Amplification de lADN - Digestion enzymatique - Electrophorèse sur gel dagarose Avantage de la technique Avantage de la technique - Rapidité - Automatisation de la technique - Pas de toxicité

21 Caractéristiques Nombre dallèle faible Nombre dallèle faible Ne représente quune faible proportion de la variabilité génétique Ne représente quune faible proportion de la variabilité génétique Seules les mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en évidence

22 Comment en peut palier au problème du polymorphisme? Les Haplotypes Les Haplotypes


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