La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Phylogénie et distances génétique. Historique Ernst HÆCKEL en 1866 Ernst HÆCKEL en 1866 formation des espèces animales et végétales au cours du temps.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Phylogénie et distances génétique. Historique Ernst HÆCKEL en 1866 Ernst HÆCKEL en 1866 formation des espèces animales et végétales au cours du temps."— Transcription de la présentation:

1 Phylogénie et distances génétique

2 Historique Ernst HÆCKEL en 1866 Ernst HÆCKEL en 1866 formation des espèces animales et végétales au cours du temps formation des espèces animales et végétales au cours du temps

3 Domaine de la biologie évolutive Domaine de la biologie évolutive la recherche des relations de parenté entre taxons la recherche des relations de parenté entre taxons Classiquement représentées par un arbre de classification Classiquement représentées par un arbre de classification

4 Arbre phylogénétique Figure en deux dimensions constituée de: racine Figure en deux dimensions constituée de: racine branches branches nœuds: internes nœuds: internes terminaux terminaux

5 Taxon décrit par une combinaison détats de caractères permettant de le caractériser Taxon décrit par une combinaison détats de caractères permettant de le caractériser Un attribut observable sur tout ou partie des taxons étudiés Un attribut observable sur tout ou partie des taxons étudiés hypothèse quil est le résultat dune ascendance commune. hypothèse quil est le résultat dune ascendance commune. Morphologique, biochimique ou moléculaire Morphologique, biochimique ou moléculaire

6 Méthodes de reconstruction phylogénétique Méthode de maximum de vraisemblance (probabiliste) Méthode de maximum de vraisemblance (probabiliste) Méthode de parcimonie ou la cladistique Méthode de parcimonie ou la cladistique Méthode de distances ou la phénétique Méthode de distances ou la phénétique

7 Méthode de parcimonie Cladogrammes Cladogrammes Un caractère en état ancestral ou dérivé Un caractère en état ancestral ou dérivé Partage de caractères dérivés Partage de caractères dérivés Retient le ou les arbres qui présentent la longueur minimale. Retient le ou les arbres qui présentent la longueur minimale.

8 Méthode de distances Phénogrammes Phénogrammes Calcul dune distance évolutive entre chaque paire de taxons MATRICE Calcul dune distance évolutive entre chaque paire de taxons MATRICE Deux méthodes de reconstruction: Deux méthodes de reconstruction: –UPGMA –Neighbor joining

9 Application aux populations dune même espèce Afin de synthétiser linformation qui renseigne sur la proximité ou léloignement des populations Afin de synthétiser linformation qui renseigne sur la proximité ou léloignement des populations A partir des fréquences alléliques pour un ensemble de marqueurs A partir des fréquences alléliques pour un ensemble de marqueurs

10 Distances Génétiques Quantifie le degré de divergence génétique entre unités taxonomiques (populations, espèces,...) prises deux à deux Quantifie le degré de divergence génétique entre unités taxonomiques (populations, espèces,...) prises deux à deux Nulle pour deux populations ayant des fréquences alléliques rigoureusement identiques au niveau de tous les loci observés Nulle pour deux populations ayant des fréquences alléliques rigoureusement identiques au niveau de tous les loci observés

11 Maximale pour deux populations qui nont aucun allèle en commun Maximale pour deux populations qui nont aucun allèle en commun Différents indices de distance développés sur la base de différents modèles d'évolution moléculaire et/ou de différenciation entre unités taxonomiques Différents indices de distance développés sur la base de différents modèles d'évolution moléculaire et/ou de différenciation entre unités taxonomiques Exemples: Exemples: Nei 1972 : Calcule les distances génétiques entre populations. Sans correction de biais Nei 1972 : Calcule les distances génétiques entre populations. Sans correction de biais Nei 1978: Calcule D en introduisant une correction pour le biais d'échantillonnage d'individus Nei 1978: Calcule D en introduisant une correction pour le biais d'échantillonnage d'individus

12 Évaluation de la validité dun arbre Procédure du Bootstrap Procédure du Bootstrap Réechantillonage Réechantillonage Répété de 100 à 1000 fois Répété de 100 à 1000 fois Un arbre consensus à partir de tous les sous-arbres Un arbre consensus à partir de tous les sous-arbres


Télécharger ppt "Phylogénie et distances génétique. Historique Ernst HÆCKEL en 1866 Ernst HÆCKEL en 1866 formation des espèces animales et végétales au cours du temps."

Présentations similaires


Annonces Google