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Laurent Andréoletti (PU-PH) Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53 CHU et Faculté de Médecine de Reims Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires.

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1 Laurent Andréoletti (PU-PH) Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53 CHU et Faculté de Médecine de Reims Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires

2 Virus et Infections Respiratoires Infections respiratoires hautes Infections respiratoires basses Rhinite Laryngite Pharyngite Bronchites Pneumonies Otite Enfants <2ans/ 0-5 ans Adultes immunocompétents Adultes immunodéprimés Personnes âgées > 65ans Communautaires et /ou Nosocomiales Bronchiolites

3 Incidence annuelle de la pneumonie communautaire aiguë Enfants > adultes de moins 75 ans ++ Enfants de moins de 5ans: 34 to 40 cases per 1000 ( Europe et USA) Pays en voie de développement =Europe = USA Infections Respiratoires Communautaires Etiologie des pneumopathies communautaires aiguës de lenfant Virale dans 25 à 60 % des cas McIntosh K, NEJM, 2002

4 Virus et Infections Respiratoires Basses de lEnfant Bronchiolite cas /an (30 % de la population des moins de 2 ans) Hospitalisations: augmentation de 9 % par an Bronchiolites récidivantes= dhyperréactivité bronchique développement de lasthme infantile Exacerbation de lasthme infantile consultations /an aux urgences en France (2006)

5 McIntosh K, NEJM, 2002 Virus et Infections Respiratoires Basses de lEnfant En 2002

6 BOCAVIRUSParvoviridae ADN POLYOMAVIRUS KI & HU Polyomaviridae ADN Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires en 2008

7 Virus et Pathologies Respiratoires Infections respiratoires hautes Infections respiratoires hautes Infections respiratoires basses Infections respiratoires basses RVH, Coronavirus, hMPV para influenza: Rhinite ParaInfluenza Laryngite Adenovirus Parainfluenza Pharyngite Bronchites Pneumonies VRS, Adenovirus Otite Bronchiolites VRS, Influenza ParaInfluenza Coronavirus NL63,HKU hMPV Bocavirus Polyomavirus KI, HU Anciens virus nouvellement identifiés

8 Physiopathologie des Infections virales Respiratoires VRS: la réponse inflammatoire participe au pouvoir pathogène Days after infection Oppenshaw, 2007 ESCV, Lyon

9 Epidemiologie des infections respiratoires virales

10 HRVs RSV HMPV EVs HMPV HRVs RSV Infections virales au cours du temps chez des enfants souffrant de Bronchiolite Jacques et al. JCV 2006 Jaarti et al. EID 2004 Possibilités de co-infections respiratoires

11 Pourquoi documenter les infections virales respiratoires ?? Permet détablir un diagnostic étiologique Meilleure prise en charge des patients Prévention des infections nosocomiales Diminution de la prescription inadaptée dAntibiotiques Utilisation rationnelle dantiviraux Suivi épidémiologique et virologique

12 Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasopharyngé Prélèvement de référence en pédiatrie chez les 0 à 4 ans (CDC, WHO, 2007)

13 A B Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasal Prélèvement nasopharyngé à stocker à 4°c Prélèvement de référence pour les virus Influenza chez ladulte (Invs 2008) Virocult Pasteur CNR grippe GROG

14 Diagnostic virologique Recherche des anticorps = Sérologie = Diagnostic indirect Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic direct

15 Diagnostic virologique direct Culture cellulaire classique: MRC-5 MA-104 MDCK Detection des Antigènes viraux par IF ou techniques EIA Séroneutraisation sur culture par Ac Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire: PCR Temps réel PCR Temps réel, TA cloning, séquençage des gènes codant pour les protéines de surface ou de capside MA-104

16 Influenza B Influenza A VRS Para influenza I, II, III Adénovirus uv Microscope Anticorps monoclonal Détection des antigènes viraux par Immunofluorescence Cellule épithéliale respiratoire Rendu des résultats en 4 heures Identification

17 Rendu des résultats en 3 à 6 jours Cellules permissives En culture Anticorps monoclonaux Cellule épithéliale respiratoire infectée virus libres Détection des virus respiratoires par culture cellulaire

18 Diagnostic virologique moléculaire Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire: PCR Temps réel PCR Temps réel TA cloning, séquençage Développement des test de RT-PCR Temps réel multiplex (9 à 12 virus respiratoires) Augmentation significative des taux de détection des virus respiratoires + 40 à +65 % de positivité

19

20 Barrettes de 8 puces à ADN

21 Exemple dinterprétation dune puce à ADN Genomica. Positif RSV A et Bocavirus Carré servant à aligner la Grille de lecture Témoin de révélation CI RSV A BOC 1 BOC 2

22 Diagnostic virologique classique des souches virales Virus Influenza B Virus Influenza A < 3 jours après le début des signes cliniques Ecouvillons- Nez-pharynx-Aspiration Rhinopharyngée Examen immédiat Immunofluorescence (IF), EIA Détection des antigènes NP A&B 30Min. à 2 heures RT-PCR 2 jours Culture virale, Labo L2 MDCK+Trypsine 2 à 4 jours IF Test rapide EIA

23 CONCLUSIONS Virus respiratoires : Rôle dans la bronchiolite Exacerbation de lasthme infantile Infections graves chez les greffés de poumons Infections communautaires en réanimation Infections nosocomiales Virus nouvellement découverts: BOCAVIRUS, SAFFOLD, hMPV rôle agent étiologique ou de cofacteur à démonter !! Virus respiratoires : diagnostic classique; culture cellulaire, EIA, IF Virus respiratoires : Diagnostic Moléculaire RT-PCR multiplex, Avenir puces ADN: combinaison: bactéries+virus Virus émergents : Recombinaison virus animal et humain: coronavirus, influenza Risque pandémique!!


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