La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Bioinfomatique et Perl 1 Bioinformatique et Perl Les éléments de base.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Bioinfomatique et Perl 1 Bioinformatique et Perl Les éléments de base."— Transcription de la présentation:

1 Bioinfomatique et Perl 1 Bioinformatique et Perl Les éléments de base

2 2Bioinfomatique et Perl Introduction Objectif : être capable de traiter automatiquement de grands volumes de données et den extraire linformation pertinente Objectif : être capable de traiter automatiquement de grands volumes de données et den extraire linformation pertinente Exemples : Exemples : Recherches de motifs dans des séquences biologiques nucléiques ou protéiques Recherches de motifs dans des séquences biologiques nucléiques ou protéiques Analyser automatiquement le résultat dune requête BLAST Analyser automatiquement le résultat dune requête BLAST

3 3Bioinfomatique et Perl Pourquoi Perl ? Perl : Practical Extraction and Report Language Perl : Practical Extraction and Report Language Langage de script, syntaxe flexible, rapide à maîtriser Langage de script, syntaxe flexible, rapide à maîtriser Particulièrement adapté à lextraction de données (expressions régulières) Particulièrement adapté à lextraction de données (expressions régulières) Très présent dans la communauté bioinformatique (nombreux modules) Très présent dans la communauté bioinformatique (nombreux modules)

4 4Bioinfomatique et Perl Infos pratiques et : sites de références et : sites de références Livres : plusieurs chez OReilly Livres : plusieurs chez OReilly : accès au site du cours Perl pour le master Bioinfo : accès au site du cours Perl pour le master Bioinfohttp://dept-info.labri.fr/~dutour

5 5Bioinfomatique et Perl 1. Un bref aperçu de Perl Hello, World! (fichier hello.pl, exécutable) Hello, World! (fichier hello.pl, exécutable) Exécution :./hello.pl Exécution :./hello.pl #!/usr/bin/perl –w # Premier programme print « Hello, World!\n »;

6 6Bioinfomatique et Perl Un premier exemple bioinfo (variables, tableaux, boucles) motif.pl motif.pl Recherche dun motif dans une séquence Recherche dun motif dans une séquence Sortie : tableau de toutes les positions Sortie : tableau de toutes les positions

7 7Bioinfomatique et Perl = ("Mercure", "Venus", "Terre", "Mars", "Jupiter", "Saturne", "Uranus", "Neptune", "Pluton"); print "troisième planète : $planetes[2]\n"; print "les planètes

8 8Bioinfomatique et Perl Exercice Utiliser index plutôt que substr Utiliser index plutôt que substr $pos = index($chaine, $souschaine) retourne la position du 1er caractère de $souschaine dans $chaine, retourne -1 si pas trouvé. Possibilité de rajouter un 3ème paramètre indiquant l'indice dans $chaine à partir duquel on cherche $souschaine.

9 9Bioinfomatique et Perl 2. Autres notions incontournables Tables de hachage Tables de hachage Expressions régulières Expressions régulières Fichiers Fichiers

10 10Bioinfomatique et Perl Tables de hachage %trois_vers_un = ( Ala =>A, Cys=>C, Asp=>D, Glu=>E, Ala =>A, Cys=>C, Asp=>D, Glu=>E, Phe=>F, Gly=>G, His=>H, Ile=>I, Lys=>K, Leu=>L, Met=>M, Asn=>N, Pro=>P, Gln=>Q, Arg=>R, Ser=>S, Thr=>T, Val=>V, Trp=>W,Tyr=>Y ); print "Le code pour lArginine (Arg) est $trois_vers_un{Arg}\n";

11 11Bioinfomatique et Perl Recherches de motifs Cest une des fonctionnalités les plus importantes de Perl Cest une des fonctionnalités les plus importantes de Perl En particulier, à laide dexpressions régulières En particulier, à laide dexpressions régulières $sequence = "CCATTGCatC*TACAC..."; if ($sequence =~ /[^ATGC]/i ) { print "trouvé : $1\n"; } if ($sequence =~ /CA.C/i ) { print "trouvé\n"; }

12 12Bioinfomatique et Perl Parcours dun fichier Exemple de parcours ligne par ligne dun fichier passé en paramètre du script Perl : Exemple de parcours ligne par ligne dun fichier passé en paramètre du script Perl : Par défaut, $_ contient la ligne à chaque lecture. Par défaut, $_ contient la ligne à chaque lecture. On peut nommer la variable explicitement : On peut nommer la variable explicitement : while ( $ligne = <> ) … while ( $ligne = <> ) … while ( <> ) { # traitement print $_ ; }

13 13Bioinfomatique et Perl 3. Traiter une sortie de BLAST blast.pl blast.pl Cest un exemple très classique en bioinfo Cest un exemple très classique en bioinfo Recherches et occurrences de motifs dans les séquences Query et Sbjct Recherches et occurrences de motifs dans les séquences Query et Sbjct Attention : le programme ne fait peut-être pas exactement ce quon espère… (cf résultats attendus : blast_res.txt) Attention : le programme ne fait peut-être pas exactement ce quon espère… (cf résultats attendus : blast_res.txt) blast_res.txt blast_res.txt

14 14Bioinfomatique et Perl Exercices Jouez le jeu, ne regardez pas les solutions avant… Rendre correct le programme précédent Rendre correct le programme précédent Explorer plusieurs solutions Explorer plusieurs solutions


Télécharger ppt "Bioinfomatique et Perl 1 Bioinformatique et Perl Les éléments de base."

Présentations similaires


Annonces Google