La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28 Janvier 2009 Eduardo E. DAVILA S. Laboratoire : CREATIS-LRMN.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28 Janvier 2009 Eduardo E. DAVILA S. Laboratoire : CREATIS-LRMN."— Transcription de la présentation:

1 Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28 Janvier 2009 Eduardo E. DAVILA S. Laboratoire : CREATIS-LRMN Ville : Lyon France

2 1/21 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. Eduardo E. Davila S. Marcela Hernandez H.

3 CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes Acquisition dimages Traitement dimages Interprétation clinique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 2/21

4 CREATIS–LRMN Missions de lEquipe Informatique Définition dun cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins : prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique Aide aux développements logiciels Support et formation aux outils de développement Simplification de la gestion de logiciels: Pérennisation Mutualisation Factorisation CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 3/21

5 CREATIS-LRMN Acquisition dimages Imagerie Ultrasonore Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN Imagerie RMN et Optique Imagerie Spectroscopique en RMN Traitement dimages Imagerie Dynamique Imagerie Volumique Interprétation clinique Imagerie Morphologique et Fonctionnelle ( Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire, Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à lAgression ) Microarchitecture et Tissus Osseux 8 équipes de recherche 180 personnes CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 4/21

6 Librairies de développement Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de traitement DaVaW~2001 : Collection de widgets sophistiqués BBTK ~2006 Applications de traitement dimages CreaTools Python ~2003 (DaVaW) Maracas ~2004 CreaTools suite ~2008 (BBTK) Savoir faire CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 5/21

7 Maracas MA gnetic R esonance A ngiography C omputer A ssisted analysi S C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Logiciel daide à lanalyse dimages médicales 3D Logiciel interactif 3D pour la visualisation, lanalyse et la quantification de sténoses vasculaires - IHM conviviale et utilisable par des médecins - Manipulation et traitement dimages 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 6/21

8 BBTK B lack B ox T ool K it C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de traitements dimages et de maillages - Capitalisation, pérennisation et auto-documentation dalgorithmes - Prototypage rapide : description de workflows par langage de script - Mécanisme de plug-in - Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants dinterface graphique et widgets évolués CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 7/21

9 CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes Acquisition dimages Traitement dimages Interprétation clinique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 8/21

10 Acquisition dimages Traitement dimages Interprétation clinique Chaîne de traitement Dev. logiciel Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Développement dapplications CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 9/21

11 Acquisition dimages Traitement dimages Interprétation clinique Chaîne de traitement Dev. logiciel Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Développement dapplications Développement de librairies BBTK Pérennisation Mutualisation Factorisation Efficacité de développement CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 10/21

12 Problèmes: - Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de linformatique nécessaire Avantages: - Capitalisation du travail du laboratoire - Génération des interfaces rapide & simple - Documentation automatique Problématique // Application with Ex. script définition Module A Module B Module C Module A Box A Box BBox C Application Ex. Maracas - Creatools Python BBTK Module B Avant Aujourd'hui CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 11/21

13 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK CREA

14 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost

15 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 bbcreaImageIO bbcreaMaracasVisu vtk wx gdcm SQLite BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost

16 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost bbNewPackage

17 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 Bbs: box, appli, examples Data bbNewPackage Bbs: box, appli, examples Data bbNewPackage box1 Box2 personalLIB EXE BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost Box3

18 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost

19 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 CREA newProject

20 -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK bbNewPackage

21 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK

22 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK box1

23 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

24 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2

25 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost

26 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -doc -bbs -data -src -box1 -box2 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost

27 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

28 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 -newProject -doc -appli -src -bbNewPackage -doc -src -box1 -box2 -newProject -doc -appli -src -bbNewPackage -doc -src -box1 -box2 -newProjectBIN -sln/Makefile -debug/release -doc -appli -src -bbNewPackage -doc -src -box1 -box2 -newProjectBIN -sln/Makefile -debug/release -doc -appli -src -bbNewPackage -doc -src -box1 -box2 CMake Code source Project to be compiled Compiler visual C++ / gcc Compiler visual C++ / gcc lib.dll bblib appli.exe lib.dll bblib appli.exe

29 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

30 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

31 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

32 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

33 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

34 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

35 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

36 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

37 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

38 Collaboration avec LECAM pour la visualisation en stéréo CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21

39 Images img 2.3.A : Modèle 3D dune hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée img 2.4.A : Segmentation dune dissection aortique img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail img 2.7.A : Image dun cheveu acquise avec un scanner de haute résolution Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 13/21

40 img 2.3.A : Modèle 3D dune hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 14/21

41 img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 15/21

42 img 2.4.A : Segmentation dune dissection aortique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 16/21

43 img 2.7.A : Image dun cheveu acquise avec un scanner de haute résolution CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 17/21

44 Maracas IRM Quantification CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 18/21

45 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 19/21

46 BBTK CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 20/21

47 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. Merci pour votre attention … 21/21


Télécharger ppt "Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28 Janvier 2009 Eduardo E. DAVILA S. Laboratoire : CREATIS-LRMN."

Présentations similaires


Annonces Google