05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Etat de Spm Parallel.

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1 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Etat de Spm Parallel

2 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Etat de spm parallel  Historiques  De Spm99 à Spm parallel  Le cluster de l'IPB  Spm parallel au quotidien:http://spm.parallel.free.frhttp://spm.parallel.free.fr  Performances  Avenir

3 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Historiques  12/1999 : Premier échange sur la parallèlistion de spm99  02/2000 : Début de l’étude de la parallèlisation de spm99  04/2000 : Parallèlisation de la normalisation  09/2000 : Parallèlisation du lissage et du réalignement  10/2000 : Design du cluster de l'IPB et appel d'offre  01/2001 : Réception et installation du cluster  02/2001 : Parallèlisation du reslicing  03/2001 : Création de spm.parallel.free.fr  04/2001 : Pré-traitement opérationnel sur le cluster  09/2001 : Parallèlisation des statistiques

4 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) De spm99 à spm parallel  Pourquoi parallèliser spm99  En quelques chiffres  Architectures  Avantages/Inconvenients

5 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Pourquoi paralléliser spm99  Accélerer l'exécution de spm99 : –Besoin opérationnel –Besion recherche  Envisager l'IRMf « temps réel »  Rationnalisation des ressources informatiques

6 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) En quelques chiffres

7 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Architectures  Arborescence structurée  Utilisation de variables d'environement  Multi-utilisateurs  Détournement du flux d'execution Matlab  Parallèlisation sur le modèle maître/esclaves  Modes séquentiel ou parallèle  Portable sous d'autres environnements

8 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Avantages/Inconvenients  Avantages : –Utilisation identique à celle de spm99 –Performant ;-) –Adaptation multi-plates-forme simplifié.  Inconvenients : –Aucun ;-) –Construit pour environnement UNIX mais une version Windows est envisageable ( projet cygwin )

9 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Cluster de l'IPB  1 x Dell Precision420  5 x Dell Precision220  1 System DiskRaid HP  Réseau switché  OS: Linux

10 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Site WEB : http://spm.parallel.free.frhttp://spm.parallel.free.fr  Suivi des développements  Suivi du cluster  Aide à l'utilisation du cluster et d'spm //  Base pour un site « officiel » accès : utilisateur : guest mot de passe : strasbourg

11 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Performances (1/2)

12 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Performances ( 2/2 )

13 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Avenir  Validation et mise à disposition de SPM parallel dans le domaine publique ( GPL )  Optimisation de la séquence (réalignement,normalisation/lissage,stats)  Portage sur différentes plateformes

14 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Mise à disposition de SPM parallel  SPM'99 sous GPL ( Gnu Licence Public)  SPM parallel se doit d ’ê tre sous le m ê me type de licence ( communautaire ) : –Vérification de la possibilité de diffuser les librairies tiers ( Lam / Matlab ) –Ecriture de documentations :  Installation / Configuration  Utilisation

15 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Optimisation de la séquence  Optimiser les statistique et reslicing  Paralléliser finement des phases séquentielles  Utilitaires “Batch” à completer : Sans graphisme et par soumission.  Gestion du flux de la sortie de l'IRM à la fin du traitement spm parallel ( sequence IRMf « temps réel » )  Introduction d'un parallélisme par sujet

16 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Portage sur différentes plates-formes  Matlab R6.1 (actuellement 5.3)  Et autres version de linux.  Autres MPI : MPICH  Autres UNIX : SUN, HP, SGI, IBM,...  Et windows ?

17 05/10/2001Etat de Spm Parallel ( Gérald Vétois )