Plateforme de Calcul Intensif “HPC” de l’lnstitut Pytheas M. Libes UMS 3470 Pytheas C. Pinazo UMR 7294 MIO Juin 2015

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 2 Description du cluster de calcul Juillet nœud « maitre » de connexion 32 nœuds de calcul = 292 cœurs de calcul Baie de stockage 100 To

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 3 Description du Cluster de calcul Qu’est ce qu’un « cluster de calcul » ? o Un ensemble de PC « gonflés » taillés pour le calcul  Reliés sur un réseau dédié " Infiniband " à très haute vitesse " 40Gb/s » Permettant du calcul "parallèle " MPI  possédant beaucoup de mémoire vive RAM (64 Go) » Permettant de charger de grosses matrices  Des processeurs puissants : Bi-processeurs quad- core (2*4), hexa-core (2*6), octo-core (2*8) » 292 coeurs de calcul (juillet 2015)  Un stockage spécifique sur disques performants dédié à la sortie des modèles » ⇒ 100 To depuis juillet 2015

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 4 Description du Cluster de calcul Sur le plan logiciel le cluster possède tout un environnement de développement o Compilateurs : Fortran90, C, C++, Java o Librairies de parallélisation: parallélisation MPI o Progiciels scientifiques : Matlab, R o Librairies de visualisation de données : nco, ncview, ferret o modélisation écoulements 2D/3D, transport sédimentaire : – Delft3D o génétique des populations, bioinformatique (microbiome) – Mrbayes, Migrate, OBITools, Qiime o modèles d’océanographie et de météorologie ROMS, MARS3D, Symphonie, ECO3M, Ichtyop WRF

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 5 Combien ca coûte ? Cher… de nombreuses évolutions depuis ère phase 2008 sur FdR du COM : 40 k€ Architecture de base 8 noeuds 2 ème Phase 2011 sur crédits UnivMed : 32 k€ 16 nœuds 3 ème phase 2012 sur FEDER Oceanomed : 50 k€ Baie de stockage de 40To + Réseau Infiniband QdR 40Gb/s 4 ème phase 2015 sur FEDER Oceanomed : 60 k€ 100To de disque, rajout 8 nœud octocore, 2eme switch IB ⇒ Nécessité de mutualiser ce type d'équipement au sein de l’Institut Pythéas

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 6 Comment utiliser le " cluster " ? Se rapprocher du SIP : Création du compte informatique et l'environnement de travail sur le cluster S'abonner à la liste Prendre connaissance du WIKI (documentation utilisateur) Et lire un peu de documentation pour utiliser quelques commandes L'article du cluster sur le site WEB du SIP

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 7 Comment fonctionne le " cluster " ? Le principe de fonctionnement Les utilisateurs se connectent sur le nœud " maitre " Déposent leur code de calcul Développent leur code de calcul, leur modèle, compilation → programme exécutable Lancent l'exécution de leur modèle sur le cluster au travers d'un logiciel d'ordonnancement (SGE ou OAR) L'ordonnanceur Gère le lancement et l'exécution des divers calcul Attribut les calculs à tel ou tel nœud au cours du temps, en fonction de la charge et des ressources demandées

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 8 Qui l’utilise ? Une 50 aine d’utilisateurs du M.I.O. + CEREGE + IMBE Nombre de comptes ouverts (cumulés depuis 2012) sur le cluster (Juillet 2015) – MIO 31 – IMBE 11 – CEREGE 9 – OTMED 1 – LAM 5

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 9 Un « wiki » utilisateur fournit la documentation sur les modèles et leur utilisation

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 10 Accès aux Enseignements La puissance de calcul du Cluster HPC est utilisée pour plusieurs UEs d’enseignement de Master en Modélisation: – Modélisation Hydrodynamique avec ROMS – Modélisation couplée 2DH Leendertse/Bacher et al 1997 de l’Etang de Thau – Modélisation couplée MARS3D/ECO3M – Modélisation couplée 1DV/ECO3M

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 11 Supervision du " cluster " Suivi de la consommation des ressources : RAM, disques, processeurs

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 12 Modélisation 3D Océano Modélisation couplée Physique/Biogéochimie Ex : Nouvelle-Calédonie (Thèse R. Fuchs)

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 13 Modélisation 3D Météo