outLyzer Logiciel de détection des mutations à ratio allélique faible Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer CLRCC François Baclesse, Caen Etienne Muller

Différents niveaux d’hétérogénéité Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Différents niveaux d’hétérogénéité Variations de l’information génétique Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion

Hétérozygotes - Homozygotes Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Différents niveaux d’hétérogénéité Variations de l’information génétique Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Mutations Hétérozygotes - Homozygotes Variabilité Inter-individuelle

Hétérozygotes - Homozygotes Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Différents niveaux d’hétérogénéité Variations de l’information génétique Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Mutations Hétérozygotes - Homozygotes Mutations en Mosaïque Hétérogénéité Intra-tumorale Variabilité Inter-individuelle Variabilité Intra-individuelle

TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Séquençage à haut-débit Représentation de l’information Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion GACCGATCGAGATTCGA 1 Read TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT 5’ 3’

TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Séquençage à haut-débit Représentation de l’information Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT 5’ 3’

Variations inter-individuelles Variations intra-individuelles Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Séquençage à haut-débit Représentation de l’information Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Variations inter-individuelles Variations intra-individuelles Mutation Homozygote Mutation Hétérozygote Mosaïque Tumeur A T G A A T C A A G A T C A A T G A T C A G A A T TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT 5’ 3’ 100% 50% <50% 0-100%

Variations inter-individuelles Variations intra-individuelles Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Séquençage à haut-débit Représentation de l’information Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Variations inter-individuelles Variations intra-individuelles Mutation Homozygote Mutation Hétérozygote Mosaïque Tumeur A T G G G A A A T C A T A G A T C A C A A C T G A T C A T G A A T TCGACCGATCGAGATTCGATAAGTTCTCGAATTAACACCGTTATGCCTGAT 5’ 3’ 100% 50% <50% 0-100%

outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Principe: test de Thompson Tau Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Test de Thompson Tau 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 73 1 2 2 1 1 1

outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Principe: test de Thompson Tau Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 73 1 2 2 1 1 1

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outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Principe: test de Thompson Tau Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 73 1 2 2 1 1 1 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 1 2 2 1 1 2 1 2 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 1 2 2 1 1 3

outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Principe: test de Thompson Tau Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 73 1 2 2 1 1 1 1 2 56 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 1 2 2 1 1 2 1 2 1 3 1 2 45 2 1 1 2 1 3 1 2 2 1 1 3 1 2 1 3 1 2 2 1 1 2 1 3 1 2 2 1 1 n

outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Application aux données de séquençage Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion T G G A T T T A C A C T T T A T 5’ 3’

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outLyzer - détection des mutations Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer - détection des mutations Application aux données de séquençage Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion Mutation > Bruit de fond? Mutation potentielle Critères qualité Faux positif T G G A T T T A C A C T T T A T 5’ 3’ 2 1 6 1 2 2 1 1

1 Validation de la méthode Comparaison avec logiciels existants Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Validation de la méthode Comparaison avec logiciels existants Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 132 Tumeurs Sein, ovaire, colon, poumon Tumeurs incluses en paraffine Mutations somatiques > 1% (SNV et Indels) HaplotypeCaller Lofreq Varscan outLyzer Sensibilité (%) 87,2 97,4 98,7 Spécificité (%) 100 99 94

1 Application Recherche de mosaïques 697 Cas Index Sein, ovaire Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Application Recherche de mosaïques Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 697 Cas Index Sein, ovaire Sang total Panel d’une 30aine de gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire

1 Application 2 8 22 Recherche de mosaïques 697 Cas Index Sein, ovaire Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Application Recherche de mosaïques Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion 1 697 Cas Index Sein, ovaire Sang total Panel d’une 30aine de gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire 2 22 8 Mutations confirmées actuellement Par une technique de référence Mutations d’intérêt Potentiellement délétères Mutations en mosaïque Détectées par outLyzer

Application Recherche de mosaïques ATM c.3037G>T D1013Y AF = 7,5% Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 Application Recherche de mosaïques Introduction Méthode d’analyse résultats Conclusion ATM c.3037G>T D1013Y AF = 7,5%

outLyzer Sensible Spécifique Diagnostique Centre François Baclesse Assises de Génétique 2016 outLyzer Logiciel de détection des mutations à faible fréquence allélique Introduction Matériels et Méthodes résultats Conclusion Sensible Spécifique Diagnostique

Merci de votre attention ! INSERM U1079 Centre Normand de Génétique et de Médecine Personnalisée CLCC (Caen) Cécile Blanc-Fournier Baptiste Brault Olivia Bruet Laurent Castera Florian Domin Robin Fouillet Nicolas Goardon Sophie Krieger Angelina Legros Céline Quesnelle Agathe Ricou Antoine Rousselin Chankannira San Aurore Tranchant Dominique Vaur CHU (Rouen) Stephanie Baert-Desurmont Gaia Castelain Françoise Charbonnier Sophie Coutant Aurélie Drouet Thierry Frebourg Pascaline Gaildrat Aude Lamy Raphaël Lanos Alexandra Martins Jean-Christophe Sabourin Jean-Christophe Thery Julie Tinat Isabelle Tournier CHU (Rennes) Alexandra Lespagnol Jean Mosser CLCC (Rouen) Christian Bastard Merci de votre attention !