mercredi 1er juin 2016 La biologie au centre de calcul Pascal Calvat Centre de calcul

01/06/ Plan Ouverture du CC à la bio Quelques exemples de projets Quelques exemples d’actions spécifiques pour la bio Ouverture vers les sciences humaines

01/06/ La bio au CC Le centre de calcul est ouvert officiellement à la biologie depuis activité nouvelle qui représente au centre l’équivalent de 1 FTE/an Mise en place des projets sur une approche bottom-up avec approbation du directeur du CC

01/06/ La bio au CC Organisme de rattachement des labos - CNRS: IN2P3 et SDV - CEA - Université Lyon1 et Lyon2 - Hôpitaux (HCL, Salpetrière) - INSA de Lyon - INSERM - Génopôle - Virtual organisation EGEE Un chercheur en biologie peut appartenir jusqu’à 5 organismes !!!!!

01/06/ La bio au CC 10 groupes de recherche autour de la cellule - Phylogénie, protéine (BBE, IBCP, IGBMC) - Morphogenèse (BIOEMERGENCE, BIOSYS) - Cellule souche (CGMC) - Docking (IGL, BIOMED) - Cancer (Ligue contre le Cancer) - Polyarthrite rhumatoïde (Genopole Evry)  soit un total de 90 utilisateurs

01/06/ Les groupes de biologie 8 groupes de recherche dans le biomédical - Neuroscience IRMf, TEP, MEG (ISC, CERMEP) - Cancer du sein (LIRIS) - Cardiologie (CREATIS, BIOMED) - Monte-Carlo TEP avec Gate (IQR, IMXGAM,GDRMI2B) - Imagerie 2D-3D par rayons X (CNDRI)  soit un total de 110 utilisateurs

01/06/ Consommation en calcul 2007: 4 % de la puissance effective pour la bio.

01/06/ Stockage sur disque 10 To prévu pour fin 2007

01/06/ Nombre d’utilisateurs en bio En 2007, 200 utilisateurs répartis en 17 groupes

01/06/ Quelques exemples de calcul en bio… Accélération des calculs par 100 Quelques jours au lieu d’un an BBE à Lyon: Calcul d’arbre phylogénétique pour l’étude de l’évolution des espèces

01/06/ Quelques exemples… Calculs effectués en 15 jours au lieu de 3 ans Publication en quelques mois Génopôle d’Evry: Recherche des gènes responsables de la polyarthrite rhumatoïde à partir d’une banque de 5000 ADN de familles atteintes de la maladie Stockage de plusieurs To sur cartouche

01/06/ Quelques exemples… Partage et stockage des données dans SRB Bioemergence (projet européen): Suivre in vivo les mouvements cellulaires, les patterns d’expression génétiques, les flux ioniques et les mouvements moléculaires d’un embryon animal en développement Mise en production d’une application de workflow développée par Denali Zebra fish Ascidie Oursin

01/06/ Quelques exemples… Accès à un système de stockage sûr et perfomant (SRB) ISC à Lyon: Etude du fonctionnement du cerveau IRM, TEP, MEG Ferme de calcul et serveur de licence pour SPM

01/06/ Actions spécifiques: Push de données de l’IRM du CERMEP vers CC IRM (Siemens Magnetom Sonata 1,5 Tesla) Console d’acquisition PC Tampon BIRNy DICOM SRB Firewall CC-IN2P3 Firewall Cermep

BIRN: Biomedical Informatics Research Network 01/06/ Partage des données en neuroscience entre les 25 plus gros hôpitaux américains Projet basé sur le besoin des chercheurs et non pas sur la technologie informatique

01/06/ Actions spécifiques: connexion VNC (Virtual Network Computing) Utilisateur VNC via tunneling ssh Ferme interactive ccvli.in2p3.fr Ferme calcul Stockage sur bande Stockage sur disque

Action spécifique: utilisation de la grille EGEE avec JJS (Java Job Submission) En localSur la grilleGain 8000 s600 s avec 100 jobs s180 s avec 10 jobs0,6

01/06/ Ouverture vers les sciences humaines Ouverture du cc vers le projet Archeovision ( basé à Bordeaux. ► Archeovision est une plateforme d’imagerie 3D qui met à disposition des visualisations 3D de sites antiques disparus. ► Besoin en cpu pour les calculs de renduhttp://archeovision.cnrs.fr Phare d’Alexandrie Circus Maximus

01/06/ Ouverture vers les sciences humaines Hébergement d’un site web pour le Centre de Recherche en Histoire des Sciences et des Techniques installé à la Cité des Sciences et de l’Industrie. ►Plateforme de numérisation de documents anciens liés à des personnes célèbres (Buffon, Lamarck, Ampère) ►Site web (5 To):

01/06/ Conclusion Le centre de calcul dispose de solutions efficaces et scalables pour la biologie et le biomédical Les architectures mises en places pour les physiciens peuvent être utilisées par les biologistes Concernant le stockage, SRB est certainement le système de stockage le plus adéquate pour le partage et stockage de données personnelles (et autres) Question?