Stratégies de recherche de littérature sur PubMed

Stratégies de recherche sur PubMed Comment optimiser sa recherche avec PubMed, le moteur de recherche de données biomédicales, en utilisant les diverses fonctions offertes par le site, notamment la banque de terminologie biomédicale MeSH, My NCBI

MeSH

MeSH Vocabulaire standardisé Sert à indexer les articles dans PubMed À quoi vous servira la base de données MeSH ? Parmi plusieurs synonymes, déterminer quel terme a été choisi pour l’indexage dans PubMed, et donc quel terme utiliser pour vos recherches

MeSH Sous forme de hiérarchie. Si on fait une recherche avec un terme MeSH, tous les termes situés plus bas dans la hiérarchie sont inclus. Les sous-catégories ne sont pas exclusives. Ex.: « HIV-1 » apparaît dans « vertebrate viruses » et « RNA viruses »

PubMed fournit des tutoriels pour apprendre à utiliser la base de données MeSH

Stratégie de recherche, exemple On veut faire une recherche de littérature dans PubMed limitée aux virus enveloppés Problème: le terme « enveloped virus » n’apparaît pas nécessairement dans les articles, mais plutôt le nom des espèces, genres, etc.

Exemple Liste des virus enveloppés (obtenue dans un manuel)

Stratégie de recherche, exemple Utiliser MeSH pour déterminer s’il faut chercher « retrovirus » ou « retroviridae », « flavivirus » ou « flaviviridae », etc. On obtient la liste suivante: flaviviridae, togaviridae, coronaviridae, retroviridae, bunyaviridae, orthomyxoviridae, arenaviridae, mononegavirales, hepadnaviridae, herpesviridae, poxviridae.

Stratégie de recherche, exemple Envoyer un à un les termes retenus pour notre recherche dans la « Search Box » Opérateurs logiques

Stratégie de recherche, exemple Search Box Quand tous les termes y sont, lancer la recherche dans PubMed

Sauvegarde d’une combinaison de mots clés On peut sauvegarder sa stratégie de recherche dans « My NCBI » (Il faut s’inscrire)

My NCBI Sert, entre autres, à sauvegarder des combinaisons de mots clés pour effectuer des recherches dans les bases de données de NCBI

My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche Nommer sa combinaison de mots-clé

My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche On peut se faire envoyer automatiquement par courriel les nouveaux articles correspondant à cette combinaison de mots-clé

My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche Cliquer sur la stratégie sauvegardée permet de refaire la même recherche dans PubMed Cliquer sur « What’s new » pour voir les articles publiés depuis la dernière recherche

My NCBI Comment combiner une stratégie sauvegardée dans My NCBI avec d’autres mots clés dans PubMed? Exemple: combiner « virus_enveloppés » et le terme « adhesion molecules » Lancer d’abord la recherche dans PubMed avec la combinaison de mots-clés sauvegardée, ici virus_enveloppés

My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche "adhesion molecule" AND ("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) Modifier ensuite la stratégie en utilisant les opérateurs logiques appropriés

My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche "adhesion molecule" AND ("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) On peut ensuite sauvegarder cette nouvelle recherche dans My NCBI