Bioinformatique =?? génomique protéomique Informatique au service de la biologie moléculaire ADN (ARN) Protéine génomique protéomique

Génomique= analyse systématique de la composition génétique d’un organisme Protéomique= ensemble de la composition en protéines d’une cellule Bioinformatique= analyse et gestion par des méthodes informatiques des données générées par la génomique et la protéomique Développement de nouveaux outils informatiques Etude et développement statistiques des données Analyse et interprétation des séquences

Paradigme de la biologie moléculaire:

Séquençage de génomes Banque de données : ORGANISM CHROMOSOMES GENOME SIZE GENES Homo sapiens (Humans) 23 3,200,000,000 ~ 30,000 Mus musculus (Mouse) 20 2,600,000,000 ~30,000 Drosophila Melanogaster 4 180,000,000 ~18,000 Saccharomyces cerevisiae (Yeast) 16 14,000,000 ~6,000 Zea mays (Corn) 10 2,400,000,000 ??? Banque de données : GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank ): consortium entre NCBI (USA) EMBL (Europe) and DDBJ (Japon)

Code génétique Bases : A (adénine), G (Guanine): Purine T (Thymine), C (Cytosine) : Pyrimidine Correspondance codon-acide aminé

Code des acides aminés

Séquence d’acides aminés: N C Lien peptidique : Forme trans (plan) Séquence linéaire Structure secondaire Structure tridimensionnelle (3D)

Relation Séquence-Structure-Fonction Structure 3D Relation Séquence-Structure-Fonction

Plan du cours Séquence protéique *propriétés des acides aminés *quelles infos en tirer sur la fonction de la protéine étudiée? *notion d’hydrophobicité *bases de données Structure secondaire: définition, prédiction Structure 3D : * définition * bases de données

Dynamique moléculaire *prédiction 3D * par homologie: notion d’alignement de séquences * threading: notion d’alignement de structures * ab initio *Méthodes de prédiction de structure de peptides (Peplook) Misfolding-désordre : comment le paradigme une séquence = une structure est remis en question Dynamique moléculaire

Notions de data mining (statistiques) Protéine/peptides membranaires Exemples « pratiques »: *Modélisation relation structure 3D/fonction de protéines *Modélisation de l’interaction peptide/lipides et leur rôle

Dates des cours: 16/11 : supprimé 23/11: 10h20 30/11: 10h20 01/12: 13h40 (JM Crowet) 3/12: 8h30 (au lieu de 8h) 6/12: supprimé 7/12: 10h20 (S. Steinhauer) 17/12: 8h30 (au lieu de 8h) 22/12: 10h20 23/12: 8h30: questions/réponses (n’a lieu qu’à la demande des étudiants) 24/12: supprimé

Examen: Travail écrit: analyse d’une séquence protéique et construction d’un modèle 3D Séquence disponible le 30/11 (sera envoyée par mail) Travail à remettre pour le vendredi 14/1/2011 à envoyer sous format pdf à l.lins@ulg.ac.be ET à czeches@ulg.ac.be