Master II BioInfo - Galaxy – Session Décembre 2016 2017/10/7 Master II BioInfo - Galaxy – Session Décembre 2016 Durée / Programme : 3 journées Présentation des plateformes et des équipes Initiation à l'interface Galaxy Administration et wrappers Galaxy Autres sessions Genotoul disponibles : http://bioinfo.genotoul.fr Votre intervenante : Sarah maman Equipe Sigenae Ingénieur d'études en bioinformatique

Présentation des plateformes et des équipes Sarah Maman Déc. 2016 2017/10/7 Présentation des plateformes et des équipes Sarah Maman Déc. 2016

Plateforme BioInfo Genotoul - Historique 2017/10/7 Plateforme BioInfo Genotoul - Historique GIS Genotoul Créé en 2000 PF Genotoul est l'une des 13 plateformes bioinformatiques IBISA. Depuis 2008, BioInfo Genotoul travaille en collaboration avec la plateforme génomique pour traiter d'énormes volumes de données générés par la nouvelle génération de séquenceurs. Les fichiers FASTQ produits sont mis à disposition des biologistes via NG6. 3

Plateforme BioInfo Genotoul – Services 2017/10/7 Plateforme BioInfo Genotoul – Services Accès à de très hautes performances de calcul : le cluster Genotoul. Nécessiter de créer un compte pour accéder à ce cluster de calcul. Utilisation de comptes spécifiques de formation lors de cette semaine. Si besoin: - Pour les mini-projets : penser à demander une prolongation de compte. - Pour les stages : ouvrir un compte avec votre adresse académique (pas de mail perso). Un fois loggé, vous avez accès: * Nombreuses banques de données biologiques * Nombreux scripts et outils bioinformatiques. * Accès à des sessions de formations * Services publics : - hébergement de sites web - Hébergement de machines virtuelles (VM). - Expertises et support scientifique (biologie / bioinformatique). 4

L'équipe de la plateforme BioInfo Genotoul 2017/10/7 L'équipe de la plateforme BioInfo Genotoul 5

L'équipe Sigenae SIGENAE : équipe de bioinformaticiens de l'INRA. 2017/10/7 L'équipe Sigenae SIGENAE : équipe de bioinformaticiens de l'INRA. Service auprès des biologistes qui travaillent sur 6 espèces (animaux d'élevage) Membres de l'équipe répartis sur 2 sites : Jouy en Josas et Toulouse. Membres de l'équipe appartiennent à plusieurs départements dont GA, SA. Système d'Information d'(Information System of) AGENAE. www.sigenae.org 6

2017/10/7 GIS Agenae 7

2017/10/7 L'équipe Sigenae 8

2017/10/7 Sigenae : Data et tools 9

2017/10/7 Galaxy objectives are : First, making bioinfo Linux tools accessible to biogists. Then, it is possible to add Linux tools by developpers into Galaxy workbench. Then, Galaxy is used to hide the complexity of the infrastructure and to allow creation, execution and sharing of workflows. To access to Galaxy, you need to have an LDAP Genotoul login and password. **** L'objectif de la plateforme Galaxy est de rendre les logiciels de bioinformatique sous Linux accessibles aux biologistes. Pour cela, Galaxy permet de masquer la complexité de l'infrastructure et permet la création, le partage et l'exécution de chaînes de traitement. L'interface web de Galaxy est conviviale et permet la création et la supervision de workflows. Cet outil est aussi bien destiné aux biologistes et qu'aux développeurs. Pour vous connecter à la plateforme Galaxy, il vous sera nécessaire de vous authentifier avec votre login et votre mot passe LDAP Genotoul. 10

Merci pour votre écoute 2017/10/7 Merci pour votre écoute

2017/10/7 Remerciements