PubMed Formation Daniela Ziegler Bibliothécaire – Informationniste Centre de documentation du CHUM

PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche d’informations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions 2

PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche d’informations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions 3

© Centre de documentation, 2012 PubMed Réputation Outil développé par la NLM (US National Library of Medicine) qui indexe la littérature biomédicale depuis 1879 afin de fournir aux professionnels de la santé l'accès aux informations nécessaires pour la recherche en soins de santé et pour l'éducation. l'Index Medicus regroupait les tables des matières des principales revues biomédicales et de médecine, américaines et internationales mais depuis 2004 il est devenu une base de données connue sous le nom de MEDLINE. La version MEDLINE disponible gratuitement sur Internet est offerte par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) et elle peut être consultée à travers l’interface proposée par PubMed.

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PubMed Accès: les portes d’entrées © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: les portes d’entrées Adresse URL de PubMed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Adresse URL de PubMed avec le profil spécifique de l’UdeM: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=icaumtlib&myncbishare=umontreal&dr=citation Adresse URL de PubMed avec le profil spécifique du CHUM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?holding=pqccdmlib Pourquoi utiliser les profils spécifiques?

PubMed Accès: Le profil spécifique CHUM et UdeM © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: Le profil spécifique CHUM et UdeM Les filtres préétablis permettent de raffiner la recherche. Cette option n’est pas disponible lorsqu’on fait une recherche avec inscription (My NCBI).

PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM Des boutons d’accès rapide pour obtenir : 1. les documents en format numérique (Collection électronique du CD CHUM) 2. les documents en format papier (Collection imprimée du CD CHUM)

PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM Le bouton d’accès rapide pour repérer les documents en format papier.

PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM Le bouton d’accès rapide pour obtenir les documents en format électronique.

PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche d’informations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions 11

PubMed Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche simple Hpv vaccine and cervical cancer

PubMed Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche simple C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. On remarque que PubMed a fait une correspondance entre les termes de recherche et les descripteurs MeSH.

PubMed Les caractéristiques de la recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Les caractéristiques de la recherche simple permet de retrouver les documents qui ne sont pas encore indexés ne permet pas l’inclusion des termes spécifiques (reliés à un MeSH générique) ou des expressions lorsque la troncature est utilisée (*) ex: cardiomyopath* pour cardiomyopathies, cardiomyopathy, etc. impose les guillemets pour chercher une expression exacte ex: "tuberculosis vaccines" [All Fields] Si les guillemets sont omis, l’expression sera interprétée: "tuberculosis vaccines"[MeSH Terms] OR ("tuberculosis"[All Fields] AND "vaccines"[All Fields]) OR "tuberculosis vaccines"[All Fields] C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. 970 résultats 18065 résultats Recherche effectuée dans PubMed, le 9 mai 2012

PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche d’informations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions 15

PubMed Descripteurs MeSH © Centre de documentation, 2012 PubMed Descripteurs MeSH MeSH est l'acronyme de «Medical Subject Headings» Les MeSH sont des descripteurs (termes décrivant les sujets d’un article) employés par la NLM (National Library of Medicine – É.-U.) pour indexer les articles dans la base de données Medline Les MeSH sont une caractéristique distinctive de MEDLINE Les MeSH imposent l'uniformité et la cohérence d’indexation de la littérature biomédicales C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Descripteurs MeSH © Centre de documentation, 2012 PubMed Descripteurs MeSH Les MeSH peuvent englober une seule notion ou plusieurs à la fois: Un MeSH simple : Infarction Un MeSH composé: Myocardial Infarction Les termes MeSH sont organisés hiérarchiquement, classés dans MeSH Tree Structures et ils sont mis à jour annuellement Les MeSH sont exclusivement en anglais Pour la traduction en anglais des MeSH, on peut utiliser le Portail de terminologie de santé (CiSMeF): http://pts.chu-rouen.fr/index.html C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple La recherche par MeSH à partir du menu déroulant principal est la plus usuelle. C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple L’accès est possible également par l’onglet Resources Literature  MeSH Database. C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 Utilisation des MeSH dans la recherche simple H Pylori – agent causal des cancers gastriques On peut restreindre la recherche en choisissant un ou plusieurs qualificatifs ( Subheadings). C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Permet de repêcher les articles traitant le sujet de façon centrale. Permet d’exclure les termes spécifiques qui sont inclus par défaut.

PubMed Descripteurs MeSH: la structure © Centre de documentation, 2012 MeSH Définition Qualificatifs Synonymes Indexation antérieure 1984 – 1990 C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Première arborescence Deuxième arborescence

PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. On ajoute le terme trouvé au PubMed search builder en cliquant sur Add to search builder et on fait la recherche du deuxième terme.

PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple Stomach Neoplasms 2 3 C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. 1

PubMed Caractéristiques de la recherche avec les MeSH © Centre de documentation, 2012 PubMed Caractéristiques de la recherche avec les MeSH permet de retrouver seulement les documents qui sont indexés dans la base de données Medline permet de préciser la recherche en utilisant les termes qui sont liés à un descripteur MeSH (les termes spécifiques et les termes génériques C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Faire une recherche par MeSH à partir d’un document précis © Centre de documentation, 2012 PubMed Faire une recherche par MeSH à partir d’un document précis C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Faire la recherche à partir d’un document connu, considéré pertinent Chercher la description complète du document: résumé, descripteurs MeSH, etc. Cliquer sur le MeSH désiré Choisir Add to Search Refaire l’opération avec le deuxième terme Cliquer sur Search

PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple © Centre de documentation, 2012 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche d’informations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions 26

PubMed Recherche avancée © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avancée Ce type de recherche permet d’utiliser les MeSH sans passer par la MeSH Database. Dans ce cas il n’y a pas d’accès à la définition, ni à l’arborescence des MeSH. Démonstration Show index List affiche en ordre alphabétique les termes disponibles dans la catégorie choisie C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

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PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher © Centre de documentation, 2012 PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher Single Citation Matcher C’est un outil qui permet de retrouver la référence bibliographique d’un article précis. C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher © Centre de documentation, 2012 PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Aucun champ n’est obligatoire mais en ajoutant plus d’informations on a plus des chances à retrouver l’article qui nous intéresse.

PubMed Éléments de référence bibliographique Citation Sensor © Centre de documentation, 2012 PubMed Éléments de référence bibliographique Citation Sensor C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Citation Sensor est une fonctionnalité de recherche de PubMed. Elle associe une requête avec une référence bibliographique précise. Le système suggère les références qui répondent mieux à notre recherche et il les place dans un rectangle bleu avant les autres résultats.

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PubMed Limites de recherche © Centre de documentation, 2012 PubMed Limites de recherche C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Limites de recherche © Centre de documentation, 2012 PubMed Limites de recherche C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. Tous les filtres ajoutés peuvent être annulés en cliquant sur Clear all.

PubMed Limites de recherche © Centre de documentation, 2012 PubMed Limites de recherche Les recherches peuvent être raffinées en appliquant les limites de recherche On peut choisir plus qu’une limite dans la même catégorie Les limites seront conservées pour les recherches ultérieures. Elles doivent être ajustées en fonction des besoins C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

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PubMed Recherche d’informations cliniques © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche d’informations cliniques Clinical Queries est un outil qui propose trois filtres afin de repérer les publications pertinentes de haute qualité C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Recherche d’informations cliniques © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche d’informations cliniques C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Recherche d’informations cliniques © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche d’informations cliniques Les études cliniques,Clinical Study Category, comprennent les catégories suivantes: étiologie diagnostique thérapie pronostic guide de prédiction clinique Le niveau de précision peut être choisi aussi : spécifique ou sensitif Les revues systématiques, Systematic Reviews, contiennent: des articles de revues systématiques des méta-analyses, des revues d’essais cliniques des données probantes des consensus des guides de pratique clinique Les filtres Medical Genetics Searches sont développés en collaboration avec l’équipe GeneReviews: Genetic Disease Online Reviews at GeneTests, University of Washington, Seattle. C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

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PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique. L’inscription se fait à partir de la page principale. Il n’y a pas de coûts reliés à cette option.

PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec l’inscription - My NCBI Sauvegarder des résultats dans My Collections et les partager (Démonstration) Sauvegarder la stratégie de recherche et créer une alerte sur un sujet précis (Démonstration) S’abonner au fil RSS de la stratégie de recherche (via un agrégateur de RSS ou à un navigateur Web tel que Firefox ou Safari) (Démonstration) Ajouter et créer jusqu’à 15 filtres (Démonstration) C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

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© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Trouvez le terme anglais correspondant pour encéphalopathies métaboliques congénitales. Solution proposée: Cherchez dans le Portail terminologique de santé du CHU de Rouen afin de trouver le terme accepté par PubMed. C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Trouvez le terme anglais correspondant pour encéphalopathies métaboliques congénitales. Résultat PubMed: 36628 références C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Peaufinez la recherche en choisissant les documents publiés en 2011 et en 2012, en anglais et en français et seulement ceux qui sont en accès libre et gratuit. Résultat PubMed: C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Quelle est la date de publication du dernier article écrit par Dr Fernand Turgeon (Turgeon F) ? Résultat PubMed: C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Combien d’articles a écrit Dr Jean-Claude Tardif (le cardiologue) dans le Journal canadien de cardiologie? Résultat PubMed: C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Trouvez les articles qui portent sur la fièvre jaune en excluant ceux qui portent sur le vaccin contre la fièvre jaune. Résultat PubMed: C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

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PubMed Des questions? © Centre de documentation, 2012 C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

Merci de votre attention! © Centre de documentation, 2012 Merci de votre attention! C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.

© Centre de documentation, 2012 PubMed Bibliographie Creative commons. [Site Web]. http://creativecommons.org/licenses/ , consulté le 12 mai 2012 Guide de la base de données PubMed. Bibliothèques des sciences de la santé de l’Université de Montréal. 2011. [En Ligne]. http://www.bib.umontreal.ca/SA/guide-pubmed.htm, consulté le 13 mai 2012. NLM Training: PubMed. National Library of Medicine of USA. 2011. [En Ligne]. http://www.nlm.nih.gov/pubs/manuals/pm_workbook.pdf , consulté le 13 mai 2012 Portail Terminologique de Santé. CHU de Rouen. France. [Site Web]. http://pts.chu-rouen.fr/ , consulté le 12 mai 2012 C’est une recherche assistée. Les termes spécifiques (comme le papillomavirus) sont inclus dans la recherche puisqu’ils sont liés au MeSH générique.