Foire aux questions FAQ Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa

Ajout de fichier

Problème Vous avez ajouté un fichier dont le format na pas été reconnu (roadmaps) Solution (1) Cliquez sur le stylo et (2) changer le format (change data type new type) Détection automatique de format de fichier

Liens cassés Problème Un de mes fichiers Galaxy dont laccès ma été donné à partir des Librairies partagées nest plus accessible (bug à une exécution) Solution Remettre le fichier déplacé ou supprimé à son emplacement dorigine Supprimer et recréer un nouveau lien symbolique valide Explication Le fichier correspond à un lien symbolique qui a été rompu

Taille limite de fichier Chaque processus est limité à 6 Go de RAM => Limite de taille implicite pour les fichiers en entrées Pas de limite pour le stockage (pour linstant) – Supprimez les historiques dont vous navez plus besoin

Historiques

Donner des noms explicites Plusieurs historiques peuvent avoir le même nom Nommage des historiques

Fichiers cachés Les fichiers cachés apparaissent Lors de la suppression dun fichier Après lexécution dun workflow

Delete Suppression réversible. Delete permanently Suppression définitive Suppression de lhistorique courant

Suppression des historiques

Affichez les historiques supprimés

Veuillez contacter le service bioinformatique Copier les données de lhistorique vers le server

Workflows

Si rien nest coché tout est coché Fichier de sortie

Ne pas essayer de modifier le workflow Contacter la plateforme bioinformatique Briques manquantes

QCM pour un champion

Je commence par charger les fichiers dans un nouvel historique Je dispose de données NGS sur mon pc que jaimerais analyser via galaxy, que faire ? Jattends que quelquun me contacte Je contacte léquipe ID

Je le partage immédiatement avec tout le monde Jai un workflow tellement génial que… Je le partage uniquement avec mes amis/collègues Je le garde que pour moi Je le partage immédiatement avec tout le monde Je le garde que pour moi Je le partage uniquement avec mes amis/collègues

Tant pis, Je cherche un autre galaxy Jai besoin dun outils qui nest pas sur galaxy Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte léquipe Bioinformatique Je brule un cierge et jattends Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte léquipe Bioinformatique

Pas grave, je laisse les valeurs par défauts Jutilise un outil que je ne connais pas du tout… Allo les bioinfos… Je me renseigne auprès de mes collègues Je lis la documentation associée Allo les bioinfos… Je me renseigne auprès de mes collègues Je lis la documentation associée

Classe, cest la preuve que je minvestis beaucoup dans mon travail Jai plusieurs historiques de plus de 20Go Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer Je suis courtois, je supprime pour faire de la place aux autres Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer