BOROCCO Silvia ENGOBA TANDOULOU Nuccia Diversité des organismes marins PHYLOGENOMICS REVIVES TRADITIONAL VIEWS ON DEEP ANIMAL RELATIONSHIPS Philipe et al.(2009) BOROCCO Silvia ENGOBA TANDOULOU Nuccia

INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Historiquement les premières classifications proposées étaient imparfaites ou subjectives car elles étaient basées sur des caractères morphologiques uniquement. Aujourd’hui ces classifications sont plus fiables surtout grâce à l’apport des données moléculaires mais aussi à l’utilisation des caractéristiques morphologiques. Ce travail a donc consisté à revoir les classifications déjà proposées sur les relations entre métazoaires mais en se basant sur un ensemble de données plus large.

Matrice de base 128 gènes: - Anciennes séquences - Nouvelles séquences INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES 9 espèces d’éponges 3 cténophores 9 cnidaires Placozoaires Bilatériens Matrice de base 128 gènes: - Anciennes séquences - Nouvelles séquences 11 espèces des groupes externes 44 métazoaires

Inférence Bayesienne via modèle CAT: INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES METHODE Inférence Bayesienne via modèle CAT: - Méthode basée sur le calcul de la probabilité d’une hypothèse. - Avantages: Réduire les artefacts Taux de saturation des mutations L’inégalité des taux de substitution fiable en comparaison à d’autres méthodes actuelles

Trois analyses 1° ANALYSE Fungi Groupe externe 1 Ichthyospores INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Trois analyses 1° ANALYSE Ichthyospores Fungi Capsaspores Choanoflagellés Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Métazoaires Eumatozoaires Groupe externe 1 Groupe externe 2

2° ANALYSE Choanoflagellés Groupe externe 2 Porifères Placozoaires INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES 2° ANALYSE Choanoflagellés Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Métazoaires Eumetazoaires Groupe externe 2

3° ANALYSE Porifères Placozoaires Cœlentérés Métazoaires Bilatériens INTRODUCTION MATERIEL ET METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES 3° ANALYSE Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Eumatozoaires Métazoaires

* * * * * * Fungi Ichthyospores Capsaspores Choanoflagellés Porifères INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Ichthyospores Fungi Capsaspores Choanoflagellés Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Métazoaires Eumatozoaires Homoscleromorphes Eponges calcaires Hexactinellides Desmosponges Cténophores Cnidaires Deutérostomiens Lophotrochozoaires Ecdysozoaires * * * 88 * Choanoflagellés groupe frère des métazoaires * 60-62 62/90/96 *

* * * * Fungi Ichthyospores Capsaspores Choanoflagellés Porifères INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Ichthyospores Fungi Capsaspores Choanoflagellés Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Métazoaires Eumetazoaires Homoscleromorphes Eponges calcaires Hexactinellides Desmosponges Cténophores Cnidaires Deutérostomiens Lophotrochozoaires Ecdysozoaires 90/96/97 * 49/43/26 62/90/96 * * *

Réhabilitation des éponges comme groupe monophylétique INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Réhabilitation des éponges comme groupe monophylétique Historiquement les éponges étaient considérées comme groupe monophylétique - caractéristiques morphologiques communes Hypothèse selon Borchiellini et al. 2001 et 2003- groupe paraphyletique - Analyse de ARNr 18S Hypothèse actuelle: monophylie des éponges - Echantillonnage plus important (128 gènes) - Peu de caractères communs entre Choanoflagellés et éponges(convergence) -Fortes valeurs de bootstrap ( 90% à 96%) Les éponges sont donc un groupe hautement spécialisé qui a acquis sont mode vie d’un hypothétique ancêtre pélagique

INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Modification de la position basale des cténophores et réhabilitation du clade des Cœlentérés Ichthyospores Fungi Capsaspores Choanoflagellés Porifères Cœlentérés Placozoaires Bilatériens Métazoaires Eumetazoaires Homoscleromorphes Eponges calcaires Hexactinellides Desmosponges Cténophores Cnidaires Deutérostomiens Lophotrochozoaires Ecdysozoaires * 78/93/99 98/94/77 62/90/96

Position basale des cténophores Hypothèses suggérées: INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Hypothèse contestée: Position basale des cténophores Hypothèses suggérées: Cténophores groupe frère des cnidaires Eumatozoaires sont monophylétiques Résultats contradictoires avec la polyphilie des eumetazoaires d’autres études (Dunn et al 2008 & Schierwater et al 2009) Cnidaires+cténophores = clade des cœlentérés  Cnidaires et les cténophores phylogénétiquement liés aux  Bilatériens Implications à l'égard de l'origine du mésoderme et de la symétrie bilatérale acquisition unique au cours de l'évolution animale des cellules nerveuses et musculaires et / ou le système digestif conformément aux  idées conventionnelles  

Par conséquent le débat reste ouvert à de nouvelles propositions . INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Les resultats de cette étude sont plus fiables que les resultats des études antérieures parce qu’elle est basée sur un nombre de données plus significatif. Mais elle n’apporte pas toutes les réponses aux questions concernant les relations des métazoaires, notamment celle de l’ancêtre commun des métazoaires. De plus l’ensemble des résultats n’a pas été soutenu par de fortes valeurs de Bootstrap donc il serait prématuré de les retenir comme des résultats définitifs. Par conséquent le débat reste ouvert à de nouvelles propositions .

INTRODUCTION METHODES RESULTATS & DISCUSSION CONCLUSION REFERENCES Beaumont, A., Cassier, P. Biologie animale: des protozoaires aux métazoaires épithélioneuriens. Dunod, 3° edition, Paris. Borchiellini, C., Manuel, M., Alivon, E., Boury-Esnault, N., Vacelet, J.,and Le Parco, Y. (2001). Sponge paraphyly and the origin of Metazoa.J. Evol. Biol. 14, 171–179. Dunn, C.W., Hejnol, A., Matus, D.Q., Pang, K., Browne, W.E., Smith, S.A.,Seaver, E., Rouse, G.W., Obst, M., Edgecombe, G.D., et al. (2008). Broad phylogenetic sampling improves the resolution of the animal tree of life. Nature 452, 745–749. - Medina, M., Collins, A.G., Silberman, J.D., and Sogin, M.L. (2001). Evaluating hypotheses of basal animal phylogeny using complete sequences of large and small subunit rRNA. Proc. Natl. Acad. Sci.USA 98, 9707–9712 Schierwater, B., Eitel, M., Jakob, W., Osigus, H.-J., Hadrys, H.,Dellaporta, S.L., Kolokotronis, S.-O., and DeSalle, R. (2009). Concatenated analysis sheds light on early metazoan evolution and fuels a modern ‘‘Urmetazoon’’ hypothesis. PLoS Biol. 7, e1000020.

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