My NCBI (PubMed) (Cours avancé: Module 2) 28 octobre 2017 This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License

Table des matières (My NCBI permet de créer des alertes et de sauvegarder ses recherches dans PubMed) Comment s’inscrire et se connecter à My NCBI Paramétrer les filtres dans My NCBI Sauvegarder ses recherches dans son compte My NCBI Recevoir des alertes par e-mail Option de collection (Menu “Sent to:”) 28 octobre 2017

Pour créer un compte et utiliser les fonctionnalités My NCBI, vous devez accéder à PubMed en utilisant l’URL suivante: www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Depuis la page d’accueil de PubMed, vous verrez, en haut à droite, un bouton “My NCBI/Sign in”. Cliquez dessous dessus pour vous enregistrer. Note: You will need to register only once and, after that, use the [Sign In] option. You will need to carefully follow the instructions in the next four slides. You cannot register from Hinari/PubMed but must go directly to (regular) PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed GC: Please note there is an incompatibility problem between Hinari and My NCBI and that’s why is not possible to access to this platform while connected to Hinari. 28 octobre 2017

Vous serez redirigé vers la page My NCBI Sign In Vous serez redirigé vers la page My NCBI Sign In. Pour créer un compte, cliquez sur Register for an account. Si vous êtes déjà inscrit, vous pouvez cliquer sur Sign in to NCBI. 28 octobre 2017

Pour vous enregistrer vous devez remplir un court formulaire. Saisir un nom d’utilisateur (username) et un mot de passe (password) puis entrez votre adresse E-mail. Vous devez aussi définir une question de sécurité (security question) dans le cas où vous oublieriez votre mot de passe. 28 octobre 2017

Une fois que le formulaire est rempli, cliquez sur Create account. Concernant l’image avec 5 caractères (CAPTCHA), entrez cette suite litéralement, en respectant la casse. Une fois que le formulaire est rempli, cliquez sur Create account. Rappel : Bien retenir votre identifiant et votre mot de passe 28 octobre 2017

Après avoir cliqué sur Create account, vous recevrez ce message Après avoir cliqué sur Create account, vous recevrez ce message . Il vous indique de consulter votre compte e-mail afin de confirmer votre adresse e-mail. 28 octobre 2017

Dans votre boîte e-mail devriez avoir reçu un couriel similaire à celui-ci de la part de My NCBI. Cliquer sur le lien hypertexte bleu afin d’activer votre nouveau compte. 28 octobre 2017

Pour accéder à My NCBI, vous devrez cliquer sur Sign In afin de vous connecter grâce à votre nom d’utilisateur et votre mot de passe. Note: Il s’agit de la marche à suivre pour vous connecter une fois que vous avez déjà créé un compte My NCBI et que vous voulez y retourner. 28 octobre 2017

Pour se connecter, sous Sign in directly to NCBI, entrez votre nom d’utilisateur NCBI (NCBI username) et votre mot de passe (password) dans les champs et cliquez sur le bouton Sign in. 28 octobre 2017

Après vous être connecté à My NCBI, la page de recherche PubMed affichera votre nom et vous donnera l’option de vous déconnecter (Sign Out). Pour vous sur votre compte, cliquez sur My NCBI. 28 octobre 2017

Il s’agit de la page My NCBI qui inclut de nombreuses options qui seront expliquées dans cette presentation : tout d’abord les filtres. Les filtres permettent aux utilisateurs My NCBI d’affiner les résultats obtenus lors de leurs recherches. Ouvrez la section Filters en cliquant sur Manage Filters. Assurez vous de garder active l’option “Filters for PubMed”. 28 octobre 2017

Dans la partie Browse/Search for PubMed Filters, nous avons cliquer sur la catégorie Popular pour les filtres populaires. Les filtres les plus communs sont listés sur la page. Vous pouvez choisir plusieurs filtres. Quand vous sélectionnez un filtre, la page My NCBI va se rafraichir et appliquer le filtre. En cochant la case, choisissez le filtre Free Full Text. Vous pouvez aussi choisir d’autres filtres qui vous semblent utiles. Ces filtres seront ensuite affichés lorsque vous lancerez une recherche dans PubMed. 28 octobre 2017

Pour ajouter un autre filtre utile, cliquez sur la catégorie LinkOut. Une fois ajoutés, les filtres sélectionnés sont affichés dans la section “Your PubMed filter list”. Pour ajouter un autre filtre utile, cliquez sur la catégorie LinkOut. 28 octobre 2017

Après avoir accedé à la catégorie LinkOut, tapez “Hinari” dans le champ de recherche puis cliquez sur Search. 28 octobre 2017

Lors que l’option “Hinari LinkOut” apparait, cocher la case filtre pour ajouter ce second filtre. Note: LinkOut est la fonctionnalité de PubMed qui permet d’ajouter un lien direct vers les ressources disponibles pour un certain groupe d’utilisateur. Dans le cas d’Hinari, le logo Hinari sera affiché et permettra l’accès au texte-intégral lorsque possible. 28 octobre 2017

Maintenant, les deux filtres que vous avez ajouté devraient être listés dans votre liste “Your PubMed filter list”. Vous pouvez retirer ces filtres en décochant la coche “active”. Rendez vous sur la page d’accueil My NCBI en cliquant soit sur le lien en haut à droite de la page ou sur le logo My NCBI. 28 octobre 2017

En utilisant la boite “Search NCBI databases”, lancez une recherche avec les mots clés “hepatitis C AND developing countries” en tapant les termes puis en cliquant sur Search. 28 octobre 2017

Les résultats apparaitront dans l’interface classique de PubMed Les résultats apparaitront dans l’interface classique de PubMed. Vous pouvez maintenant créez une alerte en cliquant sur le lien “Create alert”. Il n’est visible que si vous êtes connecté à votre compte My NCBI. Note: Les deux filtres paramétrés sont affichés dès que vous êtes connectés avec votre compte My NCBI mais vous devez être connecté à PubMed pour Hinari si vous voulez accéder au texte-intégral des titres disponibles grâce à Hinari. 28 octobre 2017

En sauvant cette recherche, vous alleu allez recevoir des alertes par e-mail qui listeront les nouvelles références qui correspondent à la recherche “hepatitis C AND developing countries” ET aux filtres Free Full Text et Hinari. Vous pouvez paramétrer plusieurs options, dans ce cas nous avons choisi la fréquence, le format, le nombre d’éléments. Enfin, nous avons sauvez l’alerte en cliquant sur Save. 28 octobre 2017

PubMed vous informe que votre recherche a bien été enregistrée en affichant une coche verte et le message “Your Search was saved”. Retournez à votre compte My NCBI en cliquant en haut à droite de la page sur le lien My NCBI. 28 octobre 2017

Quand vous retournez à votre page My NCBI, vous pouvez voir la liste des alertes paramatrées dans la partie Saved Searches. Vous pouvez relancer une des en cliquant sur le titre de la recherche. Pour effacer une recherche sauvegardée, cliquez sur Managed Saved Searches. Note: Le courriel que vous recevrez de la part de My NCBI va contenir des références d’articles récemment publiés. Vous devez être connecté à Hinari pour pouvoir accéder au numéro spécifique de la revue. 28 octobre 2017

Notes Dans cet exercise, nous avons utilisé le PubMed normal pour s’inscrire et ajouter des filtres au compte My NCBI. Lorsque vous voudrez apporter des modifications à votre compte My NCBI vous devrez passer par le PubMed normal à l’adresse http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ et vous connecter à votre compte My NCBI. Si vous vous rendez sur votre compte My NCBI en passant par Hinari/PubMed, un message d’erreur comme celui sur la page suivante s’affichera. 28 octobre 2017

SLIDE TO BE UPDATED!!!!! 28 octobre 2017

Notes : suite Le courriel avec les alertes que vous recevrez contiendra des références avec des résumés/abstracts, mais pas les liens vers les articles en texte intégral. Vous devrez vous connecter à Hinari et aller sur la page des revues A à Z Hinari, identifier la revue, le numéro et l’article pour être en mesure d’afficher et de télécharger le texte intégral. Vous pouvez ouvrir le courriel dans un onglet et Hinari dans un autre pour passer de la référence à la liste Hinari pour gagner du temps. Vous pouvez également sauver le contenu du courriel dans un fichier .txt ou .doc. 28 octobre 2017

Passons à l’option My NCBI intitulée Collections Passons à l’option My NCBI intitulée Collections. En étant connecté à My NCBI, nous avons fait une recherche PubMed pour diabetes AND developing countries. Cette recherche a donné lieu à 1955 références. Dans le menu Send to, nous avons activé Collections et cliqué sur Add to Collections puis ajouté les 1000 premiers éléments (first 1000 items). Pour sauver des références en particulier, il faut cocher les cases à côtés des références choisies. Note: Dans l’option d’affichage «Display Settings», vous pouvez changer la vue «Summary» à une autre vue. 28 octobre 2017

Dans la page My NCBI Collections page, les 1000 éléments sauvés de la recherche de la page précédente ont été transférés. Vous pouvez decider de créer une nouvelle collection (Create new collection b) avec ces nouveaux éléments. Vous devrez nommer cette collection (Enter a name for your collection), ici “diabetes/dev countries”. Puis cliquez sur Save pour sauvegarder cette collection. Note: pour ajouter une collection à My NCBI vous devez travailler dans le PubMed normal, car vous devez être connecté à My NCBI. 28 octobre 2017

Le message “Your collection was saved” indique que la collection a bien été sauvegardée. Cliquez sur le lien “Edit your collection”. 28 octobre 2017

Sur la page des Collections, les références sont affichées Sur la page des Collections, les références sont affichées. Vous pouvez les éditer en changer les paramètres (Edit settings), les sauvegarder dans un autre format (save as a text file), les supprimer ou les afficher. 28 octobre 2017

Nous avons cliqué sur le lien My NCBI pour revenir à la page d’accueil du compte. Dans la section Collections, vous retrouvez la collection diabetes/dev countries et vous pouvez l’éditer en cliquant sur edit. 28 octobre 2017

C’est la fin du cours avancé Hinari module 2 Il existe un manuel qui accompagne cette partie du module pour réaliser une session pratique sur les sujets traités dans ce module Mis à jour en novembre 2017 28 octobre 2017