Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces CAMPAN Amandine DUMOUSSEAU Marine PIHAN Emilie GB5 Option BIMB 2008 - 2009
Création du système d’information d’un laboratoire de biologie : sujet, contexte et limites
Objectifs Créer une base de données : stocker les expériences, gérer les accès aux résultats Créer une interface web : requêtes sur la base de données, affichage des résultats Créer 3 interfaces pour 3 types d’expériences : visualiser les résultats spécifiques
Contexte et limitations Expérience : Expérimentateurs = auteurs - Pas toujours publiée - Un seul type de système - Un antécédent (unique) ou aucun Expérience E Expérience A Expérience B Expérience C Expérience D
Contexte et limitations Accès aux expériences et aux résultats : Expériences dans la base de données terminées => toujours un résultat (celles en cours ne sont pas dans la base de données) Personnel du laboratoire : pas de limites d’accès si authentifié Public extérieur : accès limité aux expériences publiques
Contexte et limitations Autres : Interface permettant d’ajouter une expérience à la base de données non prise en charge Bibliographie : lien vers l’article disponible en ligne Création et suppression d’un compte non gérées Membre du laboratoire : appartient à une seule équipe
Implémentation : base de données et interfaces
Schéma relationnel
Interfaces Mise en page : feuille CSS Programmation procédurale Programmation orientée objet : Classe Resultat : récupère et affiche la partie commune des résultats
Démonstration
Plan Introduction au site : accueil, personnel, contact Recherche rapide : ID = 3, utilisateur public Recherche rapide : ID = 2, utilisateur public et membre du laboratoire (connexion/déconnexion), liens Recherche avancée et consultation des résultats
Premier type de résultat : Spectrométrie de masse Marine Dumousseau
Représentation du résultat 01/06/09 Représentation du résultat Différentes représentations : solution de l'image Spectre Graphique Tableaux 13
Limites Données complémentaires 01/06/09 Limites Données complémentaires Pouvoir combiner les données brutes avec des données extérieures (tableaux et graphiques) 14
01/06/09 Schéma de la base 1 1 1 n 15
Interfaces Programmation orientée objet : 01/06/09 Interfaces Programmation orientée objet : Classe Resultat_Marine : hérite de la classe Résultat. Récupère et affiche les résultats de type spectrométrie de masse Classe Technique_Marine : récupère et affiche les détails de la technique 16
01/06/09 Démonstration Cas de consultation des détails des résultats de spectrométrie de masse Cas de consultation des détails concernant le type de spectrométrie de masse utilisée 17
Second type de résultat : Figure Emilie Pihan
BD 19
GL/UML Classe Resultat_Emilie: - héritage de la classe Resultat - nouveaux attributs : --> intitulé --> figure --> légende 20
Troisième type de résultat : Histogramme Amandine Campan
Choix Résultats quantitatifs : représentation en histogramme exemples : tests de viabilité cellulaire, profils d’expression (sRNAs) par puces à ADN … Figure : Tests de viabilité cellulaire chez différentes souches de Staphylococcus aureus
Base de données Stockage des données quantitatives (pas de l’image) pour correspondre au mieux à la réalité Création d’une table : Histogramme (Id_Experience : int(11), Legende : varchar(20), Valeur : float)
Interface POO, héritage Resultat Resume Interpretation Id_Experience Type ResultatGraphique Valeur Légende Id_Experience POO, héritage Requête SQL => listes des valeurs et des légendes Utilisation de la librairie graphique « Artichow » (http://www.artichow.org/) : classe BarPlot (histogrammes)
Interface Création de l’image du graphique par un fichier PHP « indépendant » (<img src='graphiqueAmandine.php' alt='Graphique'/>) Affichage de l’histogramme que si valeurs dans BD, sinon message d’erreur Mise en page : ajout de 2 divisions dans le fichier CSS (histogramme et légende)
Démonstration Résultats expérience 35 Résultats expérience 36
Merci de votre attention …