Application to Blot Synteny Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to Blot Synteny Développement d'un visualisateur de synténies Master 1 Intégration de compétences option Bioinformatique Promotion 2007-2008

Introduction Synténie : Définie la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Alignement (orthologue, paralogue) Espèce 1 Espèce 2

Introduction L’existant : Logiciel d’alignement (ex : Mauve, Mummer, Pipmarker, Alfresco ,etc.) Logiciel de visualisation d’alignement

Présentation du projet Sujet : créer un visualisateur de synténies. Objectifs : Données d’alignement modifiables Attribution de couleurs aux blocs Zoom jusqu’au niveau nucléotidique Multi- visualisation Définition d’un format d’entrée (XML)

Présentation du projet Pré-requis : Environnement Eclipse Langage JAVA Bibliothèque graphique : SWT / JFREEGRAPH Parseur XML => JDOM

Présentation du projet Organisation du travail: Centralisation des données : SVN hebergé chez Google Code http://code.google.com/p/synteny-viewer/ Document Google http://docs.google.com/Doc?docid=d7r4v3d_1hcdjpwdm&hl=en Mise à disposition de tutoriaux jdom, swt, ect....

Conception UML : diagramme de cas d’utilisation

Conception Fichiers d’entrée : Format XML DTD (Document Type Definition) pour chaque type de fichier Script PERL de création des fichiers XML

Conception Patron Modèle Vue Contrôleur (MVC) Modèle : données manipulées par l’application. Vue : représentation graphique des données, interface avec l’utilisateur. Contrôleur : gestion des évènements.

Résultats Démonstration ABSynt

Conclusion & Discussion Optimisations futures : Optimisation de la représentation graphique. Optimisation des statistiques. Génération automatique des fichiers d’entrée XML intégrée à l’application. Création d’un exécutable

Conclusion & Discussion Découverte de la phase de conception d’un projet informatique Mise en place de structures de communication cohérentes Adaptation aux besoins de l’utilisateur Elargissement des compétences en programmation JAVA Découverte de l’interfaçage graphique en JAVA Gestion d’une équipe de travail

Sèverine Bérard Annie Château Isabelle Mougenot Vincent Ranwez Remerciements Sèverine Bérard Annie Château Isabelle Mougenot Vincent Ranwez