UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale GC Faure 08/10/09 Faculté de Médecine et CHU Laboratoire d’Immunologie, EA 4369 Chargé de mission à la documentation UHP

Filière Médicale Francophone Nancy-Wuhan 2008 Un nouveau diplôme universitaire (DU) associant Nancy et Wuhan

Diplôme d’Université (DU/DIU) Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale Intégré dans le cursus de Master Objectifs: Acquérir ou conforter les connaissances de base des méthodologies utiles à la pratique de la recherche médicale

DU: Thèmes abordés 3 modules de base Information scientifique et techniques de communication Bases de données, publications, projets de recherche Méthodes en biologie moléculaire, génomique, protéomique ADN, ARN, gènes, protéines… Méthodes en biologie cellulaire, d’organes et d’organisme Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles animaux

DU: Illustration par le biais de projets en cours à Nancy 3 modules applicatifs Applications en recherche médicale Hémato-oncologie, Nutrition, Pathologies du vieillissement (cardiovasculaire, articulaire) Pathologies inflammatoires aigues et chroniques Applications en recherche chirurgicale Chirurgie robotique, coeliochirurgie, microchirurgie Greffes et transplantations Applications dans les biothérapies Thérapies cellulaires et génique Thérapies moléculaires innovantes

Programme 2009 (1) 8 octobre 15 octobre 22 octobre 29 octobre GC Faure Introduction, Chercher et Trouver, Lire et écrire J. Mistral Accès à la documentation au SCD 15 octobre C Philippe Génomique B Chenuel Physiologie et Systèmes biologiques 22 octobre C Nemos Transcriptomique/Protéomique J Felblinger Imagerie 29 octobre T Lecompte Hémostase P Rossignol Recherche clinique

Programme 2009 (2) 5 novembre 12 novembre 19 novembre 26 novembre MC Béné Cytomique (1) GC Faure Cytomique (2) 12 novembre T Lecompte Recherche clinique dans le SAPL J Hubert, P Eschwège Chirurgie robotique et Urologie 19 novembre C Baumann Santé publique B Namour Biochimie 26 novembre P Gillet Pharmacologie N Tran Chirurgie expérimentale

Chercher et trouver Des exemples, des méthodes Quelles recherches Recherche Médicale Recherche Chirurgicale Recherche Clinique Recherche Biologique Recherche Imagerie

Où fait-on de la recherche? Universités, Facultés, UFRs EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…) EA (AERES) CHUs CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB CRB, Thèques… Cancéropôles Industrie Laboratoires Pharmaceutiques Laboratoires Biotechnologies, Imagerie

Qui soutient la recherche? Les états Les organismes publics Les Ministères (Recherche, Enseignement supérieur, Industrie, Innovation) Les Régions L’Europe Les organismes privés Industrie Associations charitables Ligue, ARC, x Associations

Que fait-on en recherche médicale et chirurgicale? Faire des expériences? Faire des manipulations? Travailler dans un laboratoire? Travailler avec des animaux? Travailler avec des patients? Travailler dans un service hospitalier? Recueillir des données et faire des statistiques? Lire et écrire

Lire… et écrire Accéder à l’information Papier ou numérique Centres de documentation, bibliothèques, En ligne, via internet Sélectionner l’information Stocker l’information Utiliser l’information

Information scientifique et technique: Matière première du médecin, du scientifique, du malade, du consommateur Produit fini du médecin, du scientifique, du chercheur Produit à haute valeur ajoutée Produit à valeur stratégique

Un peu d ’histoire L ’information scientifique et technique un phénomène récent, un siècle environ du « savant fou »... aux équipes pléthoriques de la monographie, à la publication avec plusieurs centaines d ’auteurs Quel futur au 3ème millénaire?

Circulation de l’information scientifique Analogue au circuit de l’eau dans la nature les récepteurs reçoivent l’information sous forme variée, pluie, neige, grêle... les émetteurs produisent de l’information… celle-ci s’accumule dans des réservoirs, mer, lacs, neiges éternelles, glaciers les conservateurs stockent l ’information

Quelques questions Quels outils de recherche d’information utiliser??? Quelles bases de données? Quels journaux? VULGARISATION SCIENTIFIQUE

En images MASSE d'information en croissance exponentielle INTERNATIONALISATION évidente l’anglais est devenu la langue vernaculaire Influence de la NUMERISATION Evolution des OUTILS d’accès à l’INFORMATION et des SUPPORTS

LES DOCUMENTS PRIMAIRES L'INFORMATION SECONDAIRE LA LITTERATURE GRISE

La littérature scientifique Littérature en noir et blanc: les documents primaires Littérature en couleur: journaux et magazines Littérature grise Littérature multicolore: les catalogues commerciaux,

LES DOCUMENTS PRIMAIRES JOURNAUX (25 000) ET ARTICLES ARTICLES ORIGINAUX ANATOMIE D'UN ARTICLE SCIENTIFIQUE LETTRES REVUES GENERALES Journaux de REVUES LIVRES ou Book series DIDACTIQUES... TEXTBOOKS

Quelles fonctions pour une revue scientifique? La dissémination de l’information Le contrôle de qualité de la recherche la constitution d’archives « canoniques » la reconnaissance portée aux auteurs

La forme JOURNAL est apparue la plus adéquate Regroupement d’articles dans un ensemble diffusé en bloc aux abonnés Parution à dates données, régulières Traitement des articles, qualité typographie, langage non modification après publication garantie de retrouver un article/référence

Apprendre à lire, à écrire Ce qu’on ne nous a jamais appris à la Fac! Apprendre à trouver connaître les bases de données apprendre à interroger ces bases Lire, sélectionner... sur les bases de données: TITRE, auteurs, mots-clés, résumé… Classer et retrouver...

Anatomie macroscopique d’un article scientifique: Titre «self-explaining» Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses Résumé (structuration) Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!) Introduction (rationale) Matériel et méthodes (reproductibilité) Résultats (statistiques) Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité) Discussion (des résultats aux hypothèses) Références (normes à respecter) Remerciements (collaborations, financements)

Un exemple d ’article Format pdf, exemple

Apprendre à lire, à écrire Lire un article:Désordre de Lecture remerciements!, fin de l’introduction, ou début de la discussion, méthodes, références, légendes des figures et tableaux, introduction ou discussion, résultats Ecrire:..... au maximum 4 pages double interligne à l ’heure

LA PRODUCTION D'INFORMATION Physiologie d'un article scientifique Conception Développement Naissance Vie et Mort Le concept d'EVALUATION

Développement et physiologie d’un article scientifique Conception Fécondation in vitro ou sexualité de groupe Embryologie beaucoup plus long que chez les éléphants les avortements sont fréquents, et l’accouchement difficile beaucoup de partenaires, quelques bonnes fées et des accoucheurs Vie et mort d’un article beaucoup d’appelés, peu d’élus

Embryologie Bibliothèques et paillasses lecture, expérimentation, observation consignation dans un cahier Ordinateur, postes et publishers rédactions et écritures un manuscrit, soumission, éditeur, Peer Review, referees, refus ou! révisions, manuscrit, éditeur, referees, accepté! imprimeur, bon à tirer, publication, diffusion, bibliothèques

Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert Lieu de naissance Vie personnelle d’un article Etre lu par des chercheurs, médecins, journalistes, étudiants Etre compris Etre évalué, être CITE Rester inconnu, être oublié, ressusciter

Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert Vie sociale des articles Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse, Titres et travaux... position) Etre utile à son environnement (équipe, unité, université, ville, hôpital) ETRE EVALUE

Le Concept d’évaluation Distribution des fréquences de citation des articles scientifiques 1 citation: 56% 2-4: 24% 50-99: 1% cumulé: 99.56% 1000: 1300 / 32 728 729=0.00004 Facteur d’impact… durée de citation...

L'information SECONDAIRE ou TERTIAIRE ou PLUS Journaux Médicaux quotidiens hebdomadaires MAGAZINES d'actualités Journaux non médicaux quotidiens hebdomadaires mensuels autres AUDIO-VISUEL: RADIO, TELEVISION INTERNET: sites spécialisés

L ’information grise Les Thèses Les Brevets et Normes Sites spécifiques Les Rapports publics Les Rapports privés Internet? Trop d’information tue l’information

La littérature multicolore Les catalogues des fabricants ex: SIGMA, R&D Les revues «interface» Les sites internet spécialisés

LES ACCES A L'INFORMATION ABONNEMENTS BIBLIOTHEQUES PHOTOCOPIES TIRES A PART SOMMAIRES de Revues Index de Sommaires REVUES de Sommaires ... + Résumés (Summaries)

Bases de données: Medline, PuBMeD Pascal Current Contents, Web of Science Scopus

PubMed: le site est encore amélioré

Les opportunités de l ’électronique indexation en texte intégral outils de recherche intelligents inclusion de données actives liens hypertextes vers d’autres ressources open peer comments…living seminar multimédia utilisation du réseau

Numérisation: intérêt pratique A Nancy et ailleurs... des étagères et du PEB aux périodiques en texte intégral… marcher feuilleter «cliquer»

Sans bouger de chez soi! Regarder en haut à droite Elsevier, Academic Press,Wiley... Open access

Les Revues électroniques Qu’est ce qui a changé? l’accès au réseau, dans les universités, dans les Hôpitaux l’accès aux bases de données PUBMED (références, et résumés) l’accès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs Qu’est ce qui va changer? le réseau les accès au document primaire ? et son format? les BU /SCD A qui sont ces articles ? QUI PAYE? Qu’est ce qui ne change pas? les end-users ! les nécessités: de lire d’avoir des résultats, d’écrire... d’un peer-review

L’UMVF: Fédération Inter-Universitaire pour l’Université Médicale Virtuelle Francophone GIP FIU-UMVF MEN, MESR, MEFI JO 13 Aout 2003 33 Universités http://www.umvf.prd.fr/info/qui/presentation.html

L’UMVF: ses missions mettre en œuvre les technologies de l’information et de la communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine en formations initiale et continue. Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé Centre d’information et de prévention pour le public Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le monde. produire des ressources documentaires venant en complément des cours. Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales (ECN)… une banque de données Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires soutenue par la Conférence des Présidents d’Université la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.

Les Campus Numériques http://www.umvf.prd.fr/ressources/campus.php Plus de 45 en fait, Toutes disciplines du premier cycle Histologie-embryologie Microbiologie Statistiques à l’ECN Néphrologie Neurologie Rhumatologie…

ASSIM: RAISIL Réseau d’accès à l’information scientifique en ligne http://www.assim.refer.org Les questions du module 8 Immunologie De 112 à 127 Une structure en briques de connaissance Des cas cliniques Des réponses Pas de QCMs

Doc’UMVF Nouvelle Page ECN 2010 345 items Plus de 2000 documents pédagogiques CISMEF Rouen S Darmoni JP Thirion

Autres ressources d’intérêt en langue française CNCI http://www.cnci.univ-paris5.fr/welcome.html Concours Médecins étrangers Annales QCM 2005-2007: 3x120 http://www.cnci.univ-paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html Les pages ECN de l’HAS +++ http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant-national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d-emploi Mise à jour mensuelle ORPHANET++

Aimez vous les vidéos? Utilisez vous les podcast? UMVF: canal U http://www.canal-u.tv/themes/sciences_de_la_sante_et_du_sport Au NIH, cela dépasse l’internat NIH videocasting and podcasting http://videocast.nih.gov/

Les moteurs de recherche Google, Yahoo, Bing… Wikipedia? Nature Medicine 2007;13: 231-233

Other resources (en anglais) emedicine by WebMD http://emedicine.medscape.com/ Sur PubMed OMIM Books PubMedCentral (Free archives)

Méthodes de travail! À L’Ecole En Recherche Programmes… Examen En Recherche Cahier de laboratoire Electronic-lab-book A l’Université et tout au long de la vie Logbook Portfolio E-portfolio

Workplace-Based Assessment Assessing a trainee’s progress Assessing competences in laboratory procedures and clinical skills Assessing trainee’s skills in clinical examination Case-based discussions An hindrance: duration (5years) and diversity of training How to help trainees in acquiring skills and competences?

Portfolio: old and new words, evolving concepts in training From « Titres et travaux » to portfolio Logbook.. Book Portfolio a tool for training and legitimation

E-portfolio: the future Usage of internet and web 2.0 Access anywhere anytime UK: Wales Europe:Elfel project