Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs Génomique comparative et fonctionnelle

Equipe bioinformatique du LIRMM 6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E. Rivals (CR, CNRS) 2 Associés A. Jean-Marie (DR, INRIA), G. Mélançon (Prof, UM3) 1 Ingénieur Génopole S. Pinloche, puis F. Le Thiec 8 Doctorants 1 Post-doctorant

Equipe bioinformatique du LIRMM Actions régionales … Génopole Languedoc-Roussillon … nationales Animation communauté nationale IMPG Lancement de JOBIM (conf. francophone) Responsable de l’ACI IMPBio internationales Membre du bureau editorial de Systematic Biology Current Protocols in Bioinformatics Comite de Progr. conférences, revues (ECCB, WABI)

Equipe bioinformatique du LIRMM Collaborations régionales MP Lefranc, J. Buard (IGH, Montpellier) N Galtier (GPIA, Montpellier) E. Douzery (ISEM, Montpellier) P. Jarne (CEFE, Montpellier) L. Journot (CCIPE, Montpellier) nationales… internationales M. Hendy (Massey Univ., NZ) G. Weiner (Australian National University, AU) R. Desper (NCBI, USA) F. Major (Univ. de Montreal, CA) S. Rahmann, M. Vingron (Max Planck Institute, GER)

Equipe bioinformatique du LIRMM Publications 2002-03 Discrete Applied Mathematics Combinatorics, Probability and Computing Lecture Notes in Computer Science (2 articles) Journal of Computational Biology (2 articles) Bioinformatics Systematic Biology Proteomics Molecular Biology and Evolution (3 articles)

Equipe bioinformatique du LIRMM Valorisation sur le portail web DTscore recontruction d’arbres de duplication FastME reconstruction phylogénétique GAME inférence phylogénétique, estima° de gamma MSAlign alignement de cartes de minisatellites STAR recherche de répétitions de motifs PermutMatrix visualisation de données d’expression PHYML reconstruction phylogénétique

Equipe bioinformatique du LIRMM PermutMatrix Analyse exploratoire d'un tableau de données d’expression qui incorpore la sériation Seriation optimale avec ou sans structure arborée. Reprend l’approche de Eisen mais avec réorganisation optimale des feuilles de l’arbre de classification. Applications : série temporelle, cycle cellulaire

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Equipe bioinformatique du LIRMM PermutMatrix article soumis à Bioinformatics implication de S. Pinloche www.lirmm.fr/~caraux/PermutMatrix/ nombreux retours positifs

Equipe bioinformatique du LIRMM PHYML Reconstruction phylogénétique avec maximum de vraisemblance (“meilleures méthodes”) Modèles de substitution varies Nucléotides JC69,K2P,F81,F84, HKY, TN93, GTR Acides aminés Dayhoff, JTT, mtREV Aussi précis que fastDNAml, beaucoup + rapide

Equipe bioinformatique du LIRMM PHYML Précision topologique NJ DNAPARS FastME fastDNAml PHYML

Equipe bioinformatique du LIRMM PHYML Temps de calcul 40 taxa 500 bp 100 taxa 218 taxa 4,182 bp 500 taxa 1,428 bp DNADIST+NJ 0.3s 2.3s 50s 2min15s DNAPARS 0.5s 6s 4min 13min15s MetaPIGA 21s 3min30s 4h45min 9h fastDNAml 1min15s 26min30s … PHYML 2.7s 12s 8min15s 12min

Equipe bioinformatique du LIRMM PHYML article paru dans Systematic Biology début Oct. implication de F. Le Thiec www.lirmm.fr/~guindon/phyml.html 1100 visites : France, Etats-Unis, Nouvelle-Zélande, Allemagne, Norvège, Canada, Autriche, Royaume-Uni, Suisse, Belgique, Chine…