Unveiling fungal zooflagellates as members of freshwater picoeukaryotes: evidence from a molecular diversity study in a deep meromictic lake Lefèvre et al., 2007

U33: Diversité des Organismes Marins Etude de la biodiversité de picoeucaryotes basée sur des méthodes moléculaires au Lac Pavin Exposé présenté par: HAMOUDA Amine Lojou Vincent Etudiants en Master I – COM

Lac Pavin Géographiquement:

Lac Pavin Il est né d'une explosion volcanique qui creusa le flanc du puy de Montchal. De forme presque circulaire, surface de 44ha, profondeur max est de 92m, enchâssé dans une forêt, et influence anthropique relativement faible.

Procédé expérimental L’échantillonnage à des profondeurs variables: 5m (épilimnion) 9-10m (métalimnion) 30 m (hypolimnion) 56-59 m (oxycline) Filtration: On n’a gardé que les organismes de taille <5µm

Procédé expérimental Extraction d’ADN + Amplification par PCR Détection des ADNr 18S Détermination des affiliations phylogéniques, calcul des distances et alignement par des méthodes Bioinformatiques. Construction de l’arbre phylogénique

T(°C), O2 (mg l–1) T(°C), O2 (mg l–1) Chl a (μg l–1) Chl a (μg l–1) Profil vertical de température, d'oxygène et de Chlorphylle a mesurés le 310804 au Lac Pavin Profil vertical de température, d'oxygène et de Chlorophylle a mesurés le 061004 au Lac Pavin

Fungi Rhizaria Alvéolés

Arbre Phylogénétique Nouveau clade 1: Asteronella formosa un Diatomée parasité par un Rhizophydium

Fungi Rhizaria Alvéolés

Nouveau clade 4 est frère des Euglypha rotunda Euglypha sp

Fungi Rhizaria Alvéolés

Nouveau clade 5 fait parti des Perkinsea, ici une espèce qui parasite un bivalve: philippinarum

Courbes de raréfaction Sont obtenus par extrapolation des valeurs d’OTU en fonction du nombre de clones, via des outils informatiques. Le palier est synonymes de biodiversité maximale atteinte.

Courbes de raréfaction Zone oxique du 310804 Zone oxique 061004 % OTU Zone oxycline 061004 Zone oxycline 310804 Nombre de clones

Courbes de raréfaction Biodiversité maximale atteinte: 310804: en oxycline (50-60 m) 061004: en zone oxique( 0-60 m)

Abondance relative 310804 Zone oxique Oxycline Abondance en %

Abondance relative 061004 Zone oxique Oxycline Abondance en %

Conclusion La communauté du lac Pavin est unique: Meromictie Biodiversité découverte avec 5 nouveaux clades Le parasitisme est important dans la communauté des picoeucaryotes, et influence sur les producteurs primaires.

Conclusion Diversité très variable en fonction de la saison. 2 écosystèmes dans le lac Pavin: Oxycline La zone oxique Les populations sont différentes en comparaison avec d’autres études sur des lacs.

Conclusion Une grande diversité des picoeucaryotes est à découvrir.

Critiques Les valeurs de Bootstrap sont parfois illisibles, ceci ne nous permet pas de discuter la solidité de l’arbre.

Critiques Certains graphiques sont difficilement lisibles.

Critiques La méthode est basée uniquement sur les phylogénies moléculaires Utilisation d’autres marqueurs moléculaires pour renforcer la phylogénie. L’écosystème des nouveaux clades découverts?

FIN

Bibliographie Olive P., BoulègueJ. ;étude biogéochimique d'un lac méromictique :le lac Pavin, France;Géomorphologie : relief, processus, environnement, 2004, n° 4, p. 305-316. http://commons.wikimedia.org/wiki/Image:Euglypha_sp.jpg http://protist.i.hosei.ac.jp/PDB6/PCD0222/htmls/35.html http://www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque http://www.env.sci.toho-u.ac.jp/topics/009204.html http://www.pac.dfo-mpo.gc.ca/sci/shelldis/pages/perkincc_e.htm