La recherche documentaire Présentation des ressources de la bibliothèque Internes en cardiologie

Préalables à toute recherche Questionner son sujet : qui, quand, quoi, où, comment, pourquoi ? Redéfinir le sujet avec des mots-clés : aller du plus général au plus spécifique, chercher les synonymes. Penser aux thésaurus et index. Formuler sa requête avec les opérateurs booléens. Privilégier la recherche avancée : démarche un peu plus longue mais qui permet d’ajouter des limitations, de mieux cibler la recherche.

Les opérateurs booléens OU / OR : additionne les termes. Elargit la recherche avec des synonymes. ET / AND : combine 2 concepts différents. SAUF / NOT : exclut un terme. George Boole : mathématicien US du 19e. Algèbre

Pubmed / Medline Medline : Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (le contenu) Base de données bibliographiques Gérée et mise à jour par la NLM 19 millions de références d’articles, tirés de 5000 revues Domaine médical et biomédical En anglais PubMed : accès à Medline + autres bases (le contenant)

Recherche simple A partir de la page d’accueil. Utile pour un sujet très pointu et pour retrouver tous les articles, y compris ceux qui ne sont pas indexés. Syntaxe : la troncature * : remplace plusieurs caractères à partir de la racine d’un mot. Ex : therap* ramène therapy, therapies, therapist, therapists, therapeutic, therapeutically. Par nom d’auteur : syntaxe = nom prénom. Pour un groupe d’auteurs : utiliser le tag [cn] corporate name. Ex: american dental association [cn] Rappel troncatures : * cardio* = cardiologie, cardiologies, cardiopathie, cardiotoxins, cardiomyopathy Taper « influenza* » dans Adv. S. + details.

Qu’est-ce que le MESH? MEdical Subject Headings. Liste contrôlée de mots clés (descripteurs) normalisés hiérarchisés utilisée pour décrire le contenu des articles et interroger les bdd. Intérêts : gère les synonymes (Cardiac arrest = heart arrest = cardiopulmonary arrest) et permet d’effectuer des recherches plus fines. Ex : « moelle epiniere » = 47 résultats « moelle spinale » = 2 « spinal cord » = 140 942 « spinal cord » MESH = 71 451 « spinal cord » MESH + qualificatif « surgery » = 2 599 Plus de 25 000 termes hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories. http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/015_020.html 83 qualificatifs/subheadings : concepts généraux utilisés pour préciser le sens des descripteurs.

Une notice MESH

Recherche via Mesh Database Outils terminologiques pour trouver l’équivalent du mot clé en MESH : Cismef : Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones. www.chu-rouen.fr/cismef/ Termsciences : portail terminologique développé par l’INIST. www.termsciences.fr Dans la notice du mot MESH, 4 combinaisons possibles : Cocher le terme : explosion automatique. Sélectionner 1 subheading/qualificatif. Sélectionner un Major Topic : limite la recherche aux articles ayant pour sujet principal le terme recherché. Do not Explode : pour ne pas récupérer les articles indexés avec les descripteurs spécifiques. Send to : search box with AND/OR/NOT Combinaison de plusieurs termes opérateurs booléens : maladi* vasculair* AND cœur, patholog* AND (cœur OR heart), (patholog* AND (cœur OR heart)) NOT cardiomyopath*

Recherche avancée

Search builder 3 1 2 Clic gauche : combiner, supprimer les recherches

Affiner sa recherche Limitations : « Limits » à appliquer au préalable, ou en cours de recherche. Langue, date, type de publication, population, etc. Limitations valides pour toutes les recherches ultérieures. Combiner plusieurs recherches : dans « Advanced search » à partir de l’historique. Historique automatique conservé 8h. Preview : pour afficher la recherche et le nombre de résultats dans l’historique de recherche ? Combiner avec des périos de cardio uniquement : Journals database = browse by subject terms Cardiology. Puis combiner avec d’autres recherches.

Lecture des résultats [PubMed - in process] : articles récents, pas encore indexés [PubMed - as supplied by publisher] : idem [PubMed - indexed for MEDLINE] Affichage des résultats : « display settings ». Summary = référence « sèche » Abstract = avec le résumé Medline : champ TI = titre original Filters : « free full text », « reviews ». Possibilité d’ajouter des filtres dans My NCBI. Nouvelle recherche en combinant plusieurs résultats dans la recherche avancée, à partir de l’historique.

Exploitation des résultats Gestion des résultats : panier/clipboard (jusqu’à 500 références), envoi par mail, vers un fichier, mes collections et my bibliography (NCBI). Créer un flux RSS sur une requête.

Exercices I

My NCBI « Collections » : sauvegarde des résultats « Searches » : sauvegarde des recherches avec mise à jour par mail « My bibliography » : collecte les citations choisies. Créer des alertes Appliquer des filtres automatiques sur les résultats Lgalindo/ pubmed

Single citation matcher A partir d’éléments incomplets de référence : Un article de G. Lemesle dans « Archiv. Of Cardiovascular diseases » Une référence : J. Virol. ; 2006 Jan, 80 (1) : 541 Batch citation matcher : pour retrouver un PMID.

Clinical Queries Pour des recherches spécifiques dans le domaine clinique. 3 filtres de recherches : Clinical category studies Systematic reviews Medical genetics Clinical category studies: 5 catégories (etiology, diagnosis, therapy, prognosis, clinical prediction guidelines) Ciblage possible : narrow = pour une recherche plus précise et pertinente mais qui ramènera moins de résultats broad = références un peu moins pertinentes mais plus de résultats.

L’accès aux documents S’IDENTIFIER Avant toute recherche distante, via l’ENT de l’UM1, onglet Me former, me documenter, rubrique Documentation BIU Ou le site de la BIU www.biu-montpellier.fr L’identification permet également l’accès à : Formulaires : PEB (Prêt Entre Bibliothèques) pour un article indisponible à la BIU Formulaires : Demande de formation à la recherche (pour approfondir d’autres bases de données) Boomerang : pour poser une question à un bibliothécaire Ps : choisir une adresse mail que vous consultez.

A to Z : Revues électroniques 5 702 revues dans le domaine « Médecine et santé ». 198 en cardiologie Recherche par titre/sujet/éditeur. Penser à la troncature * pour les titres. Légende : Cube jaune : Université de Montpellier I « LWW High Impact Collection  1957 à nos jours » : lien vers le site du journal via l’éditeur et état de collection disponible

Le catalogue de la BIU Si l’article n’est pas disponible online, consulter le catalogue de la BIU. Vérifier l’état de collection au niveau des exemplaires, la cote et la bibliothèque. Mon dossier : pour retrouver l’historique de ses prêts. Journal of anaesthesia. Un ouvrage : thérapeutiques en cardio*. Jan; rebondir sur mot clé Appareil cardiovasculaire prevention. Limite : BU

Le SUDOC Système Universitaire de DOCumentation. Catalogue collectif français des livres, thèses, périodiques conservés dans les bibliothèques d’établissement d’enseignement supérieur et de recherche. Utile pour chercher une thèse, un périodique absent à l’UPM. Périodiques : seule la localisation est indiquée (donc pas de full text). Privilégier la recherche avancée : Pour une thèse : choisir « Tous les mots » et cocher dans « Type de publication » : Ressources électroniques et Thèses. Rebondir sur les mots clés d’un résultat pertinent. Combiner les résultats de recherche via l’historique : #1 et #2 Panier et envoi des résultats par mail.

Filtres : année de publication = à partir de -

Pascal Base de données bibliographique multidisciplinaire en sciences et santé produite par l'INIST depuis 1987. Interrogeable en 3 langues (français, espagnol, anglais). Disciplines couvertes : Sciences, technologie et médecine sauf histoire de sciences. Plus de 6000 périodiques dépouillés ainsi que des congrès, ouvrages, brevets, rapports et thèses. Accès au plein texte en fonction des abonnements de la BIU. Fonctionnalités : Index Affiner ses recherches (date de publication, langues, source, etc.) Historique de recherche Constitution d’un « dossier » (= panier de résultats) LinkSource : résolveur de lien (mise en relation avec le texte intégral si celui-ci est disponible).

Index pour vérifier vocabulaire. Historique de recherche. Affiner ses résultats. Ajouter au dossier. Link Source.

Cochrane Outil de référence pour la recherche d’essais contrôlés randomisés. Ensemble de bdd de revues systématiques et méta analyses produites par la « Cochrane Collaboration », organisation internationale de médecins ou chercheurs bénévoles depuis 1993. Revue systématique/ systematic review : évaluation critique de l’ensemble des données de la littérature (publiées et non publiées) en réponse à une question clinique précise, utilisant des méthodes permettant de réduire la probabilité de biais. Méta analyses/ meta analysis : revue systématique qui comprend une stratégie d’analyse quantitative permettant d’agréger les résultats provenant de plusieurs études en un seul résultat. Références d’articles, de protocoles thérapeutiques randomisés et full text des revues sur les études méthodologiques (Methods Reviews) préparées la Cochrane Library et selon le protocole PICO (Patient Intervention Comparison Outcome). Reviews = articles et non revues!

La Cochrane dans le détail Plusieurs bases : Cochrane Reviews/ Cochrane database of systematic reviews (CDSR) : 4 900 revues systématiques d’études sur les effets d’interventions cliniques incluant les protocoles. Clinical Trials/ Cochrane central register of controlled trials (CENTRAL) : plus de 500 000 essais cliniques randomisés. Other Reviews/ Database of abstracts of reviews effects (DARE) : revues systématiques d’études réalisées en dehors de la collaboration Cochrane. Methods Studies/ Cochrane methodology register (CMR) : études méthodologiques provenant de supports différents (livres, actes de congrès, revues). Technology Assessments/ Health technology assessment database (HTA) : études d’évaluation technologique reliées aux interventions cliniques (prévention, rééducation, appareils médicaux, procédures médicales et chirurgicales). Economics Evaluation/ NHS economic evaluation database (NHSSEED) : références d’évaluation économique (publiée) des interventions cliniques.

Recherche avancée : pour combiner plusieurs termes, choisir une base. Recherche simple par défaut sur la page d’accueil, sur « Title, abstract, keywords ». AND par défaut entre les termes de recherche. Recherche avancée : pour combiner plusieurs termes, choisir une base. Historique de recherches Sauvegardes des recherches si création d’un compte. Recherche par mots MESH. Attention : tous les documents de la Cochrane ne sont pas indexés avec les mots MESH.

Recherche simple :

Web of Science Base de références bibliographiques produite par l’ISI (Information Scientific Institute de Thomson Reuters). Descriptif : base bibliographique composée de 6 bases de données (Science Citation Index Expanded, Social Sciences Citation Index, Art & Humanities Citation index, Index Chemicus, Conference Proceedings Citation Index, Science and Conference Proceedings Citation Index, Social Science & Humanities). Domaine : base de langue anglaise, multidisciplinaire en sciences et techniques, médecine, sciences humaines et sociales. Timespan : date d’entrée de la publi dans la base et non date de publication. Researcher ID pour les chercheurs collab.

Recherche dans le WoS Sélectionner la base Web of Science. Search/ Recherche simple : combinaison possible de plusieurs champs d’interrogation : Topic : titre, mots-clés, résumé Author : nom de famille, espace, première lettre du prénom suivie de l’astérisque Group author : auteur collectif Address : institution de rattachement NB : les recherches « auteur », author, group author ou publication name, offrent la possibilité de consulter un index (loupe) Advanced Search : plus compliquée car utilisation de tags. Cited reference search : recherche par référence citée. Permet de trouver combien de fois un auteur ou un document sont cités par d’autres documents. Interroger par auteur cité (index cited author), par référence (liste cited work et liste des abréviations de titres) et par année de publication (cited year). Privilégier l’interrogation sur le premier auteur. Search history Marked List : panier de résultats le temps d’une session.

Exploitation des résultats SORT BY : tri des résultats, par date de publication, nombre de citation, pertinence, premier auteur, titre, source. REFINE RESULTS : affiner les résultats. Dans une liste de références, permet d’extraire un sous-ensemble de références, par sujet, source, type de document, auteur, année de publication, institution, langue, etc. (en affichant les options, on peut inclure ou exclure les critères). ANALYZE RESULTS : analyse des résultats. Sonde jusqu’à 100 000 résultats, par auteur, institution, sujet, année de publication, titre de revue, type de document, langue. Permet de repérer des auteurs ou des revues par rapport à une problématique. NB : export possible dans Excel ou dans un fichier txt via SAVE ANALYSIS DATA TO FILE. CREATE CITATION REPORTS : statistiques sur les résultats après avoir coché les plus pertinents (graphiques, nombre de citations, dates de citations, indice h). NB : intéressant dans le cadre d’une recherche sur un auteur, nombre de publications et de citations.

Une référence en particulier CITED BY : Accès à la liste des articles qui ont cité l’article que l’on visualise. Possibilité de créer une alerte sur la citation de l’article. RELATED RECORDS : références apparentées, autres articles qui ont cité les mêmes travaux. Permet de retrouver des articles traitant du même sujet, quels que soient les mots utilisés pour la recherche. REFERENCES : bibliographie de l’article, on peut rebondir sur chaque référence. JOURNAL’S IMPACT FACTOR : dans la rubrique « Additionnal information ». Facteur d’impact de la revue, via le Journal of citation reports (JCR). CITATION MAP : analyse cartographique des citations.

JCR (Journal Citation Report) Total cites : total des citations pour chaque revue. Impact factor : facteur d’impact (= nombre de fois où les articles d’une revue, publiés durant les 2 dernières années, sont cités sur une année donnée, divisés par le nombre total d’articles publiés dans la revue). Immediacy index : indice d’immédiateté, fréquence de citations dans les 12 mois suivant la publication. Articles : nombre d’articles publiés durant l’année dans une revue. Cited half-life : demi-vie articles cités. Age médian, après la publication, des articles de la revue, ayant été cités, durant une période donnée. Permet de déterminer si les citations qui se rapportent à une revue sont en moyenne plutôt récentes ou non. Eigenfactor : prend en compte tout l’environnement de la citation sur 5 ans, écarte l’autocitation.

Cited journal : graphique de citations de la revue, par année et par type de citation Citing journal : graphique de citations faites par la revue, par année et par type de citation Source data : données sources, nombre d’éléments pouvant être cités, nombre d’éléments effectivement cités, le ratio donne le taux de citation moyen.

Google scholar Couverture : multidisciplinaire mais le domaine sciences et techniques beaucoup plus représenté. Lancé en 2004. Documents : articles de revues scientifiques, prépublications, résumés, références bibliographiques (Livres, thèses, citations), rapports techniques… A utiliser:  Pour une première approche et une recherche non exhaustive sur un sujet.  Pour une recherche croisée, multidisciplinaire.  Pour trouver des ressources en texte intégral, en libre accès.  Pour suivre l’impact scientifique d’une publication sur le web.  Pour trouver un article spécifique dans un journal spécifique.  En complément des bases de données spécialisées. Peut être interrogé à partir de Termsciences : http://www.termsciences.fr/ Choix de la langue dans Préférences

Google Scholar Avantages Limites Gratuité. Recherche fédérée sur un corpus « dit » scientifique. Simplicité d’utilisation. Augmente la visibilité de la littérature académique. La recherche par mots-clés en texte intégral. Identifie les sources des résultats. Identifie l’impact d’une ressource par son taux de citation. Opacité de l’algorithme et des technologies utilisées. N’est pas exhaustif ! Couverture réelle inconnue, aucune information sur la période couverte, aucune indication sur le volume disponible. Ambiguïté de l’interrogation en langage naturel, indexation automatique, ne repose sur aucun langage contrôlé ni thésaurus. Erreurs dans les résultats (doublons, auteurs…). Index de citation incomplet.

Chaque résultat est présenté avec son auteur, sa source (nom du journal) et son année de publication. « Cited by » identifie, depuis l’index de Google Scholar, les articles qui ont cité cette ressource et donc son taux de citation. Les plus populaires, c-a-d ceux qui ont connu le meilleur impact et qui ont été les plus cités. « Group of x » permet d’accéder aux différentes versions de l’article publié par la même équipe. Ce qui permet de voir la pré-publication d’un article et les corrections, ajouts qui ont été faits.

Pour toute question : No boundaries. No limits. Know your library. (campagne de la NJL). Boomerang : un bibliothécaire vous répond dans un délai maximal de 5 jours ouvrés. Contactez-nous : Pour une formation : bu-upmformation@univ-montp1.fr Pour un renseignement pratique : 04 67 41 58 15