Le service chirurgical Aménagé en 1870, par une extension des bâtiments primitifs, il ouvrit le 1er janvier 1871 assuré alternativement par les chirurgiens-aides majors de l’Hôtel-Dieu et de la Charité tels Laroyenne, Fochier (professeur de clinique obstétricale en 1886), Daniel Molliere, Antonin Poncet, Etienne Rollet (professeur de clinique ophtalmologique en 1905), Maurice Polosson, ou plus tard M. Patel, G. Cotte, P. Santy, Ph. Rochet, Eugène Polosson qui poursuivirent leur carrière dans la Presqu’île ou, pour les derniers, à l’Hôpital Edouard Herriot, souvent lors de leur élection à une clinique.

Si les victimes de l’épidémie de typhoïde de 1863 furent traités en médecine, l’épidémie de variole de 1875 nécessita d’ouvrir un service de 20 lits pour femmes varioleuses dont l’utilité évidente conduisit à ouvrir un hôpital d’« isolement » pour maladies contagieuses, en 1891 – 92. Ce fut sur un terrain acquis en 1883, puis agrandi en 1885, par les Hospices, sis un peu en contrebas sur la commune de Caluire-et- Cuire juste au-delà de la rue du Nord, enjambé par un pont carrossable et une passerelle, édifiée en 1896 ; il fut annexé par Lyon en 1910, pour simplifier les déclarations de décès. Il comporte trois ailes à deux niveaux, les salles permettant de« cloisonner » typhoïdes hommes et femmes, diphtéries, scarlatines, diverses maladies contagieuses en particulier les méningites en gardant une salle de secours.

La générosité de Madame Bonafous veuve Bouniols et de Clément Joseph Livet permit d’ouvrir, en 1905 rue de Margnolles, une nouvelle annexe, maison de convalescence Livet-Bonafous–Bouniols, pour 45 femmes adultes tout d’abord, pour hommes après 1936, pour enfants assistés (72 scoliotiques et poliomyélitiques) plus tard bénéficiant d’une école provisoire pour handicapés actuellement déportée à Caluire au-delà de la Montée de la Boucle.

Au début, le nouvel hôpital n’eut qu’une pharmacie rudimentaire tenue par une sœur-cheftaine ou plus rarement par un frère mais en 1882, lors de la rénovation des pharmacies hospitalières, Guérin, Pharmacien des Hôpitaux, est nommé là. Une bibliothèque fut créée dès 1865, année où l’on modifia le service de bains en séparant hommes et femmes et en utilisant des baignoires émaillées en place de celles en zinc (précieuses pour la balnéation des typhiques) voire des bains-turcs pour les rhumatisants. En 1894, l’hôpital est visité par Casimir Périer, alors Président du Conseil.

LES GUERRES La Première Guerre Mondiale amène un afflux de blessés soignés concurremment avec des malades civils. On évacue une partie de ceux-ci, notamment sur l’Hôpital- hospice de Sainte-Foy-lès-Lyon mais en 1917, 792 lits, parfois couchettes ou installés dans des baraquements, sont occupés par seulement 93 militaires. Par contre, fin 1942, après l’occupation de la zone « nono », les Allemands réquisitionnèrent l’hôpital et le laissèrent en septembre 1944 « dans un état de saleté étonnant » (M. Colly). Des travaux hâtifs de nettoyage permirent la réouverture vers la mi-septembre 1945.

ENTRE LES DEUX GUERRES Médecine, chirurgie, maternité, pharmacie n’ont pas une évolution bien originale mais l’« isolement » s’enrichit en 1926 par le transfert des enfants de la Charité ; c’était toujours un choix d’attente pour Médecin des Hôpitaux récemment nommé au concours (à l’exception d’Eugène Devic ou Charles Lesieur jusqu’en 1917) en attendant que Joseph Chalier n’en fasse une spécialité : on crée pour lui en 1938 la Clinique des Maladies Infectieuses et bientôt, un autre service hospitalier réservé lui aussi aux contagieux.