PubMed: Recherche, affichage, téléchargement et envoi par e-mail (module 4.1)

MODULE 4.1 PubMed: Recherche, affichage, téléchargement et envoi par e-mail Instructions – Cette partie du: Cours est une présentation PowerPoint destinée à vous introduire à la recherche, l'affichage, le téléchargement et 'envoi par couurier électronique (e-mail sur PubMed); module est hors connexion et est conçue comme source d'informations et de référence. 2

Table des Matières Connexion à PubMed Navigation sur PubMed Sélection d'une base de données Recherche sur PubMed Options d'affichage Options d'impression, sauvegarde et e-mail Les cinq modules HINARI/PubMed mettront l'accent sur des compétences pour l'utilisation de PubMed comme outil de recherche d'articles en texte intégral. PubMed est la base de données biomédicales la plus en vue, car elle indexe plus de 5,100 revues. Les compétences dans ces modules comprennent une vue d'ensemble su site Internet, l'utilisation des limites dans PubMed, les titres de sujets médicaux (Medical Subject Headings/MeSH) et d'autres outils (aperçu/index et historique) pour les stratégies de recherche, ainsi que l'utilisation de My NCBI, un mécanisme qui permet de configurer des filtres de recherche, de sauvegarder des résultats de recherches et de recevoir des notifications automatiques par e-mail sur les articles nouvellement ajoutés à PubMed. En acquérant ces compétences, vous maîtriserez un outil inestimable pour accéder aux revues électroniques disponibles grâce à HINARI, surtout que vous serez capable d'identifier des articles offerts par de nombreux éditeurs participant au programme. Comme pour le premier module, vous devrez accéder à Internet et vous allez effectuer une série d'exercices. Vous devrez aussi vous connecter à HINARI et aller à la page “Rechercher des articles avec PubMed (Medline)”, autrement, vous n'auriez pas accès aux articles en texte intégral 3

Avant d'aller à PubMed, vous devez vous connecter au site web de HINARI à l'adresse http://www.who.int/hinari/fr/ 4

Vous devez taper votre Nom d'utilisateur et votre mot de passe dans les boîtes appropriées, puis cliquer le bouton Login (Se connecter). NB: Si vous ne vous connectez pas correctement, vous n'aurez pas accès aux articles en texte intégral 5

Rappelez-vous que si vous n'utilisez pas la page de Login (Connexion), vous pouvez le faire sur la page Périodiques, base de données et autres sources d'informations en texte intégral. 6

Rechercher des articles avec PubMed (Medline). Quand vous êtes connecté à partir de la page d'accueil de HINARI, accédez à PubMed en cliquant Rechercher des articles avec PubMed (Medline). Quand vous êtes connecté à partir de la page d'accueil de HINARI, accédez à PubMed en cliquant Rechercher des articles avec PubMed (Medline). 7

Depuis Octobre 2009, l'affichage de PubMed a été repensé d'une manière plus simple et plus intuitive. Rappelez-vous d’accéder à PubMed à travers HINARI, sinon vous ne pourrez pas consulter les articles en texte intégral

La partie inférieure de la page d'accueil de PubMed affichée ici contient des liens hypertexte vers de nombreux outils et bases de données le National Center for Biotechnology Information (NCBI/Centre National d'informations de Biotechnologie). Remarquez l'option Bookshelf (Étagère à livres) qui vous donne accès à de nombreux livres électroniques en texte intégral. ﾲ²

La page Bookshelf de NCBI donne accès à plus de 700 ressources électroniques en sciences de la vie et en soins de santé, comprenant livres, collections d'articles, bases de données, documentation et rapports. Remarquez les listes New & Updated (Nouveau et Actualisé) et Featured Titles (Titres en vedette). Nous allons choisir l'option Browse Titles (Parcourir les titres).

Dans le Bookshelf de NCBI, vous pouvez faire des recherches par Type de publication, Sujet ou Editeur (Types, subjects, publishers). Vous pouvez également effectuer une recherche par mots-clés (Search). Si vous cliquez sur Book dans Types, vous aurez accès à 136 livres.

La boîte de recherche de PubMed est active La boîte de recherche de PubMed est active. Mettez vos termes de recherche dans cette boîte. Dans cet exemple, pour effectuer une recherche sur malaria infections AND Africa, tapez ces termes dans la boîte de requête, puis cliquez le bouton Search (Rechercher).

Les résultats de la recherche sont affichés dans le corps de la page au format Summary (Sommaire), 20 Items per Page (20 éléments par page) avec l'option de tri (Sort by) Recently Added (récemment ajoutés). Ce sont là les options par défaut après une recherche. Notez les deux filtres supplémentaires pour les articles Free Full Text (Texte intégral gratuit) et HINARI. Ceux -ci ont été créés par les recherches HINARI/PubMed sauvegardées dans My NCBI (Voir Module 4.5). Sur les 4095 articles, 1920 sont disponibles sous le filtre HINARI et 1624 avec le filtre Free full text (avec quelques chevauchements).

Notez l'hyperlien pour Free article (Article gratuit) Notez l'hyperlien pour Free article (Article gratuit). En le cliquant, vous serez redirigé sur l'affichage Abstract (Résumé) et aurez accès au texte intégral. Notez aussi que les termes de recherche – malaria, infections et Africa - sont en gras s'ils font partie du titre.

A partir de l'affichage Abstract, cliquez le lien hypertexte vers le site de l'éditeur et l'article en texte intégral. Pour les articles HINARI, il y aura des icônes HINARI et des liens.

Ici vous avez accès au texte intégral d'un article du Bulletin de l'Organisation Mondiale de la Santé.

Nous allons à présent utiliser le menu déroulant Display Settings (Options d'affichage) pour choisir le Format Abstract, 20 éléments par page (Items per page) triés par les plus récemment ajoutés (Sort by Recently Added). Pour activer ces options, cliquez le bouton Apply (Appliquer).

Notez que les options Format Abstract avec 20 Items per page et Sorted by Recently Added sont maintenant indiquées dans la ligne Display Settings au dessus du nombre de résultats. Notez aussi les filtres Free Full Text et HINARI. Nous allons à présent cliquer sur celui de HINARI. 18

Quand vous cliquez sur l’icône HINARI dans l'affichage Abstract, une liste de les articles HINARI apparaît avec l’icône HINARI. En cliquant sur cette icône, vous afficherez le texte intégral de l'article. Le filtre Free Full Text fonctionne de la même manière. Notez que certains articles ont à la fois l’icône HINARI et Free Full Text icons dans l'affichage Abstract.

Depuis Août 2010, PubMed a amélioré l'affichage Abstract Depuis Août 2010, PubMed a amélioré l'affichage Abstract. Pour des résumés structurés, les sous-titres clés (INTRODUCTION, RESULTS, CONCLUSIONS) sont indiqués au début de chaque paragraphe. Notez aussi que les termes MeSH (Medical Subject Headings/Titres de sujets médicaux) sont en gras. Environ 25% des citations dans PubMed utilisent ce format.

Nous avons accédé à l'article en texte intégral en utilisant l’icône HINARI à partir de l'affichage Abstract. Notez que vous pouvez télécharger l'article en tant que fichier PDF ou XML, ou imprimer le document. Rappelez-vous que vous devez être correctement connecté à HINARI pour avoir accès au texte intégral des articles.

Au bas de chaque citation dans le format Abstract, des informations sur les types de publications (Publication Types), les termes MeSH et les bourses de recherche (Grant Support) peuvent être affichées. Cliquez sur le menu déroulant pour voir ces informations.

Voici à présent le menu déroulant Display Settings(Options d'affichage) pour le format Medline, 20 Items per Page trié par Recently Added. Cliquez le bouton Apply pour appliquer.

Notez la liste de termes Medical Subject Headings (MeSH) dans l'option Medline. Ces termes MeSH sont affectés par la National Library of Medicine (États Unis) pour l'indexation dans PubMed. Ils peuvent être utilisés pour rendre les recherches plus générales ou plus précises.

Nous voyons maintenant le menu déroulant Display Settings pour les options Format Summary, 200 Items per Page triés par Recently Added. Pour activer ces options, cliquez le bouton Apply.

Le nombre de citations affichées, plus grand dans cette option d'affichage, est utile dans les situations de basse vitesse connexion.

Voici le menu déroulant Display Settings pour les options Format Abstract, 50 Items per Page triés par Title (titre).

Sous l'option Sort by Title (Trier par titre), cette liste de citations commence par un A. 28

Dans le menu déroulant Send To (Envoyer vers), nous pouvons choisir parmi les options File (Fichier), Collections, Order (Commande), Clipboard (Presse-papiers) ou E-mail.

Vous devez cocher les cases à gauche des citations que vous voulez envoyer vers les options File, Collections, Order, Clipboard ou E-mail. Si vous ne mettez pas de coches dans les cases de votre choix, les résultats de la recherche seront envoyés dans leur totalité vers l'option que vous aurez indiquée. Notez que PubMed met à jour le nombre de citations que vous avez cochées.

Dans le menu déroulant Send To, cliquez sur le bouton Create File (créer le fichier), avec les options Abstract et Pub Date (date de publication). Ceci sera un document à télécharger via votre navigateur Internet.

Le fichier pubmed_results se téléchargera au format Le fichier pubmed_results se téléchargera au format .txt au bas de ce navigateur. Vous pourrez l'ouvrir avec le Bloc-Notes. NB: Ce fichier est téléchargé via Mozilla Firefox. Dans d'autres navigateurs, la procédure et l'affichage peuvent différer

Voici maintenant le texte d'un fichier Voici maintenant le texte d'un fichier .txt téléchargé et ouvert dans Notepad. Vous pouvez sauvegarder ce fichier sur le disque dur C:/ , une clé USB ou un CD- ROM. Une fois sauvegardé, vous pouvez imprimer le document.

Dans le menu déroulant Send To, Nous avons choisi d'envoyer un fichier par E-mail, avec les options Summary et Recently added. Ce document sera envoyé à l'adresse de courrier électronique que vous allez spécifier en tant que destinataire.

Juste en dessous du menu Display Settings, PubMed indique qu'un E-mail a été envoyé à l'adresse de courrier électronique destinataire que vous avez fournie.

Dans le menu déroulant Send To, nous avons choisi d'envoyer cinq citations au Clipboard (presse- papiers). Notez que seuls les cinq éléments cochés vont être envoyés.

Au cas où nous n'aurions pas coché de cases de citations, les 500 premiers éléments seraient ajoutés au Clipboard.

La coche verte confirme que 500 éléments ont été ajoutés au Clipboard La coche verte confirme que 500 éléments ont été ajoutés au Clipboard. Il est aussi indiqué que les éléments du Clipboard seront perdus après 8 heures d'inactivité.

Sur la même page, une étiquette Item in clipboard (Element dans le presse-papiers) indique toutes les citations que vos avez choisi d'y mettre en cochant leurs cases. Notez que le nombre d'éléments qui ont été envoyés au Clipboard est également indiqué.

Pour supprimer des éléments du Clipboard, cliquez sur Clipboard Pour supprimer des éléments du Clipboard, cliquez sur Clipboard. Les résultats de la recherche seront ré-affichés et, grâce aux hyperliens qui leur ont été ajoutés, vous pourrez supprimer tous les éléments (Remove all items) ou individuellement certains d'entre eux (Remove from clipboard/Supprimer du clipboard). Dans le cas présent, nous allons vider le Clipboard (Remove all items.)

Un message de confirmation indique que 500 éléments ont été supprimés du Clipboard.

Une autre fonctionnalité importante de PubMed est le Single Citation Matcher (Identificateur de citation unique). C'est un outil très utile quand vous connaissez l'auteur ou le titre de l'article que vous cherchez.

Sur la page du Single Citation Matcher, nous avons tapé aronson b dans la boîte Author name (Nom de l'auteur) et hinari dans la boîte Title words (Mots du titre). Cliquons ensuite le bouton Go.

L'utilisation de ces termes dans le Single Citation Matcher a renvoyé 1 citation.

Nous avons répété cette recherche mais seulement pour l'auteur aronson b et exclu HINARI dans la boîte Title words. Le résultat de cette recherche plus générale est de 71 citations. Notez qu'il est aussi indiqué qu'il y a au moins 14 articles de cet auteur sur des sujets se rapportant à HINARI.

Depuis Avril 2010, PubMed a ajouté des liens vers des articles gratuits sur PubMed Central (PMC) et des livres et documents sur le Bookshelf de NCBI. A part les hyperliens Free Article, vous verrez aussi des liens Free text vers des livres et documents sur PMC.

Revenons à la page d'accueil de PubMed pour discuter brièvement des diverses ressources de formation de la liste Using PubMed (Utilisation de PubMed). Notez que ces ressources vont du Quick Start Guide (Guide de mise en route rapide) à la FAQs (Foire aux questions) en passant par de nombreux PubMed Tutorials (Didacticiels PubMed). Rappelez-vous que ces ressources sont destinées aux utilisateurs de PubMed en général, et non pas uniquement à PubMed/HINARI.

Nous avons accédé à la page PubMed Online Training (Formation PubMed en ligne). Il y a un lien vers un PubMed Tutorial (Didacticiel PubMed) détaillé et de nombreux Quick Tours (Visites guidées rapides) sur la recherche dans PubMed, la gestion des résultats, les termes MeSH et MY NCBI, en plus des Hot Topics (Sujets d'actualité).

A partir de la page d'accueil de PubMed, nous avons ouvert la page PubMed New and Noteworthy (Nouveau et Remarquable). C'est là l'emplacement des améliorations apportées à PubMed et My NCBI, qui donnent souvent lieu à des mises à jour du matériel de formation de HINARI/PubMed. Fin du Module 4, Première Partie. Un livret d'exercices accompagne cette partie du module. Il vous guidera à travers une séance en direct qui couvrira les points inclus dans cette présentation avec des exemples pratiques. Mise à jour Décembre 2011