Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Magali Giral mgiral@chu-nantes.fr Sophie Brouard sophie.brouard@univ-nantes.fr A propos d’un exemple de biocollection à visée de recherche non interventionnelle La DIVAT-Biocol

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Introduction: La cohorte DIVAT La biocollection DIVAT 3. A propos d’un exemple : identification de biomarqueurs de la tolérance et du rejet chronique en greffe rénale

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Introduction.1 www.divat.fr BASE DE DONNEES depuis 1994 6 centres français de greffes de rein (n=16000, 800 greffes par an) 50% des greffes en France 300 items clinico-biologiques + suivi Contrat de consortium inter CHU Thésaurus commun Audits annuels des données saisies (<1% d’erreur) Réunions scientifiques semestrielles (comité scientifique) Réunion technique annuelle ARCs (mise à jour du thésaurus) BIOSTATISTIQUES équipe de Recherche EA4275 Biostatistique V. Sébille Université de Nantes/Centaure modèle semi markovien/modèle de survie relative/ROC/Score PROGRAMME SCIENTIFIQUE (U643) - Etudes épidémiologiques et définition de profils de risque du devenir des greffons et des patients PARTENARIAT INDUSTRIEL : Roche > 1 M6 IDBC/A2com Nantes Paris Necker Toulouse Montpellier Lyon Nancy 1994-2010

DIVAT-Biocol Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Appel d’offre du ministère de la recherche et de l’inserm 2002 DIVAT-Biocol N°02 G 0555 notifiée le 12/11/2002  Début en 2003 au CHU de Nantes en partenariat avec la Tumorothèque située au CHU Nord  Intégration au CRB du CHU de Nantes en 2011

Données Informatisées et VAlidées en Transplantation DIVAT-Biocol Collection échantillons de Sérum, plasma, mRNA, urines, PBMC  Patrimoniale de tous les patients greffés d’un rein ou d’un rein pancréas au CHU de Nantes à J0, J6 mois, 1 an, 3 ans et 5 ans (2004-2009) J0 et à chaque ponction biopsie de greffon pour “cause” ou “systématique” à 3 mois et 1 an depuis 2009  Protocoles de Recherche Translationnelle (RNI)

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation DIVAT-Biocol Type de Prélèvements Nombre de prélèvements Nombre de patients DMSO SANG 16693 1398 SÉRUM 10511 1513 TRIZOL 6302 1298 URINE FRAICHE 3444 822 PLASMA 1719 527 PAXGENE 1178 753 URINE 427 178

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation DIVAT-Biocol Lien informatique des échantillons Biologiques avec les données cliniques et biologiques de la base de données DIVAT stockage

Données Informatisées et VAlidées en Transplantation DIVAT-Biocol : Programme Scientifique Identification de biomarqueurs pour le prognostic et l’aide à la décision clinique Bench Clinic Fort risque échec Faible risque échec Suivi plus attentif et adaptation du traitement immunosuppresseur Réduction des immunosuppresseurs Rejet chronique Tolérance

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002) 50 100 150 -2 -1 1 2 3 4 Créatinemia µmol/L 5 6 * 7 years 200 250 300 350 op. Tol Sta CR TREATMENT WITHDRAWAL 10 Patients présentants une fonction rénale stable sans immunosuppression depuis plus de 1 an.

Brouard S. et al. Proc Natl Acad Sci 2007 DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002) Brouard S. et al. Proc Natl Acad Sci 2007 PAM 30,000 DNA spots 12,440 genes RNA extraction Reverse transcription Analysis Blood SAM (vs CR)

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002) Profile Transcriptionnel du sang de receveurs de greffe rénale tolérants ou en Rejet chronique Healthy individuals Chronic rejection Training set 5 11 16 Tolerant recipients Brouard et al. Proc Natl Acad Sci 2007 CS Bitherapy TOL Test group Training group 75 patients-16 volontaires sains Testing set 12 Tolerant 11 Chronic rejection 49-gene predictive signature Correct classification in 22/23

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Application clinique : Le Projet Genhomme PHRC national 2003 (PI M. Giral) 0,8 < AUC < 0,9 : +++ excellent discrimination 144 stable patients depuis plus de 5 ans de greffe sous immunosuppression au long cours TOL RC 0.85

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Application clinique : Le Projet Genhomme PHRC national 2003 144 patients stables sous Immunosuppression Figure 4 Prediction of operational tolerance S. Brouard. Transplant international 2011

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique Patients opérationnellement tolérants/Rejet Chronique n=27 patients opérationellement Tolérants. Sang Périphérique * LT CD8+CD28- - Baeten et al. JASN 2006 - Louis et al. Transplantation 2006 - Braudeau et al. Transplant. Int 2007 - Pallier et al. Kidney Int 2010 - Sagoo et al. J. Clin. Invest 2010 Inversion de la balance Teff/Treg Un nombre plus élevé de lymphocytes B

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Brevets issus de la Recherche sur les Biomarqueurs Tolérance / Rejet Chronique - "Diagnostic of immune graft tolerance" TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. 05291215.1, INSERM) Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Dominique Baeten, Christophe Braud, Magali Giral, Jean Léger. 7 June 2005 - "TRIB-1 and diagnostic of chronic rejection in human kidney transplantation" INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 60/808, 122, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess. 25 May 2006 - "Diagnostic of immune graft tolerance using a set of 8 genes" TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. EP 66915 D 24371, INSERM) Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Marina Guillet, Magali Giral. 20 June 2007 - "SMILE and Diagnostic of tolerance" INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 67/144, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Maud Racapé. 25 July 2007 -“PSMB10, a marker of chronic rejection” INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Voya Jovanovic. 14 November 2007

Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Validation des Biomarkers DE LA TOLERANCE : PHRC weaning 2010 (PI M.Giral) ETUDE RANDOMISEE en DOUBLE AVEUGLE 100 n = 53 1/3 75 1/3 50 n = 53 1/3 Arrêt du Tacrolimus l CNI dose 25 Monotherapy cellcept +/-CS 6 12 18 months Transplantation > 4 years D0 BIOCOLLECTION

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Validation des biomarqueurs DU REJET CHRONIQUE : Le Projet VALBIO 12 (DGOS 2008/Région 2009/Centaure 2010)  625 Patients  CENTAURE (Nantes, Lyon, Necker)  DIVAT-Biocol  CIC (Inserm Investigation Centre) Tcland expression/ plateforme CIMNA DGOS/Inserm 2008 RT-PCR 60 gene - TRIB1 - TLR4 - Granzyme - SMB10 T-BET J Ashton chess , JASN 2008, Kid. Int. 2010  HLA-Ab (Luminex) Greffe Biopsies des greffons Trizol/Paxgene/Serum/DMSO 1 an VALIDATION des marqueurs sanguins du rejet chronique sur la biopsie systématique à 1 an

Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Extension de la DIVAT-Biocol au réseau CENTAURE (Contrat de collaboration) Necker  Collection prospective depuis 2011 Serum Plasma mRNA (Pax gene, Trizol) Nantes n=462/year Lyon  Protocole Val Bio 12

Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Vers un score immunologique de suivi des greffons après validation des BIOMARKERS TcLandscape Q-PCR Phenotype Clinical parameters Baeten et al., 2006 Louis et al., 2006 Braudeau et al., 2007 Hourmant et al., 2005 Braud et al., 2007 Sivozhelezov et al. 2007 Brouard et al., 2007 Ashton chess 2008, 2010 Miqueu et al., european J Immunol 2010 Risque de rejet Tolerance potentielle Majoration du traitement et du suivi Réduction progressive des IS -1 +1

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Le KTFS : un score clinique prédictif de la survie des greffons Y. Foucher et al., Kidney Int. 2010 (Brevet, dépôt CHU 2012) Patients : COHORTE DIVAT multicentrique 1996-2006 Méthode : Time-dependent Receiver Operator Characteristic (ROC) curves AUC 0.77 30% 7%

DIVAT Données Informatisées et VAlidées en Transplantation TELEGRAFT PHRC 2011 national 2011 (PI A. Meurette) TELEGRAFT = PHRC national 2011 basé sur le KTFS (1) DIVAT/INTEGRALIS Consultation par Visio conférence Via clé USB (Brevet CHU) Budget PHRC 522000 euros Soutien ARS = équipement visio conférence Domicile du Patient Visio-conference Novartis = 85000 euros Calcul du score KTFS Low Risk KTFS< 4,17 High Risk KTFS>4,17 Collaboration équipe Biostatistique EA4275 : - Angélique Bonnaud Antignac = Analyse de qualité de vie - Philippe Tessier = Analyse médico-économique - Yohann Foucher = Analyse de survie Randomisation CONSULTATION STANDARD CS TELECONSULTATION TC 700 Patients Réseau DIVAT

CONCLUSION DIVAT-BIOSTAT DIVAT-BIOCOL (CRB) PATIENTS Greffés Biostatistique Université DIVAT-BIOSTAT DIVAT-BIOCOL (CRB) PATIENTS Greffés Soins courants COHORTE DIVAT Recherche translationnelle (équipe S. Brouard U643) Identificationde biomarkers ABM 2002, PHRC 2003, PHRC 2005 Recherche méthodologique et épidémiologique Score de prédiction du Risque d’échec de greffe PHRC 2011 Télégraft Protocoles.Thérapeut. Validation des Biomarkers DHOS inserm 2008 Région 2008 Centaure 2010 Projet Labex M. IGO 2012 Projet Labex Transplantex 2012 FP7 2012 Etude medico éco. Etude de qualité de vie Etude de survie PHRC 2010 weaning Protocoles.Thérapeut. ANR jeune chercheur (PI. Y.Foucher) Score clinique + biomarkers Amélioration du Score de prédiction Intégration des biomarkers : KTFS 2