UMR 7619 Sisyphe Avril 2012 Alexandre Pryet Le langage une introduction pragmatique Les graphiques

Graphiques : les bases plot(clim$date,clim$Temp, type="l", xlab= "Date", ylab="Temp. [°C]", main= "Suivi de la température à Santa Cruz") ParamètreValeur type « p » point ; « l » ligne ; « b » les deux ; « h » histogramme col couleur : red,orange,green,blue,violet,…, (fichier R ColorChart) main Titre du graphique xlab,ylab Légende des abscisses, des ordonnées bty Type de boite (box type) "o" (défaut), "l", "7", "c", "u", or "]" Note : l'ordre des paramètres n'a pas d'importance, mais il faut rester logique !

Graphiques : type «p » comme point plot(clim$date,clim$Temp, type="p", col="red", xlab=" ", ylab="Temp. [°C]",pch='+') ParamètreValeur type « p » point (par défaut) col couleur pch type de symbol ‘ cex si type =« p » ou « b », taille du symbole Note : profitez des valeurs par défaut, inutile d'écrire type="p" ;-)

Graphiques : type « l » comme ligne plot(clim$date,clim$Temp, type="h", xlab= "Date", ylab="Temp. [°C]", main= "Suivi de la température à Santa Cruz") ParamètreValeur type « l » ligne col couleur : red,orange,green,blue,violet,…, (fichier R ColorChart) lwd si type =« l » ou « h », épaisseur du trait (line width) lty si type =« l » ou « h », type de ligne ("solid", "dashed", "dotted", "dotdash", "longdash", or "twodash"

Graphiques : type « h » comme histogramme plot(clim$date,clim$Temp, type="l", xlab= "Date", ylab="Temp. [°C]", main= "Suivi de la température à Santa Cruz") ParamètreValeur type « p » point ; « l » ligne ; « b » les deux ; « h » histogramme col couleur : red,orange,green,blue,violet,…, (fichier R ColorChart) lwd si type =« l » ou « h », épaisseur du trait (line width) lty si type =« l » ou « h », type de ligne ("solid", "dashed", "dotted", "dotdash", "longdash", or "twodash"

Graphiques : les axes plot(clim$date,clim$Temp, type="l",xlim=daterange, ylim=c(10,20), xaxt="n", xaxs ="i", yaxs="i") axis.POSIXct(1,daterange) ParamètreValeur xlim intervalle pour l’axe des abscisses ylim intervalle pour l’axe des ordonnées xaxt,yaxt type de l'axe : "n" pas d'axe (nothing), "s" (standard), par défaut xaxs,yaxs style de l'axe : "r" regular et "i" internal Les axes peuvent être dessinées après la fonction plot avec des fonctions spécifiques : Fonction standard : axis(1,….) Fonction spécifique aux dates : axis.POSIXct(1,daterange)

Graphique : excercice 1.a Réaliser le graphique ci-dessous à partir de la table clim

Graphique : excercice 1.a Réaliser le graphique ci-dessous à partir de la table clim, représenter la radiation solaire du lundi 1 au vendredi 5 août 2011 Note : La langue peut-être modifiée avec la fonction Sys.setlocale () Fonctions utiles : as.POSIXct(), plot(), axis.POSIXct()

Graphique : les graphiques multiples, même axe des ordonnées La fonction plot () ouvre une fenêtre et permet de dessiner les bases du graphique. Les axes peuvent ensuite être modifiés avec la fonction axis (), et de nouveaux tracés peuvent être réalisés avec les fonctions lines () et points () plot(diver$date,diver$air_temp,typ e="l",…) lines(diver$date,diver$water_tem p,…)

Graphique : excercice 1.a Réaliser le graphique ci-dessous à partir de la table diver

Graphique : les graphiques multiples, axe des ordonnées différents Des séries de données partagent souvent le le même axe des ordonnées, mais l'axe des abscisse est différent. On utilise alors la fonction par(new=T) plot(diver$date,diver$air_temp,type="l",…) par(new=T) plot(diver$date,diver$air_press ure,type="l",xaxt="n",yaxt="n", xlab="",ylab="",…) axis(4) mtext(4, text = 'Pressure [hPa]', line = 2.5)

Graphique : excercice 2.b Réaliser le graphique ci-dessous à partir de la table diver

Graphiques : les légendes legend('bottomright', c('courbe 1', 'courbe 2'), cex=1.1, col=c('blue','red'),lty=c(1,3), lwd=2, bty="n") position: bottom/top right/left nom des éléments Note : plus de détails dans ?legend

Graphique : gestion des marges Marges de la figure : mar=c(mar1, mar2, mar3, mar4) Marges externes (outer margins) omar=c(mar1, mar2, mar3, mar4)

Graphique : graphiques multiples par( mfrow=c(2,2) ) par( mfrow=c(3,2) ) lignes colonnes lignes colonnes

Exercice 3 Réaliser le graphique ci-dessous à partir de la table clim fonctions utiles : par(mfrow=c(2,2),…)

Export de pdf / png /… La fonction plot() ouvre de manière automatique une fenêtre de visualisation. Elle peut-être enregistré vers un fichier pdf avec la fonction dev.pdf(): dev.print(pdf,"mon_graph.pdf") Pour obtenir un rendu optimal des graphiques dans vos rapports et publications, mieux vaut utiliser les fonctions pdf() et png(), qui ne dépendent pas de la taille de la fenêtre graphique de l'écran : pdf("mon_graph.pdf", width=8) par(mar=c(4,4,3,2),mfrow=c(2,2)) plot(x1,y1) … plot(x4,y4) dev.off()

Graphique : graphique log-log

Importer les données depuis le fichier pumping_test.csv Faire les raccourcis suivants : x<-pumping_test$t # temps y<-pumping_test$s # rabattement Faire un graphique log-log avec la fonction : plot(x,y, …, log='xy', xlog=TRUE, ylog=TRUE, …) Note : ne pas tracer les axes, mais choisir des légendes appropriées. Construction des axes et de la grille : Déterminer l'intervalle de x et y en arrondissant à la puissance de 10 près. Pour ce faire, utiliser la fonction floor() Pour x puis y, générer la séquence des puissances de 10 des intervalles respectifs. Ex : Si l'intervalle est [10 -5 ; ], cela donne: -5, -4, -3, -2 Générer ensuite les la suite , , …, , Utiliser ces résultats pour les axes : axis(1,at=…) et axis(2,at=…) Réaliser un grille avec abline(h=…, lty=3) ; abline(h=…, lty=3) G énéraliser, faire un fonction pour éviter de refaire tout ça !

Bonus : annotation dans les axes : math et lettres grecques # Données bidons t<-1:10 v<-rnorm(10) # Graphique demo plot(t,v,type="l",main="Speed of a mollusk on sea shore", xlab=bquote(paste('time ',tau,' [hours]')), ylab=bquote(paste( 'Vitesse V [', m, '.', s^-1, ']' )) )