PubMed Comment rechercher, afficher, télécharger et envoyer par e-mail Module 4.1

Table des matières Connexion à PubMed Navigation sur PubMed Sélection d’une base de données Recherche dans PubMed Options d’affichage Options d’impression, sauvegarde et envoi par e-mail Les cinq modules HINARI/PubMed mettront l’accent sur le moyen d’utiliser PubMed comme outil pour identifier des articles en texte intégral. PubMed est la base de données biomédicales la plus en vue, qui indexe des articles de plus de 1500 revues biomédicales. Les compétences couvertes dans ces modules incluent une vue d’ensemble du site PubMed, l’utilisation des limites dans PubMed, les termes MeSH (Medical Subject Headings), ainsi que d’autres outils tels que aperçu, index et historique (preview,index et history) pour des stratégies de recherche et l’utilisation de ‘MY NCBI’, un mécanisme qui permet de configurer des onglets de filtres dans votre zone d’affichage, sauvegarder des recherches et recevoir des notifications automatiques par e- mail à propos de nouveaux articles ajoutés à PubMed. En développant ces compétences, vous maîtriserez la précieuse option d’utiliser les revues électroniques disponibles via HINARI, en particulier puisque vous serez en mesure d’identifier des articles publiés dans de nombreuses revues et mis à la disposition d’HINARI par les éditeurs participants. Comme pour le premier module, vous aurez besoin d’une connexion Internet et vous devrez faire une série d’exercices. Vous devrez vous connecter à HINARI avant de choisir ‘Search for articles through PubMed (Medline)’. Autrement, vous n’auriez pas accès aux articles en texte intégral. 2

Avant de vous rendre sur PubMed, connectez-vous sur HINARI en utilisant l’adresse: http://www.who.int/hinari/ 3

Entrez votre Nom d’Utilisateur et votre Mot de Passe HINARI dans les zones appropriées, puis cliquez sur le bouton Login NB: Si vous ne vous connectez pas correctement, vous n’aurez pas accès aux textes intégraux des articles 4

En vous rendant directement sur la page des Ressources, vous pourrez également vous connecter 5

A partir de la page d’accueil d’HINARI, vous pouvez accéder à PubMed via le lien « Find articles » se trouvant dans le corps de la page. Cliquez sur « Search for articles through PubMed (Medline) ». Une fois connecté sur la page d’accueil de HINARI, accédez à PubMed en cliquant sur le lien Rechercher des articles avec PubMed (Medline) 6

Bienvenus sur PubMed! Assurez-vous d’accéder à PubMed via HINARI, sinon vous n’aurez pas accès aux articles en texte intégral.

En bas de la page d’accueil, vous trouverez des liens vers de nombreux outils et bases de données, offertes par le U.S. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [Centre National d’information biotechnologique des états unis] Le lien Bookshelf [Étagère à livres] vous donne accès à de nombreux livres électroniques, en texte intégral.

Le Bookshelf contient une liste alphabétique de plus de 110 livres en texte intégral

Pour effectuer une recherche simple, il vous suffit de placer vos termes dans la barre de recherche. Ici, par exemple, nous tapons les termes malaria infections AND Africa.

Nous avons 3401 résultats. Sur le côté droit de l’écran, vous pourrez voir instantanément le nombre d’articles en texte intégral auxquels vous avez accès. Sur les 3401 articles, 1377 sont disponibles via votre connexion HINARI et 992 parce qu’ils sont en accès libre, Free full text. NB: Il peut y avoir des doublons!

Remarquez aussi le lien hypertexte supplémentaire Free article (Article gratuit). En cliquant sur ce lien, vous pourrez accéder au texte intégral.

Sur la page de résumé de l’article, vous pourrez accéder aux textes intégraux via les sites internet des éditeurs. Ces liens seront affichés sous forme d’ icônes, sur la droite de l’écran Pour les articles HINARI, il y aura des icônes HINARI.

En cliquant sur l’icône, vous accéderez à une nouvelle page de résumé, sur laquelle se trouve le texte intégral de l’article.

Les résultats de la recherche s’affichent au format Résumé (Summary), 20 éléments par page, Triés par l’option Ajoutés récemment (Recently Added). C’est la configuration par défaut. Vous pouvez changer ce mode d’affichage

Nous allons choisir le Format Abstract, 20 éléments par Page triés par Recently Added. Pour activer ces options, cliquez sur le bouton Apply (Appliquer).

Le format d’affichage a bien été changé Cette manière d’afficher les résultats offre un accès direct à l’icône de texte intégral 17

Nous allons filtrer nos résultats par textes intégraux HINARI. 18

Après avoir activé le filtre HINARI dans l’affichage Abstract, seuls les articles accessibles grâce à HINARI seront affichés. En cliquant sur cette icône, l’article s’affichera en texte intégral. Les autres icônes fonctionnent de la même manière. Notez que certains articles disposeront à la fois des icônes HINARI et Free Full Text

En cliquant sur l’icône HINARI, nous arrivons sur le résumé de l’éditeur. Vous pouvez télécharger cet article en PDF ou XML, ou imprimer le document. Rappelez-vous que vous devez être connecté à HINARI pour avoir accès au texte intégral des articles.

En bas de chaque citation du format Abstract, des informations sur les Types de Publication, les Termes MeSH et le Grant Support (financement) peuvent être affichées. Cliquez sur le menu déroulant pour visualiser ces informations.

Dans le même menu d’affichage que précédemment, nous choisissons à présent le Format Medline, 20 éléments par Page triés par Ajoutés récemment

Dans ce format-là, vous aurez tous les détails de l’article, comme par exemple, le nom complet du journal Remarquez le listing des termes MeSH (Medical Subject Headings). Ces termes sont attribués par la National Library of Medicine pour l’indexation sur PubMed. Vous pouvez les utiliser pour obtenir des résultats de recherche plus précis!

Vous pouvez choisir d’ordonner les résultats par différents critères Vous pouvez choisir d’ordonner les résultats par différents critères. On va tester par Title (Titre)

La liste est ordonnée par ordre alphabétique La liste est ordonnée par ordre alphabétique. Le premier titre commence par la lettre A

Sous la barre de recherche, vous trouverez un menu déroulant Send to (Envoyer vers). Plusieurs options nous sont offertes: File (Fichier), Collections (Recueil), Order (Commande), Clipboard (Presse-papier) et E-mail.

Dans la liste, cocher les cases des articles qui vous intéressent, afin de les envoyer. Si vous ne cochez pas les cases, la totalité des résultats de la recherche sera envoyée selon l’option que vous aurez choisie

Notez que PubMed affiche le nombre de citations que vous avez cochées

Dans le menu déroulant Send to, nous allons sélectionner l’option File (Fichier), avec Abstract (Résumé) et Pub Date (Date de publication).

Une fenêtre pop-up s’ouvre pour vous demander ce que vous désirez faire de votre fichier. Nous allons l’ouvrir avec le Bloc-notes Windows (Notepad)

Voici le fichier texte .txt Il contient toutes les références que vous avez préalablement sélectionnées. Vous pouvez sauvegarder et imprimer ce document

Dans le menu déroulant Send To, nous avons choisi d’envoyer nos références par E-mail, avec les options Summary et Recently added.

Dans l’encadré vert, un message indique que PubMed a envoyé un E- mail à l’adresse que vous avez fournie

Voici le mail envoyé par NCBI (PubMed) Le mail que vous recevez contient des liens vers les résumés et vers les textes intégraux, s’il y en a

De retour dans le menu déroulant Send to, nous avons choisi d’envoyer nos cinq citations au Clipboard (Presse-papier)

Si vous ne sélectionner aucun article, ce sont les 500 premiers éléments qui seront ajoutés au Clipboard.

Le message dans l’encadré vert confirme que 500 éléments ont été ajoutés au Clipboard.

` Vous verrez apparaître un message en vert à côté de toutes les références sélectionnées : Item in clipboard (Élément dans le clipboard) Le nombre de références qui ont été envoyées au Clipboard est également indiqué.

Pour supprimer des éléments du Clipboard, cliquez sur le lien 500 items. Vos références sélectionnées seront affichées, suivies de supprimer de la sélection (Remove from clipboard). Vous pouvez aussi le vider complètement en cliquant sur supprimer tous les éléments (Remove all items)

Le message dans l’encadré vert indique que 5 éléments ont été supprimés du Clipboard. Le message dans l’encadré jaune indique qu’il n’y a plus d’éléments dans le Clipboard.

Nous venons de voir l’affichage dans PubMed. Merci pour votre attention! Avez-vous des questions, commentaires, remarques?