Mardi 12 décembre h30 (50 min) La phylogénie, ses concepts et ses applications à la génomiqueLa phylogénie, ses concepts et ses applications à la génomique, Vincent Laudet 9h20 (50 min) Les concepts de lévolution pour lannotation des génomesLes concepts de lévolution pour lannotation des génomes, Pierre Pontarotti 10h10Discussion (30 min) 10h40Pause (30 min) 11h10 (1h05) Génomes végétaux et fongiquesGénomes végétaux et fongiques, F. Martin 12h15DEJEUNER (1h45) 14h00 (40 min) Génomes animauxGénomes animaux, P. Monget 14h40 (40 min) MétagénomeMétagénome, P. Simonet 15h20Discussion (40 min) 16h00Pause (40 min) 16h40 (1h00) L alignement de séquencesL alignement de séquences, O. Poch 17h40Pause (40 min) 18h20 (1h) Les modèles de reconstruction phylogénomiqueLes modèles de reconstruction phylogénomique, M. Gouy 19h20Discussion 20h00DINER

Mercredi 13 décembre h30 (30 min) Construction darbres génomiques à partir des profils de conservations des protéinesConstruction darbres génomiques à partir des profils de conservations des protéines, F. Tekaia 9h00 (30 min) AlgorithmesAlgorithmes, O. Gascuel 9h30 (30 min) Détection de changements fonctionnelsDétection de changements fonctionnels, N. Galtier 10h00Discussion (40 min) 10h40Pause (30 min) 11h10 (1h05) Annotation des génomes et réalité biologiqueAnnotation des génomes et réalité biologique, P. Rouzé 12h15DEJEUNER (1h45) 14h00Ontologies et annotationOntologies et annotation, C. Froidevaux 14h30La phylogénomique sans alignement de séquencesLa phylogénomique sans alignement de séquences, J. L. Risler 15h00Pause (30 min) 15h30HOVERGEN/HOBACGEN : ressources du pôle lyonnaisHOVERGEN/HOBACGEN : ressources du pôle lyonnais, G. Perrière 16h00Discussion (40 min) 16h40Pause 40 min 17h20Lempreinte phylogénétique (transphylogénétiquesLempreinte phylogénétique (transphylogénétiques), J. Imbert 17h50MicroARNs, conservation, comparaisonsMicroARNs, conservation, comparaisons, E. Bonnet 18h20Eléments répétés (champignons)Eléments répétés (champignons), M.J. Daboussi 18h50Discussion (1h10 min) 20h00DINER

Jeudi 14 décembre h30 (30 min) Inférence fonctionnelleInférence fonctionnelle, P. Coutinho 9h00 (30 min) Concepts biologiques et prédiction fonctionnelleConcepts biologiques et prédiction fonctionnelle, A. Levasseur 9h30 (30 min) Profils phylogénétiquesProfils phylogénétiques, E. Danchin 10h00Pause (30 min) 10h30 (30 min) Utilisation des informations structurales dans lanalyse des familles de gènesUtilisation des informations structurales dans lanalyse des familles de gènes, J.P Jacquot 11hDiscussion (15 min) 11h15 à 11h55 CONCLUSION, BILAN des JOURNEES Réflexion en cours : -Table ronde -Discussion générale entre stagiaires et intervenants 12h00DEJEUNER ou PANIER REPAS 12h30Premiers DEPARTS ….