Rappels sémiologiques et microbiologiques, pour mieux comprendre l'examen clinique, la pratique et l'analyse des prélèvements lors des infections Comment mener l ’examen clinique d ’un patient fébrile Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences Comment prescrire les premiers examens Comment prescrire les premiers traitements Appliquable à chaque cas clinique et… à l ’expérience de tous les jours Au total, savoir conduire le diagnostic étiologique d'une fièvre aiguë ou chronique.

Les trois grands types d’infection Communautaire Nosocomial Opportuniste Du voyageur…. Du terrain débilité….

Les différents agents infectieux Bactéries Pathogène (mécanismes toxiniques) non pathogène, saprophytes, commensales, équilibres de flore Virus Champignons Parasites Caractère aigu des infections Infections latentes, inapparentes, Concept de réservoir de virus essentiel dans la compréhension de l’épidémiologie

Savoir décrire les divers modes de transmission des agents infectieux à l’homme. Importance de l’interrogatoire sur le mode de vie (urbain, rural), les sujets contacts, le contact avec des animaux (zoonoses), la profession, la notion de voyages…….

Connaître les moyens de défense spécifiques et non spécifiques de l'organisme en réponse à un agent infectieux (C) Les premières barrières Le rôle des monocytes macrophages Les PN Les barrières lymphatiques Le rôle de l ’immunité cellulaire Le rôle de l ’immunité humorale Application aux bactéries, aux virus, aux champignons et parasites

La checklist Caractéristiques de la fièvre Etat général Signes d ’accompagnement Le terrain sous jacent L ’examen clinique Les premiers examens biologiques Modalités évolutives

Caractéristiques de la fièvre Citez des causes de fièvres qui ne sont pas infectieuses? Thermopathomimie, inflammation, para néoplasiques, hyperthyroidie et la fièvre aux neuroleptiques… Modalités d ’installation Brutale Insidieuse Subaigue Sa sévérité >37,2 le matin… Les hypothermies…. Les signes associés Frissons nécessitant une description Sueurs Douleurs Ses modalités évolutives Quotidienne, tierce, quarte Sa sensibilité aux antibiotiques Sa sensibilité aux antipyrétiques Ondulante Par périodes….

Etat général Se conçoit au premier coup d’œil et ne se conçoit qu ’en comparaison à l ’état antérieur Cautionné par l ’entourage Un état général est altéré ou non Amaigrissement Asthénie Anorexie À ce stade sepsis bactérien ou viral est fortement suggéré Le faciès de la suppuration chronique (endocardite maligne lente) Pouls Accélération en rapport Bradychardie A interpréter en fonction du terrain TA HypoTA systollo diastolique? Respiration Une polypnée en rapport Une saturation normale chez un patient apyrétique et fébrile Etat de deshydratation Extra cellulaire Diurèse conservée?

Signes d ’accompagnement Plus ou moins au cœur du motif de la consultation Un interrogatoire scrupuleux doit permettre de cerner le problème Un examen clinique vient compléter (parfois avant l’interrogatoire selon l’urgence. Interrogatoire en infectiologie: Age, origine ethnique, milieu de vie, profession, niveau socio-culturel Couverture sociale Antécédents familiaux (……) et personnels (…..) Statut vaccinal Notion de contage Antécédents (facteurs de risques) de valvulopathie, de cancers, d’insuffisance viscérale ATCD de transfusion, de toxicomanie, sexuels Prises de médicaments Contact avec les animaux, les insectes et notion de voyages Evaluation psychologique Apprécier les caractéristiques de la T° Les signes d’accompagnement Les traitements depuis l’épisode actuel Séjours hospitaliers… Matériels étrangers…

Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique? Signes d’atteinte viscérale et porte d’entrée Cardio-vasculaire: Pulmonaire Cutané: Aires ganglionnaires Neurologiques ORL Etat dentaire et mycose buccale Digestifs Urinaires Articulaires Gynécologiques (touchers pelviens) Sexuels Thyroide Signes ophtalmos

Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique? Signes d’atteinte viscérale et porte d’entrée Cardio-vasculaire: pouls rythme et abolition d’un pouls (artère), dissociation du pouls, amplitude…. TA………. Souffle cardiaque et artériel Pulmonaire toux, dyspnée, circonsatnces d’appartition… examen clinique (pneumonie, pleurésie, bronches….) saturation, gazométrie…… Cutané: Livedo, purpura, panaris et faux panaris, rash, macules, papules, vésicule, érythème, infection à pyogène Modalités de l’examen+++++++ Aires ganglionnaires caractéristiques des ganglions rate++++++++ Neurologiques conscience, céphalées examen neurologique à la recherche de signes méningés ou de localisation ORL (angine, sinusite….) Etat dentaire et mycose buccale Digestifs diarrhée, douleurs abdominales Hépatomégalie, Urinaires Articulaires (arthralgie et arthrites, douleurs lombaires et musculaires) Gynécologiques (touchers pelviens) Sexuels Thyroide Signes ophtalmos

Notion de terrain avec une double notion de fréquence mais aussi de gravité Quels types d’infection chez le diabétique Chez le cancéreux chez le transplanté d’un viscère chez le migrant Chez le vieillard Chez la femme enceinte Chez le nouveau né Chez l’homosexuel Chez le toxicomane….

Définition physiopathologiques Septicémie Bactériémie Endocardite Porte d’entrée Mécanismes de la septicémie à staphylocoque Localisations secondaires Principes du traitement des septicémies: éradication bactérienne, guérison des gites infectieux et de la porte d’entrée Guérison Rechute Récidive

Donnez la définition d’une fièvre persistante >38.3, depuis plus de trois semaines Inexpliquée si ……. Repréciser les caractéristiques de la T° Sensibilité aux antibiotiques et aux antipyrétiques Etiologies: bactériennes: endocardite, brucellose, typhoide, tuberculose…. Germes intracellulaires Virus CMV, VIH, HBV parasitaires Maladies inflammatoires 25%Tumeurs 25% Thromboses

Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences A quoi servent les urgences…. Circulaire méningocoque... L’état général La présence de critères de gravité (TA) Des signes d ’accompagnements spécifiques Orienter vers l’hôpital si incertitude Si un traitement est mis en œuvre savoir en apprécier l’efficacité (critères de surveillance)

Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences Savoir identifier les situations imposant l’hospitalisation d’un patient fébrile. (A) L’état général La présence de critères de gravité (TA) Des signes d ’accompagnements spécifiques Orienter vers l’hôpital si incertitude Si un traitement est mis en œuvre savoir en apprécier l’efficacité (critères de surveillance) Avoir codifié avec le patient la démarche en cas d’aggravation….

Comment prescrire les premiers examens NFS : GR, GB, plaquettes Protéines de l’inflammation: la CRP Bandelette urinaire Hémoculture ECBU Ponctions selon le tableau Ascite, lombaire Prélèvements des pus Prélèvements dirigés endoscopies ou par drainages Radio de thorax Savoir rédiger la prescription…….. État civil et but de l’examen et si possible modalités

NFS GR: donner trois mécanismes d ’anémie infectieuse Inflammatoire Hémolyse Aregenérative GB : quelles valeur diagnostic et pronostic Neutropénie (<1000) Hyperleucocytose avec PN (>7000) Éosinophilie (<500) Lymphocytes (>1000) Monocytes (<1000) avec cellules basophiles Plaquettes :quelles contextes Thrombopénie (<150 000) CIVD Thrombocytose (>500 000)

La CRP Très sensible Peu spécifique Diminution rapide sous trt efficace Norme <6mg/l

Les prélèvements à visée microbiologique Plusieurs buts Visée diagnostique Sur un site profond (éviter les contaminants) Recherche spécifique si le prélèvement est plurimicrobien type recherche de BAAR Examen de selles à la recherche de salmonelles… Orienté vers l’urgence avec recherche d’AG (légionelles) Visée épidémiologique Visée nosocomiale

Les milieux de transport Adaptés à ce que l’on recherche Lorsqu’on ne sait pas : un tube sec Si on recherche une bactérie fragile, on demande au laboratoire avant Conservation à 4° si plurimicrobien Les germes fragiles sont conservés à 20° Milieux de transport si on veut faire de la bio moléculaire

L’apparition des « home tests » Le streptotest qui en quelques minutes met en évidence l’antigène du streptocoque…

- Savoir identifier les situations cliniques qui doivent faire pratiquer des hémocultures. Chaque fois que l’on suspecte une bactériémie, lors des fièvres élevées et mal tolérées présumées bactériennes, lors des frissons Chaque fois qu’il y a une hypothermie Lors de toute infection sévère présumée bactérienne avant la mise en route d’une antibiothérapie Lors des fièvres prolongées Lors des infections bactériennes sur terrain débilité Lors des situations évoquant une infection nosocomiale ou post opératoire En plus des prélèvements locaux afin de maximaliser la probabilité de mettre en évidence un pathogène (lors d’une pyélonéphrite, lors des pneumonies, lors d’une méningite, lors d’une diarrhée fébrile) Lors d’une fièvre supposée bactérienne et décapitée par une antibiothérapie lorsque la fièvre persiste en dépit d’une antibiothérapie adaptée

Interprétation de l ’hémoculture Plusieurs HC positives au même germe On confronte le germe et la clinique Une seule positive On confronte le germe à la clinique (pouvoir pathogène indiscutable comme salmonelle, méningo…, mais si staphylo doré ou blanc…) Plusieurs HC positives à différents germes On suspecte des souillures Discussion sur les types de germes Problème des suppurations digestives Problème nosocomial (prélèvement locaux et portage bactérien…) HC pre-mortem Aucune positive 5 possibilités (ce n’est pas une septicémie-septicémie décapitée-suppuration non bactériémique-germe à croissance lente ou difficile-septicémie à champignon) Des résultats divergents Problème des cathéters

La bandelette urinaire Leuco neg 15/µl 70µl 125/µl 500/µl Nitrites neg + ++ +++ Infection urinaire = Pratique de l ’ECBU _______________________

L ’ECBU Leuco/ml bact/ml Culture résultat ≤104 <103 neg normal >104 ≥10 5 + certaine >104 entre les deux + possible ou urétrite/prostatite ou décapité >104 <103 neg décapité néphropathie BK ≤104 ≥10 3 + souillure infection débutante

L’analyse des crachats Cet examen a-t-il un intérêt Conditions de prélèvement (à jeun le matin) après rincage de la cavité buccale Avec effort de toux (kiné +aérosol irritant) Quels critères pour l’imputabilité : le nombre de cellules épithéliales et leucocytes <25 cel epithéliales et >25 leucocytes par champ et plus de 107 bactéries/ml sont les conditions de l’évaluation

La difficulté des prélèvements endobronchiques Fibro bronchique : les limites Brossage bronchique protégé: >103UFC/ml Sensibilité 35-85% spécificité 50-95% Lavage alvéolaire: >104UFC/ml Sensibilité 10-90% spécificité 45-100% Aspiration endotrachéale: >105UFC/ml Au total le nombre de bactéries est essentiel Mais quid des prélèvements sous antibiotiques

Les prélèvements dermatologiques Flore commensale et valeur pathologique Prélever les pus avec un cathéter Les vésicules…

Les autres prélèvements LCR Génitaux Articulaires……

Intérêt et limite des sérologie et de la biologie moléculaire De la physiopathologie de l ’infection bacterienne et virale. La quantité de DNA dans le sang est trop faible pour les bactéries par rapport aux virus De l ’intérêt limité des sérologies à visée diagnostique. Il faut du temps pour que les anticorps apparaissent...

Comment prescrire les premiers traitements Trt symptomatiques Faut-il décapiter une fièvre Intérêt et limite de l ’aspirine et du paracétamol en ne dépassant pas la dose maximale et en surveillant le foie Les risques des hyperthermies?? Les risques des infections abatardies….. Trt antibiotiques Oui si urgence à définir Oui si certitude diagnostique (angine à streptocoque, inf urinaire et trt minute) Oui si pneumonie à PNC typique Oui si infection ORL type otite ou sinusite en sachant donner le bon antibiotique et en ayant défini le contrat avec le patient

Un peu de taxonomie Une espèce regroupe des bactéries ayant au moins 70% d’homologie génomique Une souche s’exprime en latin, en italique, avec une majuscule pour le 1° nom: Staphylococcus aureus Le genre est plus vulgaire (les staphylocoques) Comment on identifie une bactérie: 1-coloration de Gram (+ ou - ; ne prennent pas le gram: les mycobactéries, spirochètes, chlamydiae et mycoplasmes) 2-morphologie cocci ou bacille 3-les caractère culturaux en aéro-anaérobiose (attention à la définition de l’anaérobiose stricte) 4-mobilité 5-capsule +/-spores 6-secrétion d’enzymes 7-mise en évidence de toxines? 8-sérotypie

Définition de l’antibiothérapie probabiliste et définition de ses principes La situation ne requiert pas de prélèvement ou on ne saurait en attendre les résultats Critères épidémiologiques: Connaissance des espèces bactériennes habituellement responsables de l’infection Connaissance des mécanismes de résistance et de la probabilité de résistance Critères pharmacodynamiques : Habituellement sensibles Inconstamment sensible Habituellement résistantes Naturellement résistantes Critères pharmacologiques en prenant en compte le site de l’infection (diffusion des AB) et le terrain Prix du trt…. Critères écologiques On reviendra sur les associations d’antibiotiques