Plateforme de Calcul Intensif “HPC” de l’lnstitut Pytheas M. Libes, C. Pinazo Juin 2015

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 2 Description du Cluster de calcul Qu’est ce qu’un « cluster de calcul » ? o Un ensemble de PC « gonflés » taillés pour le calcul  Reliés sur un réseau dédié " Infiniband " à très haute vitesse " 40Gb/s Permettant le calcul "parallèle "  possédant beaucoup de mémoire vive RAM (48Go) Permettant de charger de grosses matrices  Des processeurs puissants : Bi-processeurs quad- core (2*4), hexa-core (2*6), octo-core (2*8)  Un stockage sur disque performants et volumineux 40To dédié à la sortie des modèles ⇒ 100 To prévu en septembre 2015

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 3 Description du Cluster de calcul La photo 1 nœud maitre de connexion+ 32 nœuds de calcul = 292 cœurs de calcul Baie de stockage 100 To

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 4 Description du Cluster de calcul Sur le plan logiciel le cluster possède tout un environnement de développement o Compilateurs : Fortran90, C, C++, Java o Librairies de parallélisation: parallélisation MPI o Progiciels scientifiques : Matlab, R o Librairies de visualisation de données : nco, ncview, ferret o Logiciels de génétique des populations, modèles d’océanographie et de météorologie : Mrbayes, Migrate ROMS, MARS3D, Symphonie, ECO3M, Ichtyop WRF

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 5 Combien ca coûte ? Cher... 1 ère phase 2008 sur FdR du COM : 40 k€ Architecture de base 8 noeuds 2 ème Phase 2011 sur crédits Univmed : 32 k€ 16 nœuds 3 ème phase 2012 sur FEDER Oceanomed : 50 k€ Baie de stockage de 40To + Réseau Infiniband QdR 40Gb/s 4 ème phase 2015 sur FEDER Oceanomed : 60 k€ 100To de disque, rajout 8 nœud octocore, 2eme switch IB ⇒ Nécessité de mutualiser ce type d'équipement au sein de l’Institut Pythéas

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 6 Comment utiliser le " cluster " ? Se rapprocher du SIP : Création du compte informatique et l'environnement de travail sur le cluster S'abonner à la liste Prendre connaissance du WIKI (documentation utilisateur) Et lire un peu de documentation pour utiliser quelques commandes L'article du cluster sur le site WEB du SIP

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 7 Comment fonctionne le " cluster " ? Le principe de fonctionnement Les utilisateurs se connectent sur le nœud " maitre " Déposent leur code de calcul Développent leur code de calcul, leur modèle, compilation → exécutable Lancent l'exécution de leur modèle sur le cluster au travers d'un logiciel d'ordonnancement appelé SGE L'ordonnanceur SGE Gère le lancement et l'exécution des divers calcul Attribut les calculs à tel ou tel nœud au cours du temps, en fonction de la charge

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 8 Qui l’utilise ? Une 30 aine d’Utilisateurs du M.I.O. + CEREGE + IMBE Test effectués par des Utilisateurs de l’OAMP pour voir si l’on pourrait consacrer le cluster de Luminy au calcul parallèle et le cluster de l’OAMP au calcul séquentiel

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 9 Accès aux Enseignements La puissance de calcul du Cluster HPC est utilisée pour plusieurs UEs d’enseignement de Master en Modélisation: – Modélisation Hydrodynamique avec ROMS – Modélisation couplée 2DH Leendertse/Bacher et al 1997 de l’Etang de Thau – Modélisation couplée MARS3D/ECO3M – Modélisation couplée 1DV/ECO3M

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 10 Supervision du " cluster " Suivi de la consommation des ressources : RAM, disques, processeurs

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 11 Modélisation 3D Océano Modélisation couplée Physique/Biogéochimie Ex : Nouvelle-Calédonie (Thèse R. Fuchs)

Nov Plateforme de calcul HPC Institut Pythéas 12 Modélisation 3D Météo (Ch. Yohia)