Les 10 règnes d’Eucaryotes Version 2012 D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), très simplifié et mis à jour (Boudouresque, original) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Radio-laires Retaria Chromalvéolés Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobiontes Chromobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires

Ce que la coutume a nommé ‘végétaux’ (il manque les Procaryotes Cyanobactéries, Planctomycètes et Actinobactéries) D’après Boudouresque (2011), mis à jour (2012) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Retaria Chromalvéolés Radio-laires Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobiontes Chromobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires

Le terme coutumier ‘Algues’ Il manque ici les Procaryotes : Cyanobactéries, D’après Boudouresque (2011) Le terme coutumier ‘Algues’ Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Radio-laires Retaria Chromalvéolés Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobiontes Chromobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires

Le terme coutumier ‘champignons’’ : un ensemble polyphylétique Il manque ici les Procaryotes : Planctomycètes et Actinobactéries D’après Boudouresque (2011) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Radio-laires Retaria Chromalvéolés Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobiontes Chromobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires

Le terme coutumier ‘protozoaires’ : un ensemble polyphylétique En bleu : taxons revendiqués par les ‘botanistes’ et les ‘zoologistes’ D’après Boudouresque (2011) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Radio-laires Retaria Chromalvéolés Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobiontes Chromobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires

The 10 Eukaryote kingdoms 2012 version From Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), simplified (Boudouresque, original) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphids Charo-phyceae Chlorarach-niobionta Streptobionta Rhodo-bionta Glauco-cysto-bionta Dinobionta ALVEOLATA) Zygnemato-phyceae Cercobionta Phytomyxea Ellobiopsids Viridiplantae Haplo-sporidia Trentepolio-phyceae Trentepolio-phyceae Apicomplexa Cen-tro-heli-da ? Ciliophora Ulvophyceae Chlorobionta Forami-nifera Chlorophyceae Actino-phryda STRAMENOPILES (= HETEROKONTS) Prasinophyceae Chromalveolata Radio-laria Retaria Picobiliphytes ? Labyrinthulobionta CRYPTO-BIONTA RHIZARIA Bicosoecids Katablepharids Cryptophytes Oobionta Chromobionta AMOEBO-BIONTA (= AMOEBOZOA) Mycetobionta Archamaeba HAPTOBIONTA Lobosa Eugle-noids Mesomycetozoa Eugleno-bionta Unikonts Chytridiomycota Microsporidia Kineto-plastids Fungi Para-basa-lia Basidiomycota Ascomycota Retorta-monads Acrasiobionta (= Heterolobosa) Choanoflagellata Oxymo-nads Meta- zoa (= ani-mals) Porifera Diplo-mona-ds Percolobionta Placozoa OPISTHO-KONTS EXCAVATES DISCICRISTATES Eumetazoa

The custumary notions of ‘algae’ and ‘fungi’ (not Fungi in a modern meaning) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphids Charo-phyceae Chlorarach-niobionta Streptobionta Rhodo-bionta Glauco-cysto-bionta Dinobionta ALVEOLATA) Zygnemato-phyceae Cercobionta Phytomyxea Ellobiopsids Viridiplantae Haplo-sporidia Trentepolio-phyceae Apicomplexa Cen-tro-heli-da ? Ciliophora Ulvophyceae Chlorobionta Forami-nifera Chlorophyceae Actino-phryda STRAMENOPILES (= HETEROKONTS) Prasinophyceae Retaria Chromalveolata Radio-laria Picobiliphytes ? Labyrinthulobionta CRYPTO-BIONTA RHIZARIA Bicosoecids Katablepharids Oobionta Cryptophytes Chromobionta AMOEBO-BIONTA (= AMOEBOZOA) Mycetobionta Archamaeba HAPTOBIONTA Lobosa Eugle-noids Mesomycetozoa Eugleno-bionta Unikonts Chytridiomycota Microsporidia Kineto-plastids Fungi Para-basa-lia Basidiomycota Ascomycota Retorta-monads Acrasiobionta (= Heterolobosa) Choanoflagellata Oxymo-nads Meta- zoa (= ani-mals) Porifera Diplo-mona-ds Percolobionta Placozoa OPISTHO-KONTS EXCAVATES DISCICRISTATES Eumetazoa

Magnoliophytes (sens large) Em-bryo-phytes D’après Boudouresque, 2011 Magnoliophytes (sens large) Em-bryo-phytes Filicophytes (sens large) LES VIRIDI-PLANTAE Bryophytes (sens large) Coléochaetophycées Strepto-biontes Charophycées Chaetosphaeridiophycées Zygnématophycées ‘Algues vertes ’ : un ensemble paraphylétique impossible à définir (ni phylogénétique, ni morphologique, ni fonctionnel) A ne pas utiliser en dehors de la vulgarisation élémentaire Klebsormidiophycées Chlorokybophycées Cladophorophycées Bryopsidophycées Dasycladophycées Trentepohliophycées Chloro-biontes Ulvophycées Trébouxiophycées Chlorophycées Prasinophycées Rhodobiontes (outgroup)

Gènes : PSI P700 chl a, psaA, rbcL ‘Algues rouges’ est le nom vernaculaire de Rhodobiontes. Il peut être utilisé sans limites : il se superpose à un taxon monophylétique et bien défini Arbre phylogénétique des Rhodobiontes Floridéophycées Bangiophycées Rhodellophycées Porphyridiophycées Stylonématophycées Compsogonophycées Cyanidiophycées Rhodophytina Cyanidiophytina Gènes : PSI P700 chl a, psaA, rbcL D'après Yoon et al., 2006. J. Phycol., 42 : 482-492 (2006). Redessiné Boudouresque (2011)

Arbre phylogénétique des Chromobiontes Les termes ‘algues brunes’, ‘algues jaunes’, ‘diatomées’, etc. peuvent être utilisés sans res-triction : ils correspondent aux noms vernaculaires de taxons monophylétiques et bien définis Il n’en va bien sur pas de même du terme ‘algues’, ensemble polyphylétique impossible à définir (ni phylogénétique, ni morphologique, ni fonctionnel), à réserver à la vulgarisation élémentaire Phéophycées (‘algues brunes’) Schizocladiophycées Phaeothamniophycées Xanthophycées (‘algues jaunes’) Raphidophycées Pinguiophycées Bacillariophycées Médiophycées ‘Diatomées’ Coscinodiscophycées Bolidophycées Pélagophycées Chrysophycées (‘algues dorées’) D’après Boudouresque 2011 Synurophycées Synchromophycées Eustigmatophycées Outgroups Dictyochophycées Rhodobiontes, Cryptobiontes ou Oobiontes

Un ensemble paraphylétique : les ‘poissons’ Actinistiens (coelacanthes) Dipneustes Amphibiens Sarco-ptéri-giens Mammifères Chéloniens (tortues) Tétra-podes Ostéi-chthyens Lézards, serpents Crocodiles Oiseaux Téléostéens Chondrostéens (esturgeons) Cladistiens (Polypterus) Chondrichtyens (requins, raies) Pétromyzontidés (lamproies) Myxinoïdes D’après Mulley et Holland (2004) et Lecointre et Le Guyader (2006), redessiné et modifié (Boudouresque)

Un ensemble paraphylétique : les ‘invertébrés’ Kinorhynches Priapulidés Nématodes Tardigrades Onychophores Insectes Crustacés Myriapodes Chélicérates Myzostomides Bryozoaires Entoproctes Gastrotriches Rotifères Gnathostomulides Platyhelminthes Némertes Brachiopodes Phoronides Annélides Mollusques Chaetognathes Acoeles Hémichordés Echinodermes Xénoturbellidés Urochordés (Tuniciers) Céphalochordés Craniates Cnidaires Porifères (Spongiaires) Cténophores Ecdy-sozoa Proto-stomiens Lophotro-chozoa Deutéro-stomiens D’après Lecointre et Le Guyader (2006) et Marlétaz et Le Parco (2010), redessiné et modifié (Boudouresque)

Les Eucaryotes Chromalvéolés Unichontes Embryo-phytes Crocus Les Eucaryotes Fougère Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Gymnodinium Alexandrium Plasmodium (paludisme) Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Zygnémato-phycées Cercobiontes Phytomyxea Ellobiopsidés Chara Viridiplantae Haplo-sporidies Trentepolio-phycées Apicomplexes Cen-tro-heli-da ? Foraminifères Ciliés Paramécie Ulvophycées Chlorobiontes Forami-nifères Chlorophycées Delesseria Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Tetra-selmis Ulva Radio-laires Retaria Picobiliphytes ? Labyrinthulobiontes Cafeteria CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Cryptophytes Oobionte (ex-cham-pignons, pro parte) Oobiontes Chromobiontes Diatomée AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Mycétobiontes Entamoeba hysto-litica (dysenterie) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Radiolaires Emiliania (à l’ori-gine de la craie) Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Trichomonas vaginalis (maladie sexuellement transmissible) Eugléno-biontes Unichontes Chytridiomycètes Cystoseira Amanite (ex-champignons, pro parte) Microsporidies Kinéto-plastides Fungi Nosema (cause mortalité des abeilles) Para-basa-lia Basidiomycètes Ascomycètes Euglena Retorta-mona-dines Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Choanoflagellés Oxymo-nadines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Diplo-mona-dines Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires Trypanosoma (maladie du sommeil) Axinella Homo sapiens Elysia Naegleria (amibe des piscines) Undaria