Biogéographie de poissons coralliens et de poissons dulçaquicoles de Cuba.

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1 Biogéographie de poissons coralliens et de poissons dulçaquicoles de Cuba

2 Biogéographie de poissons coralliens Stegastes partitus Acanthurus bahianus Haemulon flavolineatum www.fishbase.org

3 Populations échantillonnées

4 Le génome mitochondrial

5 Un haplotype est un groupe d'allèles d’un gène et de différents gènes situés sur un même chromosome et habituellement transmis ensemble. Séquençage et identification des différents haplotypes Cytochrome b haplotype1 haplotype3 haplotype2 haplotype4 haplotype6 haplotype5 G C G C C C T T T T A A C C C C T C T T T C C C G A A A A A A T A A A A 4 3 12 1 5 7 n Exemple : Le séquençage du cytochrome b de 33 individus a permis l’identification de 6 haplotypes -> mesure de la diversité, construction d’un réseau d’haplotypes ou d’une phylogénie

6 Diversité nucléotidique Coefficient de différenciation nucléotidique Diversité nucléotidique moyenne dans les sous-populations Diversité nucléotidique totale = distance entre les séquences = nombre de séquences = nombre de sous-populations Gene diversity = nombre d’haplotypes = fréquence de l’haplotype i Mesures de la diversité des haplotypes et de sa structuration géographique

7 Réseau d’haplotypes et démographie Réduction récente de la taille de la population Réduction ancienne de la taille de la population Isolement ancien de deux populations dans les aires de distribution rouge et verte, réduction récente de la taille de la population dans l’aire rouge (et pas dans l’aire verte), migration de l’aire rouge vers l’aire verte.

8 Distribution des distances entre haplotypes en fonction de la démographie

9 Mesures de la structuration géographique du polymorphisme nucléaire SNPs, microsatellites Recherche d’une différenciation génétique due à une structuration défini a priori des populations : estimation des Fst Recherche d’une structuration du polymorphisme génétique sans définition de populations a priori : Structure (recherche de k partitions à l’équilibre de HW.

10 Réseau d´haplotypes obtenu à partir d´un fragment de la région non codante de l´ADNmt de S. partitus. Structure (4 microsatellites)

11 Réseau d´haplotypes obtenu à partir d´un fragment de la région non codante de l´ADNmt de A. banhianus. Structure (6 microsatellites)

12

13 Distribution des distances entre haplotypes en fonction de la démographie τCI2.5%-CI97.5%θ0θ0 SSD At15.9111.48-18.28<0.0010.0-3.380.001 p=0.55 Hf6.002.94-9.550.490.0-2.510.0007 p= 0.96 Sp1.660.18-3.770.260.0-0.680.00001 p= 0.99 Pour en savoir plus :Manual Arlequin ver 3.5 Methodological outlines p. 120

14 Les courants marins autour de Cuba

15 Biogéographie d’un poisson dulçaquicole 15 Gambusia puncticulata. (Mâle en haut et femelle en bas). Source : Ponce de Léon José Luis, and Rodet Rodriguez. 2010. Peces Cubanos de la familia Poeciliidae Guia de Campo. Famille des Poecilidae. Espèce abondante. Poisson d’eau douce vivipare. Tolérance à l’eau saumâtre voire salée. Petite taille (5 à 8 cm).

16 Populations échantillonnées Gambusia puncticulata

17 Analyse des haplotypes mitochondriaux

18 18 Comparaison avec la répartition géographique : cytochrome b. → « patchs » de populations selon la lignée mitochondriale.

19 Analyse de microsatellites

20 12 microsatellites

21 9 microsatellites conservés, variables et amplifiés régulièrement Gaaf10 Gaa313 Gaaf15 Gaaf16 Gaaf22 Gafm4 Gafm5 GG2B Mf6 009a 1 285 135 146 165 269 190 249 221 231 009a 1 285 135 146 214 269 190 249 221 231 009b 1 285 135 146 214 281 188 249 221 231 009c 1 285 135 146 214 269 188 249 221 231 009c 1 285 135 146 214 269 190 249 221 231 009d 1 285 135 146 214 254 188 249 221 231 009d 1 285 135 146 214 254 190 249 221 231 009e 1 285 123 146 214 281 190 249 221 231 009e 1 285 135 146 214 290 190 249 221 231 009f 1 285 123 146 214 269 190 249 221 231 009f 1 333 135 146 214 281 190 249 221 231 019a 4 277 127 138 214 257 190 246 230 231 019a 4 297 131 138 214 314 194 249 230 231 019b 4 273 127 138 214 302 190 246 230 231 019b 4 289 131 138 218 302 194 246 230 231 019c 4 273 127 138 214 257 190 246 230 231 019c 4 301 131 138 222 302 194 246 230 231 019d 4 297 131 138 214 302 190 246 230 231 019d 4 297 131 138 222 305 194 246 230 231 019e 4 273 131 138 214 314 190 246 230 231 019e 4 297 131 138 214 314 194 246 230 231 microsat_9_G_puncticulata_no-missing_data.txt

22 http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/ Test k : 2 à 12 Structure Recherche du meilleur K

23 → Possible concordance du regroupement en 3 partitions sous Structure avec les grands embranchements de l’arbre cytochrome b.

24 Résultats → Concordance générale entre structuration cytochrome b et microsatellites.

25 Résultats Comparaison de la répartition géographique : microsatellites. → « patchs » de populations correspondant à la structuration microsatellite.