F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH / MEDLINE F. Volot S.S.P.I.M. Hôpital Timone Octobre 2007.

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1 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH / MEDLINE F. Volot S.S.P.I.M. Hôpital Timone Octobre 2007

2 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MEDLINE MEDical Litterature Analysis and Retrieval System (MEDLARS) on LINE

3 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MEDLINE ? Base de données bibliographiques Couvrant les domaines médicaux produite par la U.S. National Library of Medicine (US-NLM) Utilisant 2 modes de recherche –la recherche textuelle –le langage normalisé MeSH

4 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone LE FOND DOCUMENTAIRE Plus de 4000 périodiques indexés Plus de 11 millions de références depuis 1966 Mise à jour quotidienne Monographies, thèses et résumés de congrès non indexés Prédominance anglo saxonne –USA 33% & RU 11% –Allemagne 10% –Japon 4,2% France 4% Italie 3,6%

5 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone INDEXATION MANUELLE Sélective : transcrire l ’essentiel d ’un article en MeSH Par professionnels de santé ou scientifiques formés Modalités différentes : –3 niveaux de priorité d ’indexation donc délais d ’apparition différents –2 niveaux de profondeur d ’indexation (profonde 10 à 20, superficielle 5 à 10) 2/3 des périodiques ont une priorité de niveau 1 ou 2, avec 10 à 20 descripteurs

6 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MEDLINE Est UNE base « généraliste » A côté de bases spécialisées –Aidsline, Toxline … –développées par la NLM ou d ’autres organismes Interfaces différents sur le marché : PubMed (NLM) sur le net ou d ’autres...

7 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone UNE REFERENCE Pavé d ’informations classées dans des champs (Search fields) –author name [AU] –journal titles [TA] –langage[LA] –publication date [DP] –MeSH terms [MH] –…… attaché à un article

8 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone RECHERCHE PAR MOTS CLES MeSH (Medical Subject Headings) est le langage de MEDLINE Il permet l ’indexation des articles et une recherche « intelligente » basée sur la sémantique. Utilisateur Indexeur Indexation MeSH Recherche

9 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH : généralités Développé et maintenu depuis 1954 par la NLM 4 400 descripteurs en 1960 22 995 descripteurs en 2005 – 24 357 en 2007 Bonne couverture du domaine médical Adapté à l ’indexation et à la recherche bibliographiques Très utilisé : langage de référence

10 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH : vocabulaire Descripteurs (main headings, preferred descriptors) : l ’ensemble des termes, caractérisent le contenu des documents Qualifiers (subheadings) : caractérisent un aspect des descripteurs –ex : angina pectoris / DT (drug therapy) Entry terms : synonymes ou très proches Autres termes (see also,references,related): autres liens

11 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH : entry terms Entry terms liés aux preferred terms par des liens de synonymie ou de sens très proche : Coronary disease et Coronary artery disease Liver cirrhosis et Fibrosis, liver

12 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MeSH : autres termes Organe et procédure : Bile ducts et Cholangiography Organe et processus physiologique : Bone and Bones et Osteogenesis Organe et médicament : Bronchi et Bronchoconstrictor agents Moyens d ’enrichir les recherches

13 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MOTS CLES HEADING : libellé du concept (descripteur) C.. : numéro dans l ’arbre + : il existe des mots-clés fils / Subheading: mot-clé « adjectif » possible Relations: non spécifiée : X synonymie : XU avec terme plus précis

14 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MOTS CLES HEADING : CORONARY DISEASE C…: C14.280.647 + / Subheading: /SU Relations: coronary artery bypass : X coronary heart disease : XU coronary thrombosis NB : le subheading ne peut que SUIVRE un heading

15 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone ORGANISES EN HIERARCHIES

16 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone DANS DES AXES SEMANTIQUES AAnatomy BOrganisms C Disease DChemicals and drugs EDiag. & Therapeutic technics ….. VPublication characteristics ZGeographicals

17 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone NOTION DE POLYHIERARCHIE MYOCARDIUM A7.541.704 Cardio-vasculaire A2.633.580 Musculo-squelettique A10.690.637 Tissu musculaire Le mot clé est considéré sous plusieurs points de vue

18 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Concepts complexes 3 : Combinaison : Jejunum and Enteritis 2 : Subheadings : Monoamine oxidase/deficiency 1 : Descripteurs pré-combinés : Heart surgery 1 avant 2 avant 3

19 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone MOTS CLES : exemple Mesh heading : Cholestasis, Extrahepatic Tree number : C06.130.120.135.150 Annotation ; Scope note Entry term : Bile Duct obstruction, extrahepatic See also : Jaundice, obstructive Allowable qualifiers : CO, TH … Previous indexing : Bile Ducts (1966-1979) Date of entry : 19790529 ; Unique identifier

20 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Qualifiers : exemples Intitulé : /complications ; /therapy N° catégories de descripteurs auxquelles il peut être affilié : (C,F3) Abréviation pour recherche Medline : /CO ; /TH Note d’utilisation : sens & règles d’utilisation –/CO : pour troubles liés à maladie : affection coexistante, complication ou séquelle –/TH : pour trt maladies autres que médic, RT, diétoT, chirurgie (qualifiers spécifiques)

21 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone RECHERCHE TEXTUELLE Automatique et non intelligente d ’une chaîne de caractères Exemple « abc » « with a 100 Hz ABC stimulator» « ABC of rheumatology … » « …of an ABC transporter … »

22 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone UNE RECHERCHE Doit toujours préférer la recherche par mots clés (dans le champ MeSH terms) Pallier à l’absence de mot clé par la recherche textuelle (dans le champ Text word)

23 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone PUBMED : lancement Principal moteur de recherche dans Medline sur internet www.ncbi.nlm.nih.gov www.pubmed.gov www.pubmed.org

24 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed : champs Recherche par auteurs [au] : –smith j [au] Recherche par revues [ta] : journal database –nom complet, abréviation ou numéro ISSN : american journal of medicine [ta] am j med [ta] 0002-9343 [ta]

25 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche par mots-clés : –asthma [MeSH terms] [mh] –dans [majr] : thème majeur de l ’article, noté * Recherche par subheadings : –surgery [sh]

26 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Attention : quand on ne définit pas un champ de recherche, Pubmed effectue un mapping automatique à partir d ’une table de traduction de MeSH : vitamin h devient ("biotin"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "biotin"[MeSH Terms] OR vitamin h[Text Word] Odontalgia devient ("toothache"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "toothache"[MeSH Terms] OR odontalgia[Text Word] en cliquant sur Details on obtient la syntaxe exacte utilisée par Pubmed il existe aussi une table de traduction des journaux et une table d ’index des auteurs

27 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche par dates : –date de publication : [dp] –date d ’entrée (Entrez Date) dans Pubmed : [edat] –date d ’indexation avec MeSH : [mhda] –exemples : 2003/10/06 [dp] 2003/10 [edat] 2002:2004 [mhda]

28 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche par sous-ensembles de thèmes : [sb] –AIDS –Bioethics –Cancer –Cam (Complementary medicine) –History (of medicine) –Space (life sciences) –Systematic (review) –Tox (Toxicology )

29 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche en fonction de la présence de liens avec des articles [sb] : –loall [sb] : présence de liens –free full text [sb] : texte complet d ’accès libre –full text [sb] : texte complet

30 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche d ’articles avec résumés : hasabstract –stomach neoplasms [mh] and hasabstract Recherche par types de publications [pt] –clinical trial ; editorial –letter ; meta-analysis –practice guideline –randomized controlled trial –review...

31 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche par langues [la] –english, french, german, italian, japanese, russian … stomach neoplasms [mh] and english [la] Recherche par affiliation [ad] : institution ou adresse du 1er auteur : cleveland [ad] and clinic [ad]

32 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed Recherche textuelle : –dans tous les champ [tw] –dans le titre [ti] –dans le titre et l ’abstract : [tiab]

33 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed : Explosion Par défaut, recherche des termes plus précis dans la classification : –pour les mots-clés MeSH –pour les subheadings Si l ’on ne veut pas l ’explosion, le spécifier : –hypertension/therapy [mh:noexp] –hypertension/therapy [sh:noexp]

34 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : autres propriétés Utilisation de la troncature : coronar* Opérateurs booléens : –AND ; OR ; NOT –asthma/therapy [mh] AND crick d [au]

35 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : fonction Limits Permet de limiter automatiquement ses recherches sur : –Groupes d’âge –Sexe –Homme ou animal –Langue –Types d’articles –Dates d’entrée et de publication

36 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : fonction Preview/Index Sélectionner des termes à partir d’un Index Pré visualiser le nombre de résultats avant de les afficher Affiner les résultats en ajoutant un ou plusieurs termes un à un

37 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : fonction History Affiche les recherches dans l’ordre chronologique Affiche 100 recherches maximum Affichage perdu après 8 h d’inactivité

38 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : fonction Clipboard Rassemblement de recherches pour une utilisation ultérieure : –sauvegarde dans un fichier –tri

39 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Pubmed : fonction My NCBI Après enregistrement personnel : –màj automatiques de recherches par e-mail –recherche automatique des nouveaux articles –filtrage des centres d’intérêt

40 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Utilisation de Pubmed : conclusion Préférer les recherches MeSH : [mh] ou [MeSH terms] Sinon regarder dans Details l’interprétation que fait Pubmed de la requête Penser à toutes les fonctionnalités de Pubmed pour élargir ou restreindre les recherches : –Autres champs, synonymie …

41 F. Volot - Service de Santé Publique et de l ’Information Médicale - Hôpital Timone Un outil complémentaire Le MeSH bilingue de l’INSERM : –traducteur français - anglais –http://ist.inserm.fr/basimesh/mesh.html