Assises Françaises de Génétique, 3 Février 2016, Lyon L’approche « genotype first » et partage international de données: Une approche efficiente pour identifier.

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1 Assises Françaises de Génétique, 3 Février 2016, Lyon L’approche « genotype first » et partage international de données: Une approche efficiente pour identifier de nouveaux gènes responsables de maladies du développement Professeur Laurence Olivier-Faivre CLAD Est, CHU Dijon Equipe GAD, Université de Bourgogne

2 Une lutte pour les patients sans diagnostic L’approche ‘phenotype-first’

3 Une lutte pour les patients sans diagnostic L’approche ‘phenotype-first’L’ approche ‘genotype-first’

4 Evolution des modalités de partage de données o Echanges informels o Les présentations aux congrès o Les données supplémentaires de grosses séries d’exome o Mails aux groupes faisant beaucoup de SHD-E o Decipher o Matchmaker exchange: un challenge / une solution

5 Pourquoi le partage de données? o Besoin de réplications (et de se répartir les tâches) o Situation 1: Syndromes rarissimes sans cas additionnel identifiable loco-régiono-nationalement (ex: KLHL7, MAB21L1) o Situation 2: Pathologies non reconnaissable à priori mais homogènes à postériori (ex: PACS2, TAF1) o Situation 3: Pathologies hétérogènes, où la seule possibilité de récurrence est le nombre de patients séquencés (ex: CHD3, MSL3, PUF60, STAG1)

6 Situation 1: KLHL7 o Mutations tronquantes homozygotes o Syndrome Bohring-Opitz like E. Ginglinger, Mulhouse

7 Situation 2: PACS2 (Poster #3369) o DI modérée o Dysmorphie faciale similaire o Epilepsie o Neutropénie inconstante Dephine Heron, Pitié / Decipher

8 Situation 3: CHD3 F. Morice, Bordeaux / A. Afenjar, Trousseau o DI sévère o Troubles du spectre autistique o Dysmorphie faciale o Habitus marfanoide/ malformations inconstantes

9 Situation 3: CHD3

10 Les succès, les limites FIBP MAB21L1 SASH1 WDR91 SLC13A5 AP3B2 KLHL7 MSL3 PACS2 PUF60 STAG1 NFIB SCN10A SLC25A24 TAF1 TFE3 SMARCC2 BCL11A CHD3 UNC45A SLC5A7 CACN1AG → Vers une solution nationale de relecture des exomes négatifs pour optimiser?

11 Remerciements EA 4271 GAD Cliniciens: Laurence Olivier-Faivre, Christel Thauvin-Robinet Alice Masurel, Daphné Lehalle, Nolwenn Jean-Marçais, Julien Thevenon Biologistes: Jean-Baptiste Rivière, Paul Kuentz, Patrick Callier Anne-Laure Mosca-Boidron Bioinformaticiens: Yannis Duffourd, Emilie Tisserant Techniciens: Judith Saint-Onge, Martin Chevarin, Nadège Gigot, Thibaud Jouan, Charlotte Poé Tous les collaborateurs de la filière AnDDI-Rares EA 4271 GAD Cliniciens: Laurence Olivier-Faivre, Christel Thauvin-Robinet Alice Masurel, Daphné Lehalle, Nolwenn Jean-Marçais, Julien Thevenon Biologistes: Jean-Baptiste Rivière, Paul Kuentz, Patrick Callier Anne-Laure Mosca-Boidron Bioinformaticiens: Yannis Duffourd, Emilie Tisserant Techniciens: Judith Saint-Onge, Martin Chevarin, Nadège Gigot, Thibaud Jouan, Charlotte Poé Tous les collaborateurs de la filière AnDDI-Rares