AnneSophie JOURDAIN RADEME, Maladies Génétiques Rares du Développement embryonnaire et du Métabolisme, EA7364 Univ. Lille 2 Laboratoire de Biochimie –

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1 AnneSophie JOURDAIN RADEME, Maladies Génétiques Rares du Développement embryonnaire et du Métabolisme, EA7364 Univ. Lille 2 Laboratoire de Biochimie – Biologie Moléculaire, Maladies Rares, CHRU Lille Séquençage par technologie haut débit d’un panel de 103 gènes et régions régulatrices impliqués dans le développement des membres : application en diagnostic chez des patients atteints de malformations des membres

2 Fréquentes: 1,3-1,9‰ ~ 1400 syndromes malformatifs: atteintes isolées ou syndromiques Vasculaires / embryofoetopathies / génétiques <150 gènes responsables connus /régulateurs transcriptionnels Orientation analyses génétiques difficile Phénotypes chevauchants Hétérogénéité génétique et allélique Description clinique parfois difficile (fœtus) Au CHRU-Lille Expertise clinico-biologique depuis 2000 Plus de 1000 cas index + apparentés Equipe génétique clinique Equipe recherche développement, technique Biologistes

3 200020132015 Demande pour un syndrome X Analyse du gène A (sanger +/-MLPA/qPCR) Rendu de résultat Analyse d’un gène B (sanger +/-MLPA/qPCR) Analyse d’un gène C (sanger +/-MLPA/qPCR) + + + - - - Expertise et stratégie au CHRU-Lille GDF5SALL1 HOXA13SALL4 HOXD13SF3B4 IHHTBX3 LMX1BTBX4 NOGTBX5 PITX1WNT5A PTHLHWNT7A ROR2ZRS

4 200020132015 Demande pour un syndrome X Panel Ampliseq (Life) des 18 gènes de routine, séquençage sur PGM (Life) Séquençage des 18 gènes Analyse des N gènes d’intérêt en fonction de la clinique Rendu de résultat Gain de temps GDF5SALL1 HOXA13SALL4 HOXD13SF3B4 IHHTBX3 LMX1BTBX4 NOGTBX5 PITX1WNT5A PTHLHWNT7A ROR2ZRS Améliorer le diagnostic ? Expertise et stratégie au CHRU-Lille

5 200020132015 Demande pour un syndrome X Panel Haloplex (Agilent) de 103 cibles, séquençage sur MiSeq (Illumina) Panel « routine » Ampliseq Analyse des N gènes d’intérêt pour cette clinique Rendu de résultat Panel « large » Haloplex Analyse des 103 cibles + - Expertise et stratégie au CHRU-Lille Améliore le diagnostic ? ?

6 Matériels & Méthodes 1-Première sélection de patients sur des critères phénotypiques stricts: 200 cas index Groupes d’anomaliesNb patients sélectionnés Anomalie axe DV3 Anomalie axe AP89 Anomalie axe PD58 Anomalie de modélisation50 total200 2- Création du panel de 103 cibles

7 3- Préparation librairie, séquençage, analyses Totalement robotisée (robot BRAVO + Hamilton, post/pré-PCR) Analyse bio-informatique: Broad Institute DVD Alanine (Lille) Variant Studio (Illumina) + application filtres Matériels & Méthodes N Variants - Cas témoin - Variants Fqce>1% pop. Mond. (dbSNP, 1000génome, ESP) - Variants synonymes Lecture BAM Discussion clinico biologique Verif Sanger + ségrégation familiale

8 100 gènes + 2 régions régulatrices + 1 miRNA = 258 407 pb cible => 15 134 sondes pour 670 065 pb à séquencer Création et performance du panel de gènes 65 843 variants détectés Moyenne de 331 variants/ patient Moyenne de 4,6G b/ run Profondeur moyenne/ patient = 400,5 X Couverture moyenne de 95% ≥30X 41 variants d’intérêt pour 35 patients -25 délétères en lien -9 potentiellement délétères, en lien -7 découvertes inattendues, intérêt CG et prise en charge

9 Analyse clinico-biologique des variants: présentation de cas Cas 147 (Dr Doray-Dr Alembick, Strasbourg) Dysmorphie cranio faciale, retard de croissance, surdité, mains botes bilatérales SF3B4 négatif RECQL4 faux sens HMZ => RAPADILINO Diagnostique, prise en charge et CG 41 variants d’intérêt pour 35 patients: -25 délétères en lien Cas 49 (Pr Manouvrier, Lille) Brachydactylie C typique, cas familial (frère atteint), parents apparentés NOG, GDF5 négatifs BMPR1B faux sens prédit délétère HMZ, ségrége  mutations HMZ: beaucoup plus sévère que HTZ Élargit le spectre phénotypique

10 Analyse clinico-biologique des variants: présentation de cas Cas 158 (Pr Martinovic, Clamart) Ectro. 4 mbs, cas isolé, parents non apparentés TP63, BHLHA9 négatifs 2 variants WNT10B délétères HTZ (inframe, faux sens)  caractère AR (famille apparentée)  1 er cas hétérozygote composite Cas 161 (Dr Kariminjad, Iran) SHFM atypique, parents apparentés, enfants atteints BHLHA9, dup10q, WNT10B négatifs HOXD13 mutation stop HMZ  mutations HMZ: + rares, + sévères  mutations HTZ: expansion résidus Ala (sympolydac) Élargit le spectre phénotypique et le diagnostic 41 variants d’intérêt pour 35 patients: -25 délétères en lien

11 Analyse clinico-biologique des variants: présentation de cas Cas 67 (Dr Journel, Vannes) Brachydactylie E GDF5, PTHLH négatifs HDAC4 mutation stop HTZ Cas 207 (Dr Dieux, Lille) Brachydactylie E, + AN oreilles et DI GNAS négatif HDAC4 variant délétère HTZ (inframe) (+ variant inattendu délétère FGFR3) Confirme implication du gène  1 mutation de HDAC4 publiée (Williams 2010) 41 variants d’intérêt pour 35 patients: -25 délétères en lien

12 Analyse clinico-biologique des variants: présentation de cas Cas 208 (Dr Cordier-Alex, Lyon) Brachydactylie E  Mutation stop FLNA: inattendue  MAIS Transmission liée à X 41 variants d’intérêt pour 35 patients: -7 découvertes inattendues, intérêt CG et prise en charge Pathologies dominantes liées X: Melnick-Needles Hétérotopies périventriculaires nodulaires Pathologies récessives liées X: Syndromes Oto-Palato-Digitaux 1 & 2 Conseil Génétique important

13 Intérêt du panel large et évolution Évolution panel n°2: + de cibles Scientifique, clinique, diagnostique  CGH à façon, résolutive Demande pour un syndrome X Rendu de résultat Panel « large » Haloplex n°2 Analyse des N cibles

14 Merci de votre attention ! Retrouvez nous à notre poster #3208 ou sylvie.manouvrier@chru-lille.fr & annesophie.jourdain@chru-lille.frsylvie.manouvrier@chru-lille.frannesophie.jourdain@chru-lille.fr Equipe Biologique de Lille Dr Fabienne ESCANDE Dr Malika BALDUYCK Dr Marie-Françoise ODOU Clémence, Morgane, Perrine Equipe Bioinformatique de Lille Emilie AIT YAHYA Christophe DEMAY Fabrice BONTE Martin FIGEAC Equipe Clinique de Lille Pr Sylvie MANOUVRIER Dr Florence PETIT Dr Jamal GHOUMID Frédéric FRENOIS Dr Odile BOUTE Dr Anne DIEUX Dr Catherine VINCENT-DELORME Tous les médecins des filiaires Remerciements Organisateurs des 8èmes Assises Pr Patrick EDERY Pr Damien SANLAVILLE