Génome à l'école Projet « Populus nigra » Une partie des photos de ce diaporama ont été prises par l'équipe de Marc Villar, INRA Orléans. Avec son aimable.

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1 Génome à l'école Projet « Populus nigra » Une partie des photos de ce diaporama ont été prises par l'équipe de Marc Villar, INRA Orléans. Avec son aimable autorisation.

2 A partir de cette année et en préparation de l'année prochaine, nous allons nous intéresser au projet Populus : les 15 et 22 mai, nous ferons une sortie sur l'Ile Clémentine pour prélever nos échantillons.

3 Cette échantillothèque nous servira l'année prochaine à : - extraire l'ADN des feuilles récoltées - amplifier par PCR les gènes d'intérêt sélectionnés. - vérifier nos extractions et amplifications par électrophorèse - envoyer nos amplicons au Génoscope - nettoyer nos séquences pour identifier les polymorphismes éventuels.

4 Quelques outils de biologie moléculaire :

5 Si nous avons le temps, nous nous intéresserons à notre projet propre : la Vigne. Nous caractériserons un clone de Melon de Bourgogne (cépage du muscadet) en partant de deux terroirs différents (sud et nord Loire). Dans un deuxième temps, nous quantifierons la part génotypique et l’importance des données du terroir (donc environnementales) sur la qualité organoleptique de la baie de raisin.

6 Génome à l'école Projet « Populus nigra » Mais pourquoi donc ??

7 Le Peuplier noir : ses atouts ●Espèce qui appartient à un habitat particulier, la forêt alluviale : on parle de ripisylve à bois tendre, c'est un écosystème menacé ●Espèce qui a une longue durée de vie (200 ans +), à comparer au Saule blanc (80 ans) ●Support de biodiversité (au stade ‘gros bois’ 1/3 finale de sa vie) : il peut abriter des oiseaux, chauves souris, insectes, champignons… ●Système racinaire impressionnant (fixation sédiments, épurateur naturel de nutriments) ●Espèce « marqueur » du dynamisme du fleuve (indicateur d’un milieu menacé) ●Espèce partie prenante des paysages (ex. paysages ligériens)

8 Les clés principales d’identification d’un peuplier noir Caractères biologiques : Grand arbre de 30 à 35 mètres Longévité élevée, plus de 200 ans Espèce dioïque : les sexes sont séparés Sur un arbre âgé : Port général caractéristique avec branches en forme d’arche. Protubérances développées sur le tronc à la base des gourmands ou de bourgeons dormants (cependant pas systématique). Écorce rugueuse, épaisse, fissurée et de forme losangique. Feuilles des rameaux courts caractéristiques (losangiques et acuminées). Rameaux longs de l’année nettement cylindriques à la base, parfois sub- anguleux vers l'apex mais sans côtes. Sur un arbre jeune : Feuilles des rameaux courts caractéristiques (losangiques et acuminées) Rameaux longs de l’année nettement cylindriques à la base, parfois sub- anguleux vers l'apex mais sans côtes. Cette identification a été réalisée par: Marc Villar (INRA Orléans), Olivier Forestier (CNBF Guémené-Penfao), Ambroise Bécot (Mission Bocage), Michel Chantereau (Loiret Nature Environnement), Thierry Lamant (ONF Orléans).

9 Port de l'arbre :

10 A ne pas confondre avec le peuplier d'Italie Peuplier d'ornement Omniprésent dans nos campagnes et villes Facilement reconnaissable par sa forme allongée 1 unique cultivar (clone 'San Giorgio') Loire, St Luce, 44

11 Les broussins (= protubérances du tronc)

12 L'écorce

13 Feuilles et rameaux Variation importante de la forme du limbe au sein d’un même arbre : les feuilles sont plus typiques sur les rameaux courts. Le limbe des feuilles des rameaux longs, moins typique, toujours de surface plus grande et avec une base du limbe largement arrondie ou aplatie. Le limbe des feuilles des rameaux courts est de forme losangique et acuminée (feuille se terminant en pointe allongée et effilée).

14 Diversité des feuilles Lycée René Char Avignon Feuilles prélevées sur l’arbre 6 Moyenne : 18.427 cm² Minimum : 10.572 cm² Maximum : 23.799 cm² Feuilles prélevées sur l’arbre 10 Moyenne : 13.722 cm² Minimum : 3.116cm² Maximum : 22.856cm²

15 Sexe : Le Peuplier noir est une espèce dioïque, c'est—à-dire qu'il existe des peupliers mâles et des peupliers femelles reconnaissables notamment à leurs inflorescences appelées châtons. Les fleurs apparaissent avant les feuilles. Châton mâle : donnera le pollen Châton femelle : donnera les graines après pollinisation réussie

16 Deux peupliers noirs en fleurs 8 avril 2008 Deux peupliers noirs de la RNN de St-Mesmin (Loire) mâle femelle

17 Cycle biologique du Peuplier noir

18 Notre terrain de jeu : l’île Clémentine à Sainte-Luce sur Loire

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20 Récolte des échantillons et création de l'échantillothèque Attention au milieu : vous êtes sur une île ; les berges peuvent être instables. Du bois mort peut chuter... Localiser le plus précisément possible l'individu (GPS + carte de l'île) et noter les caractéristiques du site (le long de la Loire, du chenal, au milieu de l'île...) Noter les caractéristiques morphologiques de l'individu prélevé, son sexe (si présence de fleurs ou de fruits) Prendre son diamètre à environ 1m30 du sol. Prendre une photo de l'individu (ne pas oublier l'échelle)

21 Récolte des échantillons et création de l'échantillothèque Prélever sur des arbres éloignés les uns des autres autant que possible (le peuplier drageonne !) Récolter sur quelques dizaines d'arbres à raison de 3 feuilles par individu. Ces feuilles doivent être jeunes, non infectées, à bonne distance du sol. Avant tout prélèvement, étiqueter vos sachets selon le code suivant : MC_Cl_Pn_n°de l'arbre MC pour Monge Chauvinière Cl pour Clémentine Pn pour Peuplier noir n° de l'arbre à 3 chiffres ex : 001 Placer chaque feuille dans un sachet étanche avant de les mettre dans la glacière. Compléter le tableau de l'échantillothèque au fur et à mesure des prélèvements.