La Recherche Documentaire Adrien Galy 26/05/2016.

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1 La Recherche Documentaire Adrien Galy 26/05/2016

2 PLAN  1) Introduction = Méthodologie  2) Thésaurus / MeSH  3) Ressources documentaires  4) Pubmed // Medline  5) Cochrane

3 Introduction = METHODOLOGIE de la recherche documentaire Phases d’une recherche PROBLEMATIQUE = question de recherche + objectifs de la recherche  HYPOTHESES à confirmer / infirmer  Connaissance de la littérature et recherche documentaire Elaborer un PLAN d’EXPERIMENTATION pour le recueil de l’information  OUTIL DE RECUEIL de données pertinent, valide et fiable Recueillir l’information dans une BASE DE DONNEES TRAITER, analyser et évaluer l’information recueillie Formuler des CONCLUSIONS, les communiquer dans un rapport scientifique

4 Méthodologie de la recherche documentaire  Quel intérêt ? Risques d’une « mauvaise » recherche - BRUIT : nombre excessif de résultats, dont certains ne sont pas pertinents - SILENCE : absence ou insuffisance de résultats, des documents pertinents n’apparaissent pas -Perte de temps -Explications  Choix inapproprié de la ressource documentaire  Interrogation mal réalisée  Question de recherche mal définie (trop large ou trop restreinte)

5 Préparer sa recherche  Etape 1 : Savoir ce que l’on cherche! -Identifier clairement son sujet : Qui? Quoi? Où? Comment? Pourquoi? Quand? Pourquoi?... -Dégager les concepts -Utiliser les formes variantes d’un même terme -Synonymes -Formes déclinées -Abréviations  Trouver l’ensemble des références pertinentes -Définir d’éventuelles limites = CADRER -Le tout en ANGLAIS = traduction des concepts identifiés

6 Préparer sa recherche  Etape 2 : Choix des mots-clés -A partir des concepts identifiés -Certaines bases (Medline par ex) utilisent un vocabulaire particulier pour indexer leurs articles -L’utilisation de ce vocabulaire augmente la pertinence de vos résultats  THESAURUS +++

7 Le thésaurus MeSH  « Medical Subject Headings » = « descripteurs médicaux »  MeSH produit par la NLM (US National Library of Medicine) = liste NORMALISEE de termes utilisée pour l’analyse documentaire dans le domaine biomédical  Et donc donne des MOTS-CLES pour décrire le contenu des articles référencés dans Medline  Les indexeurs peuvent également attribuer des QUALIFICATIFS pour décrire plus en détails un aspect particulier d’un concept MeSH « diagnosis », « metabolism », « pathology »…

8  MeSH  Mises à jour et corrections régulières : EVOLUTIF  Structure hiérarchisée : ARBORESCENCE  Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes  Plus de 25.000 descripteurs  Plus de 160.000 entrées  Par ordre alphabétique / hiérarchique  ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’  Qualificatifs pour préciser la recherche  83 subheadings  Liste 2016 : http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.htmlhttp://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html  Ressemble un peu au CIM-10 Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’

9 Exemple d’une arborescence et de l’organisation des MeSH terms http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/?term=AIDS+dementia http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68001205 A retenir -Organisation systématique -Liste normalisée -Hiérarchisé

10 Intérêt des thésaurus Langage libre "Q fever"[TW]  Résultats peu précis  Fausses combinaisons  Utilisation des synonymes  Utile pour les nouveaux sujets  Utile pour une recherche exploratoire Descripteurs "Q fever"[MeSH]  Résultats précis  Résultats pertinents  Nombre limité de termes de recherche  Long délai pour les nouveaux sujets  Descripteurs parfois difficile à connaitre

11 Trouver ses Mots-Clés  Utiliser les recherches en MeSH -De Pubmed / NCBI -Autres interfaces -Problème = anglais  Cismef = Site de recherche francophone, Université de Rouen -Facilite la recherche et la définition des mots-clés -Donne l’équivalent en anglais http://www.chu-rouen.fr/cismef/

12 Site spécialisé dans la recherche des MeSH / Thésaurus Constructeur de recherche

13 Exemples  Rechercher le MeSH en anglais de -Bronchiolite -Fièvre Q -Encéphalite VIH  regarder l’arborescence = classification dans le thésaurus  regarder les synonymes (Q fever) et l’intérêt de la recherche en MeSH  construire une recherche dans la query builder http://crbm.chu-rouen.fr/querybuilder/ http://crbm.chu-rouen.fr/querybuilder/

14 Exemples // MeSH et Pubmed 14  On recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments.  Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’  Alzheimer’s disease est le terme retenu  Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’  61 résultats  Pathology of Arbovirus diseases? (1287)  Bronchiolite et Q fever? (6)  Effets indésirables des TARV?  Encéphalite VIH?  Encéphalite VIH et darunavir?

15 Ou chercher? = Les ressources documentaires Catalogues de bibliothèques o France = SUDOC (Système Universitaire de DOCumentation) o CiSMeF = catalogue et index des sites médicaux de langue française o BIUM = Bibliothèque interuniversitaire de médecine Bouquets de revues = payant, cher +++++ o Science Direct o EM-Consult Bases de données o Medline, via Pubmed o Cochrane Library o Web Of Science o Embase Moteurs de recherche spécialisés o Google Scholar o SCIRUS – le moteur du web universitaire

16 1. La base de données Medline

17 Vue d’ensemble de Medline 17  MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System)  Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale  Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours  Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 1949- 1972  Contient > 20 millions de fiches (2013) reprenant approximativement 5.000 périodiques  Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale  Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

18 Accès à Medline 18  Accès via interfaces payantes  Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,…  Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser  Politique commerciale douteuse pour certains  Accès via interfaces gratuites  Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease  Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet  Facilité de recherche  PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)

19 19 2. Recherches dans PubMed

20 Recherche simple dans PubMed 20  Avantages  Rapidité  Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité)  Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article)  Inconvénients  Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.)  Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.)  Peut générer du bruit documentaire ou du silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

21 Démonstration de recherche simple 21  Exemple : Je recherche l’article « Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma » de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicine du 13 janvier 2010. a)Se rendre sur la page d’accueil de PubMed (pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis)page d’accueil de PubMed b)Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ; - soit les noms des auteurs ; - soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs)  recherche de type « Google »

22 Recherche avancée dans PubMed 22  Avantages  Permet une recherche très fine, très précise  Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.)  Champs de recherche distincts, clarté des éléments  Aide à la saisie (proposant les termes)  Passage par le thésaurus MeSH  Inconvénients  Nécessité de connaître les possibilités  Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités  Est moins intuitive que la recherche simple  Exemple avec Tobacco / Bayer / Nejm

23 Autres exemples 23  Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 :  Cliquer sur Advanced Search  Dans le menu déroulant du Search Builder, choisir le champ Author  Entrer le nom de l’auteur : Prignot J  Cliquer sur le bouton AND  Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur.  Dans le Search Builder, choisir le champ Publication Date  Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut)  Cliquer sur le bouton AND  Cliquer sur le bouton  6 résultats  Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités »)  On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens

24 Construire une équation de recherche 24  Méthode « facile »  Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT  Méthode « expert »  Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs  Utilisation de guillemets pour les expressions  Opérateurs booléens AND, OR et NOT  AND = ET (restreint la recherche)  OR = OU (élargit la recherche)  NOT = SAUF (rejette des termes)  Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *

25 Exercices : Rechercher 25  Toutes les publications de Raoult D.  Toutes les publications de Raoult D. depuis 2000 sur la fièvre Q  Toutes les publications de Raoult D. depuis 2000 sur les humains adultes  Toutes les publications sur les infections à germes BLSE dont l’auteur est Bruno Fantin  Les essais cliniques concernant le traitement de la cryptococcose neuroméningée  Toutes les publications de Bayer J. dans NEJM

26 26 3. Exploitation des résultats Détailler : - Présentation globale "Meningitis, Cryptococcal/drug therapy"[Mesh] AND (Clinical Trial[ptyp] AND "humans"[MeSH Terms]) - Présentation en détail pour une référence http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26863355

27 Les formats de visualisation En anglais « Display Settings ». Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options : o Le format o Le nombre de résultats par page o Le tri Utiliser cette recherche pour tester les formats : "Meningitis, Cryptococcal/drug therapy"[Mesh]

28 Les formats de visualisation 28 Summary : format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract. Summary (text) : idem Summary mais au format texte uniquement, sans liens html Abstract : idem Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem Abstract mais au format texte MEDLINE : format le plus complet  fiche au format MARC, avec codes de champs spécifiques PubMed. XML : format balisé XML (non lisible // humains) PMID List : simple liste des numéros de référence des articles, au format texte.

29 29 Le nombre de résultats par page Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats. Le tri Recently added : tri par derniers ajouts dans PubMed Pub Date : tri par date de publication First / Last author : tri par premier / dernier auteur Journal : tri par périodique Title : tri par titre

30 Envoyer les résultats 30 File : en tant que fichier - Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles - Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles - MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet) - XML : fichier balisé en XML - PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.) Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

31 31 Collections Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver. L’enregistrement à MyNCBI est gratuit. MyNCBI permet aussi la veille

32 32 Order Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles. Clipboard Envoie les résultats vers le presse- papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

33 33 E-mail Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier On peut choisir  le nombre de références à envoyer,  à partir de laquelle commencer,  et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple)

34 Veille 34  Via inscription par MyNCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.  Utiliser le lien « Save search » dans le search builder

35 MyNCBI 35  Inscription gratuite  Sauvegarder les recherches  Veille bibliographique http://www.ncbi.nlm.nih.gov/myncbi/

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37 COCHRANE Library  Collection de 6 bases de données contenant des données factuelles (Evidence-based) sur les effets des soins de santé  OBJECTIF = aider les professionnels de santé dans leur pratique clinique, en o Recueillant l’ensemble des infos sur l’efficacité des thérapeutiques o Critiquant, triant et synthétisant ces informations o Etablissant une banque de données des résultats de ces synthèses o Diffusant ces synthèses et leurs messages aux prescripteurs  « Préparer, tenir à jour et diffuser les revues systématiques sur l’efficacité des thérapeutique) http://www.cochranelibrary.com/

38 COCHRANE Library : Bases  Cochrane Database of Systematic Reviews (Cochrane Reviews)  Database of Abstracts of Reviews (Other reviews)  Cochrane Central Register Controlled Trials (alimentée par 50 groupes de la Cochrane Collaboration)  Cochrane Methodology register  Health Technology Assessment Database  NHS Economic Evaluation Database http://www.cochranelibrary.com/

39 http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search/

40 Exemple  Vous vous demandez si il existe un traitement préventif pour la leptospirose pour les personnes voyageant en zone d’endémie  Vous regardez sur cochrane  Equation de recherche? Overview de la page d’accueil, des arborescence, du MeSH dans Cocrane, de la présentation des résultats http://www.cochranelibrary.com/ http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search/

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