Caroline Schluth-Bolard

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1 Caroline Schluth-Bolard
CARACTÉRISATION DES INTERRUPTIONS DU GÈNE TCF4 : UN PHÉNOTYPE ATTÉNUÉ DE DI ASSOCIÉ À LA PARTIE PROXIMALE DU GÈNE ? Linda Pons Caroline Schluth-Bolard Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle, CHU de Lyon Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon Lyon, Février 2016

2 Introduction Gène TCF4 en 18q21.1 (MIM 602272)
Facteur de transcription bHLH Famille des E-protéines Expression précoce au cours du développement, particulièrement dans le SNC Forrest et al. 2014

3 Introduction Syndrome de Pitt Hopkins (MIM 610954)
DI sévère sans régression Dysmorphie faciale Stéréotypies Troubles respiratoires Haplo-insuffisance de TCF4 Association avec d’autres pathologies : Schizophrénie Cholangite sclérosante primitive Dystrophie cornéenne endothéliale de Fuchs Whalen et al. 2012

4 Cas clinique Patiente de 8 ans avec DI modérée Croissance normale
Marche à 18 mois Retard de langage Ecrit son prénom Croissance normale Troubles du comportement Constipation Troubles du sommeil Pas de dysmorphie Pas d’anomalie respiratoire

5 Cas clinique Inversion péricentrique équilibrée, de novo, du chromosome 18 : Caryotype 46,XX,inv(18)(p11.2;q21.1)dn ACPA normale Hypothèse d’une pathologie du point de cassure : caractérisation moléculaire par NGS NextSeq500 (Illumina) Whole Genome en paired-end (2 x 101 pb) Vérifications : FISH, PCR et séquençage Sanger chr18 inv(18)

6 Résultats Profondeur moyenne de séquençage 16,7X
Intervalles des points de cassure en NGS sur IGV en hg19 : chr18:1,262,295-1,262,441 (146 pb) en 18p11.32 chr18:53,254,634-53,254,758 (124 pb) en 18q21.2 18p11.32

7 Résultats Vérification en FISH inv(18) chr18 18qter 18pter
RP11-372E2 en 18p11.32 18qter chr18 inv(18) RP11-569E16 en 18q21.1 18pter

8 Résultats Séquençage Sanger : chr18:1,262,333-1,262,334 en 18p11.32
P T B inv_18p11.32 inv_18q21.1 ATP1A3 ex7/8 TTTAAGATTG-TTTCTCTGTG TACTTATAAA-AAAAGAGAAA chr18:1,262, chr18:53,254,747 chr18:1,262, chr18:53,254,748 inv18p11.32 inv18q21.2 Séquençage Sanger : chr18:1,262,333-1,262,334 en 18p11.32 pas de gène interrompu chr18:53,254,747-53,254,748 en 18q21.2 interruption de TCF4 dans l’intron 1 (séquence 5’ non codante)

9 Discussion TCF4 Syndrome de Pitt Hopkins :
Haplo-insuffisance de TCF4 : mutations exons 6 à 19 ou délétions Pas de mutation décrite en amont de l’exon 2 TCF4 Mutations tronquantes Mutations d’épissage Mutations faux sens Délétions partielles ou totales D’après Whalen et al. 2012

10 Discussion TCF4 Littérature : 5 cas d’interruption de TCF4 rapportés
Cas présent 8 ans DI modérée 46,XX, inv(18) Intron 1 NGS Kalscheuer 2008 15 ans DI modérée 46,XX,t(18;20) Intron 3 FISH Schluth-Bolard 2013 15 mois Retard sévère Microcéphalie 46,XX,t(1;18) Intron 6 NGS Talkowski 2013 Jumeaux monozygotes 27 mois Retard sévère Dysmorphie 46,XY,t(3;18) Intron 8 NGS Marangi 2011 3 ans Retard sévère Dysmorphie Troubles respiratoires 46,XX,t(14;18) Exons 9 – 11 FISH/Long range PCR Syndrome de Pitt Hopkins

11 Patiente de Kalscheuer
Discussion Critères diagnostiques du Pitt Hopkins Whalen et al. 2012 Cas présent Patiente de Kalscheuer Morphologie Enophtalmie (1) + - Racine du nez épaisse (1) +  Lèvre inférieure éversée (1) Développement Marche > 3 ans ou retard moteur sévère < 3 ans (2) Ataxie (1) Absence de langage (ou < 5 mots) (2) Stéréotypies de la tête ± des mains (2) Hyperventilation (1) Hypotonie (1) Apparence souriante (1) Anxiété/agitation (1) Strabisme (1) Score de Whalen (screening TCF4 >15/20) 8/20 3/20

12 Discussion TCF4 Patiente de Kalscheuer :
Interruption Mutation ponctuelle – Délétion – Interruption Syndrome de Pitt-Hopkins DI modérée TCF4 Patiente de Kalscheuer : Interruption de TCF4 (intron 3, chr18) et de CHD6 (intron 1, chr20) Transcrit chimère TCF4-CHD6 et donc probablement protéine TCF4 résiduelle Hypothèse pour notre patiente : Expression d’une protéine TCF4 intacte mais en quantité diminuée (promoteurs alternatifs ?)

13 Conclusion Phénotype de DI modérée associée à l’interruption de la partie proximale de TCF4 Hypothèse : présence d’une protéine TCF4 résiduelle Perspectives : études fonctionnelles Recherche de mutations ponctuelles dans les premiers exons de TCF4 : panels et exomes

14 Remerciements Service de Génétique, Laboratoire de Cytogénétique, CHU Lyon : Flavie Diguet Pierre-Antoine Rollat-Farnier Caroline Schluth-Bolard Damien Sanlaville Patrick Edery Children’s Hospital of Eastern Ontario, Metabolic Clinics Matthew Lines

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