Histoire naturelle d’un virus zoonotique en mode insulaire : Cas de la propagation du virus grippal pandémique H1N1 2009 à La Réunion Pascalis H. (1,2),

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1 Histoire naturelle d’un virus zoonotique en mode insulaire : Cas de la propagation du virus grippal pandémique H1N1 2009 à La Réunion Pascalis H. (1,2), Temmam S. (1,3), Dsouli N. (1,2), Turpin M. (1,2), Salez N. (7), Wilkinson D.A. (1,2), Rollot O. (4), Favier F. (4), Flahault A. (5), Carrat F. (6), De Lamballerie X. (7), Dellagi K. (1,2) (1)CRVOI – 2, rue Maxime Rivière 97490 Ste Clotilde – La Réunion (2) IRD – BP20172 – 97492 Ste Clotilde cedex (3)CNRS UMR 5557 Ecologie Microbienne - Université C.Bernard Lyon1 43 bd du 11 nov. 1918 – 69622 Villeurbanne (4)CIC-EC de La Réunion (Inserm / CHR / Université / URMLR) – Centre Hospitalier Régional, St Pierre (5)Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique (EHESP) – Rennes-Sorbonne Paris Cité (6)Epidémiologie des Maladies Infectieuses et Modélisation (UMR-S707), Inserm – Université Paris VI, Paris (7)Unité des Virus Emergents (UMR-S 190), IRD – Université de la Méditerranée, Marseille AgesTaux séroconversionTaux séropositivité net *,** < 20 ans 63.16%42.9% [38.2-47.15] 20-59 ans 39.39%13.9% [10.4-17.7] > 60 ans 16.67%0.0% Séropositivité basale Augmentation max de séropositivité Baisse du taux de séropositivité au cours du temps Conclusions de l’enquête sérologique : 1)Présence d’une immunité pré-existante à la pandémie (surtout chez les sujets âgés > 60 ans) qui protège contre l’infection par le virus H1N1p 2)La vague épidémique a concerné en majorité les < 20 ans 3)Baisse du taux de séropositivité à distance du pic épidémique H1N1p  réponse Ac labile ? 4)Le taux d’attaque par H1N1p est 3x supérieur aux estimations basées sur les cas cliniques  la majorité (66%) des individus ont développé une infection peu ou pas symptomatique Données clés : - 1687 individus, 772 foyers - prélèvement de sérum d’inclusion (au fil de l’épidémie, S30-44) et en sortie (S45-52) A Figure 1 : Courbes cumulatives inverse sde distribution des titres IHA H1N1p en fonction du temps et par tranches d’âge (seuil de séropositivité >= 1/40) Figure 2A : Répartition des virus respiratoires mis en évidence par tranche d’âge Figure 2B : Distribution temporelle des virus détectés au sein des foyers B Conclusions de l’enquête virologique : 1) Circulation concomitante d’autres virus respiratoires au cours de l’épidémie H1N1p, majoritairement des RV et des CoV 2) Décalage entre les pics épidémiques H1N1p et RV / CoV  interférence virale ? 3) Co-infections rares H1N1p / autre virus respiratoire chez de même individu (6/62 = 9.7%)  interférence virale ? 4) H1N1 et RV affectent principalement les moins de 20 ans RUN-A RUN-B Figure 3 : Analyse phylogénétique par inférence bayésienne du concatémère PA-HA-NP-NA-M-NS RUN (28 séquences) vs monde (101 séquences) Figure 4 : Mutations non synonymes / synonymes caractéristiques définissant les clades Figure 5 : Datation de l’apparition des différents clades et dates d’entrées des 2 introductions réunionnaises (analyse du concatémère PB2-PB1-PA-HA-NP-NA-M-NS) I – Conclusions de l’étude phylogénétique : 1)Clusters intrafamiliaux  transmission intrafamiliale mise en évidence au niveau génétique 2) 4 sous-clades RUN (3 dans le clade RUN-A et 1 dans RUN-B) caractérisées par des mutations spécifiques (fig. 4) 3)Les séquences RUN sont issues du clade 7 (fig. 3) + mutations spécifiques du clade RUN (fig. 4)  clade RUN ? 4) 2 introductions à La Réunion : clade RUN-B groupé avec Sapporo (Japon), clade RUN-A d’origine inconnue MAIS pas d’origine australienne (CIRE : « 1 er cas H1N1 importé d’Australie »)  circulation Océan Indien ? II - Conclusions de l’étude phylogénétique : 1)Datation des 2 introductions sur la base des 28 séquences H1N1 issues de la cohorte CoPanFlu (fig. 5) : 1 re introduction  22 Avril 2009 2 e introduction  2 Juin 2009 1)Date d’apparition de l’ancêtre commun du clade RUN = 18 Avril 2009  circulation Océan Indien (OI) ? 2)Circulation OI (fig. 6) : une partie des souches Mauriciennes ont co-circulées avec une partie des souches réunionnaises (RUN-B) Toutes les souches du clade RUN et de Maurice appartiennent au même groupe phylogénétique. On y trouve aussi une souche tanzanienne ainsi que la souche de Sapporo. Les souches provenant des Seychelles et de Madagascar n’ont pas la même histoire évolutive que les autres iles. Méthodologie : - kit commercial de détection par PCR multiplex de 15 virus respiratoires (Seeplex RV15, Seegene) sur écouvillon nasal * : seuil séropositivité IHA >= 1/40 ** : taux net = séropositivité brute – séropositivité pré-épidémique Epidémiologie Virologie Phylogénie 1) Diversité génétique des souches réunionnaises de H1N1 p par rapport aux souches mondiales 1) Inventaire des agents infectieux respiratoires co-circulants avec le virus H1N1p 2) Dynamique de circulation des virus respiratoires en cohorte populationnelle au cours de la vague pandémique H1N1 2009 2) Origine génétique des souches RUN 3) Analyse de mutations 1) Incidence de l’infection en étude prospective sur cohorte populationnelle 2) Histoire naturelle de la maladie, proportion des formes asymptomatiques et pauci symptomatiques Objectifs de l’enquête Co-circulation par foyer des virus respiratoires Jul. 5: 1st imported case detected (CIRE) Jul. 21: 1st autochtonous case detected (CIRE) Figure 6: Analyse phylogénétique par inférence bayésienne du concatémère partiel HA-NA RUN (28 séquences) Vs. Monde + Pays de la zone Océan Indien Maurice Seychelles/Madagascar Madagascar