Comparaison des méthodes d’extraction Abbott et NucliSENS easyMAG (bioMérieux) pour la quantification plasmatique du VIH-1. CONGO Malika Service de Bactériologie.

Présentation au sujet: "Comparaison des méthodes d’extraction Abbott et NucliSENS easyMAG (bioMérieux) pour la quantification plasmatique du VIH-1. CONGO Malika Service de Bactériologie."— Transcription de la présentation:

1 Comparaison des méthodes d’extraction Abbott et NucliSENS easyMAG (bioMérieux) pour la quantification plasmatique du VIH-1. CONGO Malika Service de Bactériologie Virologie CHU-Yalgado Ouédraogo, Ouagadougou (Burkina Faso) CISMA/ICASA 2011 Addis Abéba (Ethiopie): 04 – 08 décembre 2011

2 PLAN DE LA PRESENTATION Contexte Objectif Méthodes Résultats Conclusion Remerciements

3 CONTEXTE (1/3): Epidémiologie du VIH/Sida au Burkina Faso (CMLS/santé) Prévalence du VIH (2010):1,2 % Nombre estimé de PvVIH (2010):188 400 Nombre de personnes infectées (2010) :54 666 – Sous traitement ARV: 30 144 Types de VIH en circulation – VIH-1 (CRF02_AG, CRF06_cpx, A, G,..) – VIH-2 – VIH-1/2

4 CONTEXTE (2/3) Mesure de la Charge virale plasmatique du VIH – Techniques moléculaires PCR classique (mesure en point final) PCR en temps réel – Autres techniques Types de trousses pour extraction des AN au CHUYO – Technique Boom (extraction générique) – Technique Abbott (extraction de l’ARN). Etapes « clés » de mesure de CVP par techniques moléculaires : – Extraction des acides nucléiques, étape critique – Amplification-détection des acides nucléiques extraits.

5 CONTEXTE (3/3) Intérêts de la Mesure de charge virale du VIH – Outil du suivi virologique des patients infectés avec ou sans traitement antirétroviral (TARV). – Expose l’immense «partie cachée» de l’iceberg chez PvVIH – Indicateur précoce de l’efficacité du TARV Utilisation au Burkina Faso (CHUYO) – LCx (Abbott) en 2003 – m2000rt (Abbott) en 2006 – NucliSens EasyQ (Bio-Mérieux) en 2007 – EasyMAG (Bio-Mérieux) en 2011

6 OBJECTIF Comparer les performances de la technique d’extraction manuelle d’Abbott (Abbott Molecular) à celles de la technique d’extraction Boom automatisée sur NucliSENS easyMAG (bioMérieux).

7 METHODES (1/3) : Source des échantillons Patients suivis au CHU Yalgado Ouédraogo (Ouagadougou, Burkina Faso) 109 échantillons de plasma – 79 patients VIH-1 sous traitement ARV – 30 patients VIH-1 naïfs

8 METHODES (2/3) Echantillons Lyse Extrait pur d’ADN et d’ARN Tampon de lyse + Particules Magnétique s + contrôle interne Ajout d’échant. et incubation à 50°C 20 minutes Capture de Particules LavageCapture de Particules ElutionCapture de Particules Au total 4 cycles de lavage et Capture 1 stade élution 70°C 20 minutes 0,6 ou 1 ml Plasma Eluat ARN Technique bioMérieux Technique ABBOTT

9 METHODES (3/3) Traitement des échantillons ETAPESTECHNIQUE ABBOTTTECHNIQUE bioMérieux Lyse de particules virales et des protéines Kit Abbott Capture des acides nucléiques -Particules d’oxyde ferrique -ARN viral -Boom (silice), -ARN +ADN viraux LavageProcédure manuelleAutomatisé sur EasyMag (bioMérieux) ElutionManuelleAutomatisé sur EasyMag (bioMérieux) Amplification /Détection des acides nucléiques m2000rt (Abbott Molecular)

10 RESULTATS (1/5) CARACTERISTIQUES DES PATIENTS Nombre/Moyenne Age moyen (ans)37,9 [ 2-66] Sex ratio0,49 Patients sous TARV79 2INTI + 1INNTI (1 ère ligne)65 2INTI +1IP boosté (2 ème ligne)14

11 RESULTATS (2/5) CVP patients naïfs et sous ARV Patients naïfsPatients sous ARV CVPABBOTTNUCLISENSABBOTTNUCLISENS Indétect.001225 LogCVP≤3133724 3<LogCVP≤5691314 LogCVP>523181716 TOTAL30 79

12 RESULTATS (3/5) RESULTATS CHARGES VIRALESTECHNIQUE ABBOTTTECHNIQUE BIOMERIEUX MEDIANE (Log)4,98 [3,54 – 5,20]4,83 [3,81 – 5,06] test Wilcoxon échantillons appariés, p<0.0032, significatif

13 RESULTATS (4/5) Analyse de concordance des méthodes Abbott et bioMérieux d’extraction des AN Bland-Altman : 96,4% (81/84) des mesures dans les limites ± 1,96 SD (- 1,2 à 1,4), moyenne des différences 0,1 Log, mais >0,5 Log pour 7 mesures

14 RESULTATS (5/5) c corrélation entre méthodes Abbott et bioMérieux d’extraction des AN Corrélation entre les 2 techniques d’extraction: r= 0,91, bonne p<0, 0001

15 CONCLUSION (1/1) Les 2 méthodes d’extraction (Abbott et bioMérieux) sont utilisables pour la mesure de charge virale plasmatique du VIH-1. la technique d’extraction d’Abbott semblerait plus adéquate pour les charges virales plus basses Des travaux sont en cours pour l’application de la technique d’extraction d’Abbott au diagnostic moléculaire précoce de l’infection à VIH et le suivi virologique des enfants nés de mères VIH1+, sous prophylaxie antirétrovirale. (PTME)

16 REMERCIEMENTS Personnel du Service de Bactériologie-Virologie (CHUYO) Services cliniques de suivi des patients au CHUYO Tous les PvVIH du Burkina Faso et d’ailleurs Organisateurs de CISMA/ICASA 2011 Addis-Abéba (Ethiopie) pour l’accueil.