TUTORIEL FONCTIONNEMENT D'ISIS-FISH PREMIERS-PAS.

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1 TUTORIEL FONCTIONNEMENT D'ISIS-FISH PREMIERS-PAS

2 SAISIE D'UNE BASE

3 ARBRE DE NAVIGATION Permet d'accéder aux éléments de la base. Pour accéder aux éléments de la base, cliquer sur les nœuds concernés.

4 1. Entrer le nom de la nouvelle base et valider 2. Définir les extrémités de la zone de pêche et la résolution spatiale 3. Importer un fichier de mailles si déjà construit 4. Vérification de la saisie 5. Sauver de la saisie 6. Continuer vers l'écran suivant DEFINITION DE LA NOUVELLE BASE Note : Plus d'aide sur les cartes est disponible sur le site d'ISIS-Fish

5 SAISIE DES MAILLES 1. Sélectionner la maille 2. Localisation de la maille (en vert) 3. Définir le type de maille (mer/terre) 4. Sauver la saisie 5. Continuer vers l'écran suivant

6 SAISIE DES ZONES 1. Ajouter une zone 3. Sélectionner les mailles de la zone 4. Représentation de la zone (en vert) 2. Rentrer le nom de la zone 5. Sauver la saisie 6. Continuer vers l'écran suivant

7 SAISIE DES PORTS 1. Créer un nouveau port 2. Remplir le nom du port 3. Choisir la maille du port 4. Sauver la saisie 5.Continuer vers l'écran suivant

8 SAISIE DES ESPECES 1. Ajouter une espèce 2. Saisie des informations - Nom d'espèce - Code Rubbin 3. Saisie de la structure de l'espèce 4. Sauver la saisie 5. Continuer vers l'écran suivant

9 SAISIE DES POPULATIONS 1. Ajouter une population 2. Entrer le nom de la population 5. Écrire l'équation de croissance (cf. diapo 17) 6. Écrire l'équation de croissance inverse (cf. diapo 17) 3. Recruter les classes (diapos 9 à 13) 4. Sélectionner le groupe de maturité 7. Sauver la saisie8. Continuer vers l'écran suivant

10 CREER LES GROUPES DE POPULATION – STRUCTURE EN AGE 1. Entrer l'age minimal2. Entrer l'âge maximal 3. Valider deux fois

11 CHOIX DU MODE DE CREATION DE GROUPE – STRUCTURE EN LONGUEUR 1. Choisir une méthode 2. Aller à l'écran de saisie

12 CREER LES GROUPES DE POPULATION PAR SAISIE DE VALEURS STRUCTURE EN LONGUEUR 1. Entrer la première taille 2. Entrer la taille maximale de chaque groupe (valeurs séparées par un ';') La taille maximale d'un groupe est la taille minimale du suivant. Valider la saisie

13 CREER LES GROUPES DE POPULATION DE TAILLE EGALE – STRUCTURE EN LONGUEUR 1. Entrer la première taille 2. Entrer le nombre de groupes 3. Entrer la taille des groupes 4. Valider

14 CREER LES GROUPES DE POPULATION PAR EQUATION – STRUCTURE EN LONGUEUR 1. Entrer le premier groupe 2. Entrer le nombre de groupes 3. Entrer le pas de temps en mois 4. Valider

15 1. Sélectionner les zones de présence d'une population 2. Sélectionner les zones de reproduction 3. Sélectionner les zones de recrutement 4. Entrer la matrice Reproduction/Recrutement 5. Sauver la saisie 6. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES ZONES

16 SAISIE DES SAISONS 1. Ajouter une saison 2. Déterminer les bornes de la saison 3. Déterminer si il y a changement de groupe 4. Déterminer l'utilisation d'une matrice de reproduction 5. Remplir la matrice de reproduction si utilisée 6. Sauver la saisie 7. Continuer vers l'écran suivant

17 1. Choisir une population 2. Écrire l'équation taux de mortalité naturelle 3. Choisir une population 4. Écrire l'équation poids moyen 5. Choisir une population 6. Écrire l'équation prix 7. Sauver la saisie 8. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES EQUATIONS

18 EDITER UNE EQUATION Contexte de l'équation : - Variables disponibles - Type des variables 1. Rédiger l'équation 2. Vérifier la syntaxe 3. Valider Pour plus d'informations, se référer au site d'ISIS-Fish

19 SAISIE DES REPRODUCTIONS 1. Rédiger l'équation de reproduction 2. Définir le nombre de mois entre ponte et recrutement 3. Créer la matrice de distribution du recrutement 4. Entrer le nombre de mois de recrutement dans la pop-up 5. Remplir la matrice de distribution du recrutement 6. Continuer vers l'écran suivant

20 1. Choisir un groupe de population 2. Remplir la matrice de taux de mortalité naturelle (si pas d'équation utilisée) 3. Remplir le taux de reproduction (si pas d'équation utilisée) 4. Sauver la saisie 5. Réitérer pour chaque groupe6. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES GROUPES DE POPULATION

21 1. Remplir la matrice de capturabilité2. Sauver la saisie3. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DE LA CAPTURABILITE

22 SAISIE DES MIGRATIONS-MATRICE 1. Sélectionner une saison 2. Choisir un groupe de population 3. Choisir une zone de départ 4. Choisir une zone d'arrivée 5. Déterminer le coefficient de migration 6. Ajouter la migration 7. Réitérer pour toutes les migrations, immigrations et émigrations 8. Enregistrer la saisie 9. Continuer vers l'écran suivant

23 SAISIE DES MIGRATIONS-EQUATION1. Sélectionner une saison 2. Utiliser les équations 3. Rédiger les équations de migration, immigration et émigration (cf. diapo17) 4. Enregistrer la saisie 5. Continuer vers l'écran suivant

24 1. Ajouter un engin 2. Remplir les informations de l'engin - Nom - Unité d'effort - Facteur de standardisation - Paramètre technique - Gamme de valeur du paramètre technique 3. Sauver la saisie 4. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES ENGINS

25 SAISIE DE LA SELECTIVITE DES ENGINS 1. Sélectionner une population 2. Éditer l'équation de sélectivité (cf. diapo 17) 3. Ajouter l'équation de sélectivité 4. L'équation apparaît dans la liste 5. Sauver la saisie 6. Continuer vers l'écran suivant

26 SAISIE DES METIERS 1. Ajouter un métier 2. Remplir les infos du métier - Nom - Type d'engin - Valeur du paramètre technique de l'engin 3. Continuer vers l'écran suivant

27 SAISIE DES SAISONS/ZONES DU METIER 1. Sélectionner la saison du métier 2. Sélectionner la zone du métier 3. Sauver la saisie 4. Continuer vers l'écran suivant

28 1. Sélectionner une saison 2. Sélectionner une espèce 3. Entrer le facteur de ciblage 4. Déterminer si l'espèce est l'espèce principale du métier 5. Ajouter cette espèce capturable 6. Une ligne doit se rajouter dans la liste 7. Sauver la saisie 8. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES ESPECES CAPTURABLES

29 SAISIE DES TYPES DE MAREE 1. Ajouter un type de marée 2. Entrer les informations sur la marée - Nom - Durée (en h) - Temps minimal entre deux voyages (en h) 3. Sauver la saisie 4. Continuer vers l'écran suivant

30 1. Ajouter un type de navire 2. Entrer les informations du navire - Longueur - Vitesse - Durée maximale du trajet - Intervalle d'activité - Taille minimale d'équipage - Coût d'un trajet en fuel 3. Choisir le type de marée 4. Sauver la saisie 5. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES TYPES DE NAVIRE

31 1. Ajouter une flottille 2. Nommer la flottille 3. Choisir le port 4. Déterminer le type de navire 5. Compléter les informations de la flottille 6. Écrire l'équation du paramètre technique (efficacité de pêche) (cf. diapo 17) 7. Sauver la saisie 8. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES FLOTTILLES

32 2. Ajouter les métiers à la liste des métiers pratiqués 3. Supprimer des métiers de la liste si besoin 5. Continuer vers l'écran suivant4. Sauver la saisie SAISIE DES METIERS PRATIQUES 1. Sélectionner les métiers à ajouter

33 3. Remplir les paramètres économiques du métier 2. Remplir les paramètres de l'effort de pêche du métier 1. Sélectionner un métier 4. Sauver 5. Réitérer l'opération pour chaque métier 6. Continuer vers l'écran suivant

34 SAISIE DES STRATEGIES 1. Ajouter une stratégie 2. Nommer la stratégie 3. Déterminer la flottille 4. Déterminer la proportion de navires de la flottille participant à cette stratégie 5. Déterminer l'utilisation d'une équation d'inactivité (ou non) 6. Écrire l'équation d'inactivité (si nécessaire) (cf. diapo 17) 7. Sauver la saisie 8. Continuer vers l'écran suivant

35 SAISIE DES STRATEGIES PAR MOIS

36 LANCEMENT D'UNE SIMULATION

37 1. Aller dans l'onglet de lancement de simulation LANCER L'INTERFACE DE SIMULATION

38 1. Nommer la simulation 2. Choisir la région 3. Saisir le nombre d'années de la simulation SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION

39 1. Sélectionner les stratégies utilisées pendant la simulation SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION Note : Pour simuler la dynamique de population il ne faut choisir aucune stratégie

40 2. Saisir les effectifs initiaux pour chaque population Note : Un clic droit permet d'importer les données de population depuis un fichier CSV (par exemple) SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION 1. Sélectionner les populations

41 1. Sélectionner les règles de gestion SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION 2. Remplir les paramètres des règles Note : Une aide plus complète et de nouvelles règles de gestion sont disponibles sur le site d'ISIS-Fish

42 SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION 1. Déterminer l'utilisation de scripts de pré-simulation

43 SAISIE D'UN SCRIPT DE PRE-SIMULATION 1. Rédiger le script 2. Retourner aux paramètres

44 SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION 1. Déterminer l'utilisation d'un plan de simulation

45 1. Sélectionner le ou les scripts de plan de simulation à utiliser (par exemple pour faire une calibration) 2. Remplir les paramètres de chaque plan 3. Retourner aux paramètres de la simulation SAISIE DES PLANS DE SIMULATION Note : Une aide plus complète est disponible sur le site d'ISIS-Fish

46 2. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES PARAMETRES DE LA SIMULATION 1. Sélectionner le mode de simulation

47 1. Sélectionner les exports à utiliser 2. Sélectionner le dossier d'export 3. Enregistrer les valeurs par défaut. 4. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES EXPORTS A UTILISER Note : Un export est une extraction au format CSV de variables de la simulation

48 1. Sélectionner les résultats a enregistrer 2. Enregistrer les valeurs par défaut 3. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES RESULTATS A ENREGISTRER Note : Un résultat est une variable de la simulation dont il sera possible de visionner l'évolution une fois la simulation terminée.

49 1. Choix du simulateur 2. Paramètres de simulation 3. Niveaux de traçage 4. Ajouter des tags 5. Enregistrer les paramètres par défaut 6. Retour au lancement de la simulation SAISIE DES PARAMETRES AVANCES

50 1. Vérifier les paramètres 2. Lancer la simulation LANCEMENT DE LA SIMULATION

51 Queue de simu QUEUE DE SIMULATION 1. Aller sur la queue de simulation Simulation en coursSimulations en attente Simulations terminées Arrêter la simulation sélectionnée Redémarrer la simulation Voir les logs de la simulation (si terminée) Vider les simulations terminées

52 ECRITURE D'UN SCRIPT POUR UNE MESURE DE GESTION

53 1. Cliquer sur l'onglet Édition LANCER L'INTERFACE D'EDITION

54 1. Sélectionner le package Rule 2. Créer un nouveau script 3. Donner le nom du script dans la pop-up 4. Rédiger le script5. Vérifier la syntaxe 6. Vérifier les résultats de l'analyse de la syntaxe 7. Sauver le script (il est maintenant disponible) Note : Une aide plus complète est disponible sur le site d'ISIS-Fish ECRITURE D'UN SCRIPT

55 VISUALISATION DES RESULTATS D'UNE SIMULATION

56 1. Aller sur l'onglet Visualisation des résultats LANCER L'INTERFACE DE VISUALISATION DES RESULTATS

57 1. Choisir une simulation 2. Ouvrir une fenêtre de résultat OUVRIR UNE SIMULATION

58 1. Choisir la matrice a afficher 2. Choisir les paramètres 3. Afficher les résultats AFFICHER UN RESULTAT

59 1. Choisir le type de rendu de résultat CHOISIR LE RENDU DES RESULTATS

60 LANCEMENT D'UNE ANALYSE DE SENSIBILITE

61 1. Sélectionner l'onglet Analyse de sensibilité LANCER L'INTERFACE D'ANALYSE DE SENSIBILITE

62 1. Se reporter au lancement d'une simulation pour l'onglet des Paramètres 2. Continuer vers l'écran suivant SAISIE DES PARAMETRES DE L'ANALYSE DE SENSIBILITE

63 SELECTION DES FACTEURS 1. Naviguer dans la base pour sélectionner les paramètres dont la sensibilité doit être étudiée 2. Créer un facteur en cliquant sur le paramètre souhaité 3. Les paramètres pouvant être étudiés sont indiqués par un petit icône changeant d'aspect au survol du paramètre 4. Liste des facteurs déjà déterminés 5. Continuer vers l'écran suivant

64 SAISIE D'UN FACTEUR CONTINU A PARTIR D'UN PARAMETRE QUANTITATIF 1. Sélectionner facteur continu 2. Valeur minimale 3. Valeur maximale 4. Enregistrer

65 SAISIE D'UN FACTEUR DISCRET A PARTIR D'UN PARAMETRE QUANTITATIF 1. Sélectionner facteur discret 2. Sélectionner le nombre de modalités et valider 3. Saisir les valeurs de chaque modalité 4. Enregistrer le facteur

66 CONSTRUCTION D'UN FACTEUR CONTINU A PARTIR D'UNE EQUATION 1. Sélectionner facteur continu 2. Ajouter une variable 3. Nom de la variable 4. Valeur de base 5. Coefficient 6. Opérateur 7. Valider la variable 8. Enregistrer le facteur

67 SAISIE D'UN FACTEUR DISCRET A PARTIR D'UNE EQUATION 1. Sélectionner Facteur discret 2. Déterminer le nombre de modalités et valider 3. Écrire l'équation pour chaque modalité 4. Enregistrer le facteur

68 SAISIE D'UN FACTEUR CONTINU A PARTIR D'UNE MATRICE 1. Sélectionner facteur continu 2. Valeur par défaut de la matrice 3. Coefficient 4. Opérateur 5. Enregistrer le facteur

69 SAISIE D'UN FACTEUR DISCRET A PARTIR D'UNE MATRICE 1. Sélectionner Facteur discret 2. Déterminer le nombre de modalités et valider 3. Remplir la matrice pour chaque modalité 4. Enregistrer le facteur

70 1. Choisir une méthode de sensibilité2. Saisir les paramètres de la méthode 3. Si besoin, entrer le nombre de modalités de chaque facteur continu 4. Choisir les variables de sorties du modèle (export) à analyser 5. Rentrer les paramètres pour l'export de chaque variable 6. Continuer vers l'écran suivant CHOIX DE LA METHODE D'ANALYSE DE SENSIBILITE

71 1. Sélectionner les exports autres que les variables à analyser 2. Continuer vers l'écran suivant CHOIX DES EXPORTS SUPLEMENTAIRES

72 1. Sélectionner les résultats à sauvegarder Attention : ils seront sauvegardés pour chaque simulation de l'analyse de sensibilité ! 2. Continuer vers l'écran suivant CHOIX DES RESULTATS A ENREGISTRER

73 1. Choix du simulateur 2. Paramètres de simulation 3. Niveaux de traçage 4. Ajouter des tags 5. Enregistrer les paramètres par défaut 6. Retour au lancement de l'analyse SAISIE DES PARAMETRES AVANCES

74 1. Vérifier les paramètres de l'analyse 2. Lancer l'analyse de sensibilité LANCEMENT DE L'ANALYSE DE SENSIBILITE 3. Continuer vers la visualisation des résultats

75 QUEUE DE SIMULATION Suivre le déroulement de l'analyse de sensibilité dans la queue de simulations Se reporter au lancement d'une simulation pour le fonctionnement de la queue de simulations Une fois les simulation terminées, retourner sur l'interface de sensibilité

76 ANALYSE DES RESULTATS D'ANALYSE DE SENSIBILITE 2. Choisir l'analyse de sensibilité 3. Afficher les résultats 4. Possibilité de relancer l'analyse des résultats si besoin (modification des scripts par exemple) 1. Choisir l'analyse des résultats

77 RECUPERER LES OBJETS DANS R

78 TRAVAILLER AVEC LES RESULTATS DANS R 1. Lancer R (ici en ligne de commande) 2. Changer le répertoire de travail pour pointer sur isis-export (adaptez a votre système Windows/Linux/Mac/...) 3. Chargez le.Rdata qui contient les objets R 4. Vous pouvez maintenant travailler avec R utilisant les objets d'ISIS-Fish - la commande ls() devrait vous aider. - la liste des objets R d'ISIS-Fish est détaillée sur le site du projet.