Documentation Médicale Comment interroger la base de données Pubmed? Ludovic Carron / documentaliste CIRD.

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1 Documentation Médicale Comment interroger la base de données Pubmed? Ludovic Carron / documentaliste CIRD

2 Objectifs Consulter la base de données Pubmed de façon autonome Connaître les principes de base de lutilisation dun langage documentaire Réutilisation de ces principes avec dautres bases de données

3 Plan de la présentation Présentation globale de Pubmed Effectuer une recherche par sujet Fonctions avancées de Pubmed

4 Présentation Pubmed est une base de données bibliographique porté sur les ressources documentaires biomédicales. Pubmed est un service de lUS National Library of Medicine.

5 Possibilités de Pubmed Recherche par sujet Recherche par auteur Recherche par périodique Pubmed peut aussi permettre daccéder au texte intégral de larticle.

6 Visite rapide de linterface

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8 Hinari Hinari permet daccéder en texte intégral à de nombreux périodiques scientifiques. Se connecter à Pubmed à partir de Hinari permet de faciliter laccès à ces ressources (lien vers le texte intégral des articles) http://who.int/hinari/fr

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11 Rechercher des articles avec Pubmed

12 Effectuer une recherche par sujet Exemple de recherche : Je recherche des informations sur la prévention du paludisme par les antibiotiques. Mots-clefs : prévention; paludisme; antibiotique;

13 Terminologie Cismef Le site Terminologie Cismef permet de traduire les termes médicaux utilisés dans le Mesh, le thésaurus de Pubmed. http://terminologiecismef.chu-rouen.fr/ Prenons lexemple du terme paludisme

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15 malaria

16 Langues et langages documentaires… Pubmed est une base de données américaine. Il convient de traduire en langue anglaise les termes employés pour notre recherche. Prévention => prevention Paludism => malaria Antibiotique => Anti-Bacterial Agents

17 Opérateurs booléens ET / AND : Il permet de rechercher des documents contenant obligatoirement plusieurs termes à la fois OU / OR : Il permet de rechercher des documents contenant soit le premier terme, soit le second, soit les deux à la fois SAUF / NOT : Il permet de rechercher des documents contenant un terme mais pas un autre

18 Opérateurs booléens En vert : prevention SAUF malaria Sujet a Sujet b En rouge : prevention ET malaria Ensemble : prevention OU malaria

19 Première équation de recherche dans Pubmed En recherche simple Malaria AND Prevention AND Anti- Bacterial Agents 354 résultats de recherche à léquation.léquation

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21 Utilisation du Thésaurus de Pubmed, le MeSh Le MeSh permet dutiliser une liste organisée de termes, qui sont unifiés et organisés hiérarchiquement. Pour trouver un terme du MeSH, il suffit de sélectionner la base de donnée MeSh et dy entrer le terme recherché. Avant cela, vous pouvez avoir besoin de traduire le terme recherché. Prenons lexemple du terme paludisme.

22 Vers une nouvelle équation de recherche Paludisme => malaria Prevention => Prevention and control (à ajouter en tant que sous sujet (subheading) du terme « malaria ») Anti-Bacterial Agents

23 Malaria Mesh Vers une nouvelle équation de recherche

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25 Elaborer une nouvelle équation de recherche Prevention and control Search box with AND Send to Malaria Malaria/prevention and control[mesh]

26 Hierarchisation des termes dans le MeSH Terme Générique (TG) Terme Spécifique (TS) Descripteur

27 Elaborer une nouvelle équation de recherche Anti-bacterial Agents Malaria/prevention and control[mesh] AND Anti- bacterial Agents[mesh] Send to Search box with AND

28 Equation de recherche Lancer la recherche en cliquant sur Search Pubmed "Malaria/prevention and control"[Mesh] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh] 52 résultats trouvés

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30 Opérateurs [mh] = [mesh], descripteur meSH [majr], descripteur meSH qui est thème principal du document [mh:noexp], descripteur meSH qui ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur [majr:noexp], descripteur meSH thème principal du document, ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur

31 Equation de recherche On souhaite que Malaria/prevention and control soit thème principal des articles recherchés. "Malaria/prevention and control"[Majr] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh] 25 documents trouvés

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33 Affichage des notices Plusieurs modes daffichages des notices sont possibles. Affichage sommaire, résumé, nombre darticles affichés par page, etc. Il est aussi possible de modifier lordre daffichage des articles (par date, par auteur, etc.)

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35 Lire la notice dun document La notice apporte plusieurs informations. Résumé, noms des auteurs, titre de larticle, périodique de publication Le champs descripteur apporte de linformation sur le contenu de larticle, et peut permettre de savoir très rapidement sur quoi porte larticle.

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37 Accès aux documents Sélectionnez larticle qui vous intéresse. Cliquez sur licône qui apparaît en haut à droite de la fenêtre et qui permet daccéder au document. Les documents qui ne sont pas accessibles peuvent être consultés par commande via Refdoc Vérifiez tout de même que le périodique nest pas accessible en texte intégral => parfois Pubmed ne donne pas le lien vers le périodique en ligne.

38 Exemple daccès au document Dans le cas de cet exemple, le document est accessible via la base de données Science Direct. Le périodique concerné est consultable par les utilisateurs. Lien : http://www3.interscience.wiley.com/cgi -bin/fulltext/120747099/PDFSTART http://www3.interscience.wiley.com/cgi -bin/fulltext/120747099/PDFSTART

39 Exemple daccès au document

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43 Limitations à la recherche On souhaite que les documents trouvés soient rédigés en français, ou que ceux- ci soient disponible en texte intégral. Pour ces otions, il faut utiliser loption « limits » de Pubmed

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45 Equation de recherche Léquation de recherche reste la même Documents en français : 2 résultats Disponible en texte intégral : 14 résultats Documents disponible en français ET en texte intégral : 0 résultat

46 Exercice (Application) Votre patient, un adolescent alcoolique, souffre de malnutrition. Vous désirez vous renseigner afin de mieux le soigner. Quelle sera votre démarche afin de trouver de linformation à ce sujet? Effectuez cette même recherche sans utiliser les descripteurs MeSh.

47 Équation utilisée Il sagit ici dune équation possible. Cependant, dautres équations de recherche sont possible pour répondre à cette question. "Malnutrition"[Majr] AND "Alcoholism"[Majr] (Limits: Adolescent: 13-18 years) 14 résultats

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49 Recherche dune référence précise Il faut utiliser longlet « Single citation Matcher », remplir les champs sélectionnés et lancer la recherche Exemple : Trouvez tous les articles de M.Stefanov dans le périodique « Folia Medica »

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51 Recherche dune référence précise

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53 Sauvegarde dune recherche et veille thématique Si un thème ou les travaux dun chercheur qui travaille dans le même domaine que vous, vous intéresse, il est possible de connaître, via votre boîte e- mail, les nouveaux articles publiés et indexés dans Pubmed dun auteur. Pour cela, il faut sinscrire sur le site de Pubmed.inscrire

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55 Sauvegarde dune recherche et veille thématique

56 Une fois cette opération effectuée, vous pouvez sauvegarder vos recherches. Il est possible de recevoir des e-mails vous indiquant les nouveaux articles répondants à votre équation de recherche.

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60 Libre accès / Open access Les publications en libre accès sont des publications qui sont publiés selon un modèle économique différent de la publication traditionnel. Les articles publiés dans les revues éditant selon ce modèle de publication sont disponibles librement sur Internet.

61 Libre accès / Open access Pubmed permet de rechercher uniquement les références éditées dans des revues en libre accès. Pour cela, il faut sélectionner la base PMC à la place de la base Pubmed.

62 Libre accès / Open access

63 Conclusion Utiliser les fonctions avancées de Pumed peut vous permettre de rechercher de linformation pertinente plus aisément. Questions, remarques?

64 A consulter REPERE : Ressources Electroniques, Pour les Etudiants, la Recherche et lenseignement http://issuu.com/elisaformist/docs/repere200 8 http://issuu.com/elisaformist/docs/repere200 8 Liste (exhaustive) de bases de données en langue française en sciences médicales : http://doccismef.chu- rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de% 20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut =0 http://doccismef.chu- rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de% 20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut =0

65 A consulter Tutorial de Pubmed en langue française http://urfist.u- strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/ m1001.html http://urfist.u- strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/ m1001.html Recherche d'informations médicales sur Internet http://www.sfmg.org/Publication/aide_ publication/biblio_internet/index.htm http://www.sfmg.org/Publication/aide_ publication/biblio_internet/index.htm

66 Merci de votre attention