1 Le stage informatique de Masters APIM et PIE (2012/2013) Ivana Hrivnacova Vincent Lafage Basé sur le stage informatique du LAL et IPN par (2005/2006):

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1 1 Le stage informatique de Masters APIM et PIE (2012/2013) Ivana Hrivnacova Vincent Lafage Basé sur le stage informatique du LAL et IPN par (2005/2006): Antoine Pérus Christian Arnault Michel Jouvin Françoise Lefebvre Laurent Garnier De LAL et IPN, Orsay

2 2 Objectifs pédagogiques Approche de l’utilisation de l’informatique dans le cadre des projets de recherche Les mécanismes et outils liés au développement logiciel – La gestion de versions, la documentation Les bonnes pratiques du développement Quelques aspects de la méthodologie objet Des éléments sur quelques technologies couramment pratiquées – Le langage C++ – Définition de structures de données – Algorithmique – Les applications graphiques interactives; la librairie Qt

3 3 Le stage informatique Organisation – 10 séances de 3h – Salles 203 L’équipe pédagogique – Ivana Hrivnacova, Vincent Lafage Le matériel – Un poste de travail sous Mac OS par étudiant/binôme Le poste est autonome au niveau logiciel (pré-configuré) Tous les outils nécessaires au TP sont déjà installés Un compte standard est défini Accès internet pour tout matériel – http://ipnweb.in2p3.fr/rayonnements-energie/informatique/intro.html

4 4 L’application étudiée Nous mettrons en place une application informatique librement inspirée d'une véritable application scientifique (analyse d'image), mais adaptée à nos besoins » – Nous allons commencer par des exercices simples pour maitriser le langage C++ et plusieurs outils – Le code des exercices sera réutilisé dans l'exercice final, DrawQt – Ici, nous allons commencer par un squelette, presque vide mais fonctionnel, d'une application graphique interactive – Ensuite, nous procéderons étape par étape en écrivant les modules fonctionnels À la fin de notre cours, notre application graphique interactive permettra – D’accéder aux images de base ( = lire des données des images) – De traiter ces données – D’appliquer des algorithmes d’analyse

5 5 Les Exercices Premier programme – Le premier programme C++, compilation en ligne avec utilisation directe du compilateur – Mise en place de fichiers, familiarisation avec l'environnement Mac OS Image – Lecture des données à partir d'un fichier, plus de C++ Subversion Shape – Lecture des données à partir d'un fichier, de nouveau – Application des méthodes apprises dans l'exercice Image Shape II – Passage vers le paradigme objets : utilisation des classes – Réécriture du code de l'exercice Shape en « vrai » C++ – Outils Make et Doxygen

6 6 L’application finale : DrawQt Principe – On étudie des images (obtenues à l'aide d’un système d’imagerie à partir d’échantillons biologiques) – Pour caractériser ces images, on va définir manuellement des sous- ensembles (typiquement pour isoler les zones intéressantes) – Ces sous-ensembles sont constitués à partir de zones géométriques diverses (rectangles, polygones, cercles, …) – On appliquera des algorithmes d’analyse sur ces sous-ensembles Comptage, extraction, etc… Demo