Laurence Bianchini Laboratoire de Génétique des Tumeurs Solides

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1 Méthodes de biologie moléculaire adaptées à la génomique des tumeurs solides
Laurence Bianchini Laboratoire de Génétique des Tumeurs Solides CNRS-IRCAN (Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement)

2 PLAN Techniques basées sur la PCR (1) Principe de la PCR
PCR conventionnelle RT-PCR Exemples d’application: recherche de gènes de fusion caractéristiques cas du dermatofibrosarcoma protuberans (DP) cas du synovialosarcome - DOP PCR - RACE-PCR Exemple d’application: identification d’un gène de fusion impliquant HMGA2 dans un cas de lipome

3 PLAN Techniques basées sur la PCR (2)
PCR quantitative ou en temps réel Principe Méthodes de détection Détermination du cycle seuil Quantification de l’expression des ARNm par RT-PCR quantitative Exemple d’application de RT-PCR quantitative

4 PLAN Techniques non basées sur la PCR Southern blot Northern blot

5 PCR Polymerase Chain Reaction

6 Principe de la PCR PCR Polymerase Chain Reaction = amplification en chaîne par polymérase. Procédé permettant de synthétiser in vitro une partie spécifique d'un acide nucléique donné (ADN ou ARN) afin d'en obtenir une quantité suffisante pour le détecter. Essor très rapide utilisation à l’ensemble des laboratoires de biologie moléculaire moins de 3 ans après sa mise au point Kary B. Mullis Découverte en Prix Nobel de chimie en 1993 6

7 PCR Permet d ’obtenir, à partir d ’un échantillon complexe et peu abondant, d ’importantes quantités d ’un fragment d ’ADN spécifique et de longueur définie (million de copies en quelques heures). Succession de réactions de réplication d ’une matrice double brin d ’ADN (amorces ou « primers ») Utilisation des produits de chaque étape de synthèse comme matrices pour les étapes suivantes (amplification exponentielle)

8 Réaction d’amplification dans un tube contenant
ADN cible ou matrice dATP, dGTP, dCTP, dTTP 2 oligonucléotides ou amorces : sens et antisens (primers forward et reverse) 8

9 (primers forward et reverse) encadrent la cible à amplifier
2 oligonucléotides ou amorces : sens et anti-sens (primers forward et reverse) encadrent la cible à amplifier 5’ 3’ ADN cible à amplifier A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G Amorce anti-sens G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C Amorce sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 9

10 Réaction d’amplification dans un tube contenant
             Image dans son contexte Réaction d’amplification dans un tube contenant ADN cible ou matrice dATP, dGTP, dCTP, dTTP 2 oligonucléotides ou amorces : sens et antisens (primer forward et reverse) Taq DNA polymerase (Thermus aquaticus) Tampon Taq DNA polymerase avec MgCl2 10

11 1ère Etape de l’amplification :
Dénaturation des deux brins de l’ADN matrice 5’ 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G 3’ 5’ T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 94 à 95°C pendant 2 à 5 min 3’ 5’ T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G 11

12 2ème Etape de l’amplification : Hybridation des deux amorces
45°C à 55°C pendant 30 à 45s dépend du Tm des amorces 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G Amorce anti-sens G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C Amorce sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 12

13 3ème Etape de l’amplification : Elongation des deux amorces
72°C pendant Xs selon la taille de la cible à amplifier 1000pb/min 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T Amorce sens A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A Amorce anti-sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 13

14 PCR

15 Analyse des produits amplifiés : par electrophorèse en gel d’agarose
Couler le gel Retirer les peignes Bain du gel avec un Intercalant de l ’ADN (BET ou SYBR green) Visualiser des produits PCR sous plaque d ’UV puis photographier le gel Charger les produits PCR Faire migrer les produits PCR 15

16 Image d’un gel d’electrophorese : séparation selon la taille
Poids Moléculaire de référence Témoin négatif 1500 pb Produits amplifiés de la taille attendue 1200 pb 1000 pb 900 pb 800 pb 500 pb 400 pb 16

17 PCR Optimisation du choix des oligonucléotides et des conditions de PCR Nombre de cycles (entre 25 et 40) Optimisation des conditions de PCR: Concentration en MgCl2 Quantité d’ADN matrice Concentration en amorces Spécificité des amorces 18 à 24 nucléotides 40 à 60 % de GC Température d’accrochage des amorces (phase d’ annealing) calculée en fonction du Tm (température de fusion) des deux amorces

18 Optimisation de la concentration en MgCl2
Mg2+ en quantité trop faible: rendement pas assez bon mais Mg2+ en excès: altère la spécificité de la réaction 18

19 Reverse Transcription-PCR
RT-PCR Reverse Transcription-PCR

20 RT-PCR La PCR est réalisée après transcription inverse
d ’un acide ribonucléique (ARN) en ADN complémentaire (ADNc). Mise au point pour utiliser les ARN comme matrice d’amplification de la PCR. Méthode la plus sensible pour détecter les ARN messagers au niveau d’un organe, d’un tissu ou d’une cellule.

21 In vivo Transcription (noyau) In vitro Synthèse d’ADNc et amplification

22 RT-PCR

23 Diagnostic des tumeurs solides
Une application de la RT-PCR : recherche d’un transcrit de fusion spécifique d’un type de tumeur

24 Mécanismes de formation des gènes de fusion

25 Ex: transcrit FUS-DDIT3 et liposarcome myxoïde
Juxtaposition de deux séquences codantes entraînant la formation d’un transcrit et d’une protéine chimérique t(12;16)(q13;p11) LIPOSARCOME MYXOIDE La protéine de fusion FUS-DDIT3 va jouer le rôle de facteur de transcription et induire l’expression de différents gènes intervenant dans la tumorigénèse des liposarcomes myxoïdes

26 Translocations et gènes de fusion dans les sarcomes
Type de sarcome Translocation chromosomique Gène de fusion Sarcome d’Ewing t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG t(7;22)(p22;q12) EWS-ETV1 t(2;22)(q33;q12) EWS-FEV t(17;22)(q21;q12) EWS-EA1F Liposarcome myxoïde t(12;16)(q13;p11) FUS-DDIT3 t(12;22)(q13;q12) EWS-DDIT3 Sarcome à cellules claires EWS-ATF1 Sarcome alvéolaire des tissus mous t(X;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tumeur desmoplastique à petites cellules rondes t(11;22)(p13;q12) EWS-WT1 Chondrosarcome myxoïde t(9;17)(q22;q11) TAF2N-CHN Chondrosarcome myxoïde extra-squelettique t(9;22)(q22;q12) EWS-CHN Fibrosarcome congénital t(12;15)(p13;q25) ETV6-NTRK3 Histiocytome fibreux angiomatoïde TLS-ATF1 Rhabdomyosarcome alvéolaire t(1;13)(p36;q14) PAX7-FRHR t(2;13)(q35;q14) PAX3-FRHR Sarcome stromal endométrial t(7;17)(p15;q21) JAZF1-JJAZ1 Synovialosarcome t(X;18)(p11;q11) SYT-SSX1,2 Dermatofibrosarcoma protuberans t(17;22)(q22;q13.1) COL1A1-PDGFB Osteosarcome indifférencié t(6;22)(p21;q12) POU5F1-EWS

27 Translocations et gènes de fusion dans les carcinomes

28 Dermatofibrosarcoma Protuberans (DP):
principales caractéristiques cliniques Rare : 0,1% des tumeurs Rarement métastatique (~1% des cas) Evolution lente Classiquement chez le jeune adulte Tumeur infiltrante, récidivante Traitement chirurgical par exérèse large (marges 5 cm) Prolifération fuso-cellulaire dermo-hypodermique dense de disposition « storiforme » fortement CD34+ 2

29 DP : analyse cytogénétique et moléculaire
Dermatofibrosarcoma protuberans chez l’adulte : Dermatofibrosarcoma protuberans pédiatriques : Chromosome en anneau surnuméraire 17 22 translocations non équilibrées t(17;22)(q22;q21.3) Analyse moléculaire a mis en évidence la présence d’un même gène de fusion: COL1A1-PDGFB Métaphase COL1A1 PDGFB fusion coupes tumorales congelées ou coupes fixées Noyaux interphasiques COL1A1 fusion PDGFB 4

30 DP : diagnostic moléculaire par RT-PCR
10 kb 1 kb 200 bp ARNm ARNr P C COL1A1 - 17q21 PDGFB 22q12 ~ 3340 bp PDGFB exon 2 Exon 6 à 49 COL1A1 5’ 3’ I II III IV Multiplexes Simplexes Clonage séquençage Stratégie : 3’ 7

31 Exemple de diagnostic par RT-PCR: le synovialosarcome t(X;18)(p11;q11) Détection du gène de fusion SYT/SSX a b c d a b c d 1ère étape: détection du gène de fusion SYT-SSX chez les patients b et d 2ème étape: distinction gène de fusion SYT-SSX1 vs SYT-SSX2 par coupure enzymatique (Taq 1) chez les patients b et c

32 Techniques de PCR non conventionnelle:
DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR RACE-PCR Rapid Amplification of cDNA ends Utilisées en recherche, pas en routine pour les diagnostics

33 Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR
DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR

34 DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR
Méthode universelle pour l’amplification non spécifique et uniforme de l’ADN Peut être utilisée comme étape de préamplification Hybridation in situ sur chromosomes microdissectés Amplification par DOP-PCR Incorporation de nucléotides fluorescents FISH sur chromosomes normaux Grattage 5 à 10 copies 4p Amorces nucléotidiques « dégénérées »: amplification du maximum de séquences cibles d’ADN Amorce de Télénius: 22 bases: 5’ CCGACTCGAGNNNNNNATGTGG 3’ 10 bases en 5’ spécifiques (site de restriction rare), les 6 suivantes sont dégénérées et les 6 bases en 3’ sont spécifiques Reconnaît le plus grand nombre de sites dans le génome humain

35 Rapid Amplification of cDNA ends
RACE-PCR Rapid Amplification of cDNA ends

36 Techniques de PCR (1) Matériel de départ en très petite quantité
RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques

37 Techniques de PCR (2) 5’ RACE PCR 3’ RACE PCR
PCR sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue en 3’, amorce spécifique Séquence inconnue en 5’ 3’ RACE PCR Séquence connue en 5’, amorce spécifique Séquence inconnue en 3’

38 RACE-PCR 5’ RACE-PCR 5’ ? 3’ Gène identifié 3’ RACE-PCR 5’
CCCCC 5’RACE 3’ RACE Anchor sequence

39 Exemple de l’utilisation de 3’ RACE-PCR: détection du gène de fusion HMGA2-MSRB3-NFIB dans un lipome
FISH: HMGA2 exons 1-3 NFIB exons 4-9

40 Techniques de PCR PCR conventionnelle RT-PCR DOP PCR
Matériel de départ en très petite quantité PCR conventionnelle Sur ADN Séquence du fragment à amplifier connue, amorces spécifiques RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques DOP PCR Séquence inconnue, amorces dégénérées 5’ RACE PCR - Séquence connue en 3’, amorce spécifique - Séquence inconnue en 5’

41 PCR Risques de contamination
Principe de la PCR: amplification considérable Risque de contamination très élevé Travail sous une hotte Circuit monodirectionnel extraction et purification préparation des échantillons pour la PCR analyse des échantillons sur gel d’agarose Obligatoire en PCR diagnostique

42 Inconvénients de la PCR classique :
Etape de révélation sur gel d’électrophorèse Risque de contamination quand ouverture du tube N’est pas quantitative 42

43 PCR quantitative (q-PCR) ou en temps réel (Real Time PCR)

44 Principe de la PCR conventionnelle
Dénaturation du double brin d’ADN et hybridation des amorces Amorces, ADN, dNTPs, Taq Pol Elongation 72°C 55°C 95°C x 35 cycles Séparation électrophorétique

45 PCR en temps réel La PCR en temps réel permet la détection et la quantification d’un reporter fluorescent dont l’émission est directement proportionnelle à la quantité d’amplicons générés pendant la réaction de PCR (en temps réel)

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47 PCR conventionnelle versus PCR quantitative
Analyse en point final sur gel d’agarose Phase plateau Analyse dynamique de la PCR quantitative Phase linéaire Phase exponentielle

48 Trois méthodes de détection: (TaqMan, Beacons, Scorpions)
Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan, Beacons, Scorpions) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green)

49 Trois méthodes de détection: (TaqMan, Beacons, Scorpions)
Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan, Beacons, Scorpions) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green) Fluoresces when bound to dsDNA (X1000)

50 PCR quantitative SYBR ®Green
Mesure de fluorescence en fin d’élongation

51 Trois méthodes de détection:
Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green)

52 PCR quantitative avec une sonde TaqMan®
Cette méthode repose sur deux principes : -la présence de deux fluorochromes sur la même sonde -l’activité 5’-exonucléase de la Taq Pol 5’ 3’ FP RP Reporter Quencher 5’ 3’ -Spécificité l’amorce pour la PCR -Spécificité de l’hybridation de la sonde TaqMan

53 Essais 5’ nucléase avec la sonde TaqMan®
Fluorescence 5’ 3’ FP RP R Q -le fluorochrome suppresseur (quencher) inhibe l’émission du fluorochrome émetteur (reporter) lorsqu’ils sont à proximité pas de signal fluorescent émis par le reporteur quand la sonde est intacte

54 Essais 5’ nucléase avec la sonde TaqMan®
-au cours de l’élongation catalysée par la Taq Pol l’activité 5’ nucléase déplace et hydrolyse la sonde 5’ 3’ FP RP R Q 5’ 3’ FP RP R Q -lorsque la polymérisation est complétée, pour chaque molécule d’ADN synthétisée un reporteur émet de la fluorescence.

55 Rn Ct cycle Détermination du Ct (cycle seuil)
10 2O 3O 4O 5O 1 2 3 4 Ct Ct: cycle seuil, cycle de PCR pour lequel le signal fluorescent atteint la valeur du seuil (phase exponentielle) Rn: signal fluorescent normalisé par une référence fluorescente passive Seuil: calculé sur le signal normalisé durant les cycles précoces de la PCR (ligne de base) Bruit de fond Ligne de base

56 Courbes de calibration : comparer les valeurs de Ct
Nombre de copies (log) Fluorescence émise (UA) Ct 106 105 104 103 102 101 Log N = -0,26 Ct + 10,85 R2= 0,998 Nombre de cycles Cycle seuil - Ct Le nombre de cycles nécessaires pour atteindre une fluorescence donnée (phase log-linéaire) est fonction du nombre d’ADN cibles initialement présents Le Ct est directement lié à la quantité de cible présente dans l’échantillon au début de la PCR

57 Quantification absolue
Nombre de copies (log) Cycle seuil - Ct Log N = -0,26 Ct + 10,85 R2= 0,998 Nombre de cycles Fluorescence émise (UA) 101 106 105 104 103 102 Ct Résultat : l’échantillon d’ADN (ex: 25 ng) contient copies du gène cible

58 Transcription inverse de l’ARN en ADNc (reverse transcriptase)
Application de la PCR quantitative: quantification relative des ARNm RT-PCR quantitative tissu Extraction de l’ARN Transcription inverse de l’ARN en ADNc (reverse transcriptase) PCR quantitative

59 Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative
Il faut déterminer: - Un échantillon calibrateur Par rapport auquel sera déterminé le niveau d’expression du gène cible dans les échantillons inconnus Un gène de référence Normalisation de la quantité d’ARN sur laquelle on effectue la RT-PCR

60 Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative
Le gène de référence L’utilisation d’un gène domestique (housekeeping gene) comme référence permet de normaliser: Le processus d’extraction La qualité de l’ARN L’efficacité de l’étape de transcription inverse Importance du choix du gène de référence le plus pertinent

61 Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative
Choisir un calibrateur Représente l’état normal en terme physiologique (normalisation des résultats) Exemples: - culture cellulaire non traitée par une drogue - organe non atteint dans une pathologie - lignée sauvage

62 Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative
Exemples de gènes de référence Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Beta-actin RPLP0 (ribosomal protein large P0)

63 Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative
Ratio Echantillon inconnu = Qté Gène cible / Qté Gène Référence Ratio Echantillon calibrateur = Qté Gène cible / Qté Gène Référence Expression normalisée Gène cible = Ratio Echantillon inconnu / Ratio Echantillon calibrateur

64 Quantification de l ’expression du gene Myc dans des tumeurs du sein par RT-PCR en temps réel
Bieche et al, 1999 Résultats: surexpression de Myc dans tumeur MYC42 (19x) et dans la tumeur MYC98 (5x)

65 Les chromosomes géants ou en anneau sont des marqueurs des liposarcomes bien différenciés
MDM2 12 MDM2 WCP 12

66 Analyse par RT-PCR en temps réel des gènes MDM2 et CDK4 dans des liposarcomes bien différenciés et des lipomes Fold induction Analyse par FISH MDM2

67 HMGA2: un gène clé dans la physiopathologie des tumeurs adipeuses
Amplifié et surexprimé dans les LBD/LDD FISH RT-PCR en temps réel Immunohistochimie 67 67

68 The real-time machine is connected to a computer and software on the computer is needed to run the real time PCR machine in real-time mode.

69

70 3. intensifier 5. ccd detector 350,000 pixels 1. halogen tungsten lamp
2a. excitation filters 2b. emission filters 1. halogen tungsten lamp 4. sample plate 3. intensifier 5. ccd detector 350,000 pixels

71 Avantages de la PCR quantitative
* L’amplification peut être suivie en temps réel * Rapidité et possibilité de traiter un grand nombre d’échantillons en même temps * Pas de traitement post-PCR, meilleur contrôle de la contamination * Gamme dynamique de concentrations très large (5 à 8 log) * Nécessite 1000 fois moins d’ ARN qu’une méthode conventionnelle * Détecte des variations d’expression jusqu’au seuil minimal d’un facteur 2 * Méthode la plus sensible, la plus précise, la plus reproductible * Pas plus chère que la PCR conventionnelle (à l’exception du coût de l’équipement)

72 Techniques de PCR (1) Matériel de départ en très petite quantité
PCR conventionnelle: Sur ADN Séquence du fragment à amplifier connue, amorces spécifiques RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques

73 Techniques de PCR (2) DOP PCR 5’ RACE PCR PCR temps réel
Sur ADN Séquence inconnue, amorces dégénérées 5’ RACE PCR PCR sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue en 3’, amorce spécifique Séquence inconnue en 5’ PCR temps réel Séquence connue, amorces spécifiques RT-PCR temps réel

74 Techniques non basées sur la PCR
le Southern Blot le Northern Blot

75 Southern et Northern blots
Nécessitent un matériel de départ en grande quantité - ADN pour le Southern - ARN pour le Northern

76 Le Southern Blot

77 Southern blot (1) 1- clivage enzymatique de restriction
2- électrophorèse sur gel d’agarose

78 Southern blot (2) 3- dénaturation dans le gel
des fragments de restriction 4- transfert sur support solide par capillarité (buvardage) 5- fixation de l’ADN sur la membrane par cuisson (mb nitrocellulose) ou exposition UV (mb nylon) 6- hybridation avec une sonde marquée complémentaire 7- lavages 8- autoradiographie

79 Le Northern Blot

80 Le Northern Blot (1) Principe identique à celui du Southern Blot mais ce sont les ARN (ARNm) qui sont étudiés (pas de digestion par enzymes de restriction) La visualisation d’un ARN par une sonde permet de: apprécier sa distribution dans les tissus, étudier son abondance relative déterminer sa taille détecter les intermédiaires de maturation et les différentes formes d’épissage de l’ARN

81 Northern blot (2) 1- Extraction des ARNm et purification 1
2- Electrophorèse sur gel d’agarose en conditions dénaturantes 2 3- Visualisation des ARNm par coloration au BET sous UV 4- Transfert des ARNm du gel sur une membrane (nitrocellulose ou nylon) 3 4

82 Northern blot (3) 2 ARNm différents sont liés à la mb.
Incubation de la mb avec une sonde spécifique (ADN simple brin, ARN ou oligonucleotide) homologue à l’un des 2 ARNm présents sur la mb. La sonde porte un indicateur permettant la détection ultérieure du signal. Lavages éliminant la sonde qui n’est pas liée de façon spécifique à l’ARNm sur la mb. L’ARNm A est l’ARNm spécifique complémentaire à la sonde.

83 Exemple de Northern Blot

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85 3’ RACE-PCR Génération des ADNc premiers brins à l’aide d’un primer adaptateur oligo-dT qui s’hybride à la queue polyA et ajoute une séquence adaptatrice spéciale à l’extrémité 5’ de chaque ADNc. PCR: amplification de la région 3’ de l’ADNc à partir d’une région connue dans l’ADNc en utilisant un primer sens (GSP2) et un primer anti-sens complémentaire de la séquence adaptatrice ajoutée.

86 5’ RACE PCR utilisant la technologie CLONTECH® SMART pour la synthèse du cDNA
SMART Oligonucleotide et reverse transcriptase: activité terminal transferase qui ajoute des dC en 3’ du cDNA first-strand. Hybridation de l’oligo SMART à la séquence riche en dC, constitue une ancre sélective qui permet une amplification maximale de séquence en 5’.

87 Principe de la PCR en temps réel (Taqman)
- Sonde fluorescente : Reporter Quencher - Taq DNA pol : Activité 5’Exonuclease 87

88 Quantification de l ’expression du gene Myc dans des tumeurs du sein par RT-PCR en temps réel
Courbes de calibration Bieche et al, 1999