Initiation à la Bioinformatique

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1 Initiation à la Bioinformatique
L3 Module Libre Année universitaire Initiation à la Bioinformatique Jean-Michel RICHER

2 Systèmes d’exploitation Réseau, le modèle Client / Serveur
Premier Cours Systèmes d’exploitation Réseau, le modèle Client / Serveur Compréhension des principes

3 Système d’exploitation
Première partie Système d’exploitation

4 La micro-informatique
Le premier micro-ordinateur serait français ! développé pour l’INRA par André Truong et François Gernelle 1973 Le Micral N 8500 F Intel 8008 + Ecran + Clavier + Disque dur

5 La micro-informatique
Tout commença dans un garage… 1976 Steve Jobs et Steve Wozniak mettent au point le premier Apple MOS 6502 à 1 Mhz 8 ko RAM $666.66 Macintosh 1984 Motorola 68000, 8 Mhz 128 ko RAM $2500

6 La micro-informatique
Diversité des micro-ordinateurs / systèmes Commodore Amstrad Atari Apple Thomson 1977 PET 400 II 1978 1979 1980 1981 Vic20 1982 C64 TO7 1983 600XL IIe/Lisa 1984 CPC464 Macintosh MO5 1985 Amiga 500 CPC6128

7 La micro-informatique
MOS 6502, 8 ko RAM, 8600 F MOS 6502, 5 ko RAM, 2500 F Lecteur disquette 4000 F MOS 6510, 64 ko RAM, 4000 F

8 La micro-informatique
5150 Personal Computer Intel 8088 à 4.77 MHz 64 Ko de Ram, 40 Ko de Rom, lecteur de disquettes 5"25 système d'exploitation PC-DOS 1.0 3000 $ 1981 IBM PC Uniformisation des matériels et logiciels

9 Qu’est qu’un OS Un système d’exploitation (Operating System) est un ensemble de programmes responsables de la liaison entre les ressources matérielles d'un ordinateur et les applications de l'utilisateur (traitement de texte, jeu vidéo...). Il assure le démarrage de l'ordinateur, et fournit aux programmes applicatifs des interfaces standardisées pour les périphériques. (Définition Wikipédia) Les OS Multi-tâches : il permettent d’exécuter plusieurs programmes en parallèle Les OS Multi-utilisateurs : il permettent une utilisation par plusieurs personnes différentes (environnement de travail personnalisé) Exemples d’OS

10 Les 4 OS Principaux Mac OS X (Apple)
Windows XP de Microsoft (MS-DOS, Windows 95/98/Me/NT) pour les PC (Personal Computer) Unix (IBM, Sun, HP) pour les gros systèmes et machines propriétaires (1969) Linux (mis au point par Linus Thorvald, 1991) est un Unix pour PC

11 Linux : un Unix pour PC Unix / Linux utilise le terminal (console) pour réaliser la majorité des traitements (suppression de fichiers et répertoires, création de répertoire, lancement d’un programme) Il existe une couche graphique Xwindows qui permet d’utiliser Unix / Linux comme Windows XP Ainsi que des interfaces graphiques : kde, Gnome

12 Arborescence Linux L’arborescence des fichiers commence avec /
/bin (les programmes) /dev ( /etc (fichiers du système d’exploitation) /usr (autres programmes et librairies) … /home/richer/ /home/richer/public_html

13 Commandes Linux Les commandes sous terminal Linux
Liste des fichiers dans le répertoire courant : ls * Supprimer un fichier rm fichier Afficher un fichier cat fichier.txt

14 Linux Créer un répertoire : mkdir rep Supprimer un répertoire :
rmdir rep Changer de répertoire : cd rep Connaître le répertoire courant : pwd

15 Le modèle Client / Serveur
Deuxième partie Réseau Le modèle Client / Serveur Compréhension des principes

16 Ordinateur (généralement puissant) qui offre des services
Notion de Serveur Qu’est ce qu’un serveur ? Ordinateur (généralement puissant) qui offre des services serveur web (apache) serveur de bases de données (mysql) serveur de courrier électronique (pop, smtp) serveur ftp serveur d’applications … Par extension : un programme chargé de tâches spécifiques

17 Notion de service Il existe différents types de services (réseau) identifiés par un numéro de port : serveur web (apache) : 80 serveur de bases de données (mysql) serveur de courrier électronique (pop 110, smtp 25) serveur ftp : 21 … Sous Unix/Linux, les services sont identifiés dans le fichier : /etc/services

18 Ordinateur qui fait appel aux services offerts par
Notion de Client Qu’est ce qu’un client ? Ordinateur qui fait appel aux services offerts par un serveur Internet ou Réseau local

19 Identification des machines sur un réseau
Adresse IP Dans un réseau, les machines sont identifiées par une adresse IP (Internet Protocol) Internet Réseau local

20 Identification des machines sur un réseau
Sous Linux Connaître le numéro IP d’une machine > cat /etc/hosts > nslookup sirius Nom : sirius.info-ua Address : Connaître le numéro IP de sa machine > ifconfig (ou ipconfig sous Windows XP)

21 Réseau d’ordinateurs Réseau : Interconnexion d’ordinateurs
Il existe plusieurs niveaux de réseaux : PAN (Personal Area Network) LAN (Local) WAN (Wide) La connexion est réalisée par : Câble coaxial Câble RJ 45 Câble téléphonique Fibre optique Ondes (Wifi)

22 Topologies d’un réseau d’ordinateurs
En anneau (ring) Linéaire (bus) En étoile

23 Protocole de communication
Tentative de connexion 1 Envoi d’un message au serveur : « Je désire utiliser ton service web » 2 Le serveur accepte la connexion La tentative peut échouer : serveur en panne, service non autorisé ou non lancé surcharge (trop de connexions)

24 Traitement d’une requête
1 Envoi d’une requête 4 2 3 Le serveur envoie le résultat De la requête au client Le serveur traite la requête Réception des données et affichage

25 Avantages et inconvénients
Centralisation (les données de sont pas dispersées) Inconvénients Le serveur doit être puissant Le débit de la connexion entre client et serveur doit être important Afin d’éviter l’engorgement de la connexion et l’encombrement du serveur On peut créer des sites miroirs (mirrors) : décentralisation

26 Autre modèle Peer to peer (point à point)
Utilisé pour le téléchargement de fichier Un ordinateur fait office de serveur Les autres ordinateurs font office de client et de serveur Avantages convient si serveur peu puissant et connexion réseau à faible débit disponibilité de l’information Inconvénient le faible débit de la connexion entre les ordinateurs impose un temps de téléchargement plus long

27 Point à point

28 Services offerts par un réseau
Services distants Connexion sur une autre machine (telnet, rlogin, ssh) Transfert de fichiers (FTP)

29 File Transfer Protocol
Le FTP consiste à transférer des fichiers entre deux machines

30 telnet, rlogin, ssh Protocoles et programmes qui permettent de se connecter sur une machine distante et d’exécuter des programmes sur la machine distante.