COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?

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1 COMMENT OPTIMISER UNE EXPERIENCE DE MICROARRAY?

2 NOTRE CONTEXTE La maladie: fibrose kystique , delF508 du gène CFTR.
La technologie employée: microarray de type Affymetrix, données numeriques /condition. La problématique: mieux comprendre la maladie en optimisant l'information issue d'une experience de microarray.

3 Pour faire cela, quels sont les problèmes à gérer ?
les problémes liés à la technologie: hybridation non spécifique. les problèmes propres à la méthodologie statistique: gestion des Faux Positifs et des Faux Négatifs, niveau de tolerance accept/e les problèmes liés à la qualité et la quantité des annotations. le problèmes liées à l'interprétation des résultats.

4 Une solution simple au problème simple...
problème de l'hybridation non spécifique peut être facilement vérifiable: analyse des multiprobesets (IGB), PCR. problème de la méthodologie statistique peut-être controlée, en fonction des besoins du chercheurs, et pour l'usage de correctif. Neanmoins, cette étape reste delicate, mais on peut arriver à un consensus!!!

5 La solution développée pour problème plus complexe :
Problème des annotations: 1. Patience: attendre que les gènes soient annotés. Nécéssité : sauvegarde, gestion des données, mise à jour. 2. Croiser les informations issues de plusieurs bases de données, pour obtenir des informations cohérentes , assurer la validité du data-mining.

6 Solution développée pour problème plus complexe :
Problème de l’interprétation des résultats: 1.“Est-ce que le gene qui est différentiellement exprimé est spécifiquement modulé par la condition expérimentale que l’on étudie (la mutation CFTR) ou pour une autre raison?”

7 2. comment relier un ensemble de DEG à une question biologique?
Approche naïve: nDEG = DEG(specif.tissue)+DEG(specif.organisme) DEG(specif.mutation) nDEG = DEG(non specifique )+...+ DEG(specif.mutation) donc : DEG(specif.mutation) = nDEG – DEG(non specifique)

8 COMPARAISON D’EXPERIENCE
CF/NO-CF: Berthiaume (humain, cellules transformées, delF508, HAE, n= 3)) Wright(humain, cellules primaires nasales, delF508, n = 23) Zabner (humain , cellules primaires pulmonaires, delf508, n = 10) Radzioch (souris, knock out, poumons) Xu ( souris , knock out ) Norkina-Kaur( humain, petit intestin) Stress oxidatif: nuli DMNQ versus ATII TNF Transport CFTR CUFI/NULI versus CF/CF avec phenylbutyrate.

9 LE PROJET D’AMELIE 3 questions :
1.Comparaison de trois sources d’annotation. 2.Comparaison d’experiences intra-espèces. 3.Comparaison d’experiences inter-espèces.