Interface de la base de données PubMed (Cours de base: Module 4)

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1 Interface de la base de données PubMed (Cours de base: Module 4)

2 Table des matières Situation actuelle de PubMed (https)
Se connecter à Pubmed Naviguer sur Pubmed Sélectionner une base de données pour la recherche Rechercher dans PubMed Options d’affichage Options d’impression, de sauvegarde et d’envoi All the HINARI/PubMed modules will emphasize skills on how to use PubMed as a tool to identify and access full-text articles. PubMed is the foremost biomedical database that indexes articles from 5,500+ biomedical journals. The skills in these modules include an overview of the PubMed website, using Filters in PubMed, Medical Subject Headings (MESH) and other tools (preview/index, filters and history) for search strategies and using ‘MY NCBI’, a platform that allows you to setup filter tabs in your display area, save searches and receive automatic alerts to new articles added to PubMed. By learning these skills, you will master an invaluable option for utilizing the e- journals that are available via HINARI particularly since you will be able to identify articles available from multiple journals and HINARI associated publishers. Similarly to the first module, you will need access to the Internet and be required to complete a series of exercises. You must login to HINARI and then go to ‘Search inside HINARI full-text using PubMed’ or you will not have access to the full-text articles.

3 Situation actuelle de PubMed (https):
Hinari ne fonctionne actuellement pas avec les sites en https (y compris (including PubMed et Lancet), même si le personnel est en train de travailler sur une nouvelle solution qui fonctionne avec le nouveau système d’authentification. Si vous vous connectez à Hinari/Pubmed et les fonctionnalités présentées dans ce module ne fonctionne pas, allez à l’annexe 1. L’annexe comprend des diapositives de ce que vous verrez dans le cas où Hinari/PubMed ne fonctionne pas correctement et comment contourner le problème. 12 janvier 2017

4 Utilisation de PubMed ‘Linkout’
Lorsque vous lancez une recherche et ouvrez l’affichage “Abstract (résumé)”, ou, si (dans l’affichage “Abstract”, vous utilisez le filtre HINARI placé en haut à droite de la page de résultats, des icones/liens vers le texte intégral de l’article sont affichées. C’est l’option Pubmed Linkout. Cette option N’EST PAS fiable. Parfois, les icones/liens fonctionnent et dans d’autres cas non (HINARI ou un éditeur spécific ou PMC). Au lieu d’avoir accès à la version HTML ou pdf de l’article, on vous demande de “payer” ou de vous “enregistrer” et le mot de passe HINARI ne fonctionnera pas. Premièrement, testez tous les différents icones/liens. Deuxièmement, si aucun icone/lien ne fonctionne, retournez sur la page des contenus HINARI et consultez la liste A-Z de la collection de revues, ouvrez la revue puis le volume/numéro correspondant afin d’accéder au texte intégral. Dans la liste A-Z, le carré vert indique que vous accès à la revue. 12 janvier 2017

5 This option gives you access to citations and possibly full-text of articles that are similar to the original citation. En bas de chaque référence bibliographique, il y a un lien Similar articles. Les résultats de cette recherche comprennent 101 articles dont 56 Free Full Text (texte intégral gratuit) et 38 articles HINARI. 12 janvier 2017

6 Avant de se connecter sur des sites d’éditeurs partenaires, nous nous connectons à HINARI en utilisant l’URL

7 Nous allons entrer notre nom d’utilisateur et notre mot de passe dans les champs appropriés, puis cliquer sur le bouton “Connexion”. Pour avoir accès au article en texte intégral, il faut s’enregistrer correctement. Depuis la migration sur un nouveau serveur d’authentification (jan 2014), nous recommandons vivement l’utilisation de Chrome ou de Mozilla. Si vous utilisez Internet Explorer, vous devrez vous identifier deux fois.

8 Une fois que vous êtes enregistrés sur la page contenu HINARI, accédez à PubMed en cliquant sur Chercher dans HINARI texte intégral. In the HINARI Portal you can access PubMed from the Content page. Click on Search inside HINARI full-text using PubMed.

9 Rappelez-vous d’accéder à Pubmed à travers HINARI, ou vous n’aurez pas accès aux articles en texte intégral. Note – you can open PubMed directly but, by not accessing from HINARI, you will not have the links to the HINARI full-text articles that the publishers have granted access to your institution. You only will have access to free-full text articles.

10 La barre de recherche dans PubMed est active
La barre de recherche dans PubMed est active. Entrez votre requête dans la barre. Dans cet exemple, nous allons entrer une requête pour malaria infections AND africa dans la barre de recherche. Pour lancer la requête, cliquez sur le bouton “Search”.

11 Les résultats de la requête sont présentés dans la partie centrale de la page, dans le format Summary, avec les options 20 par page et triés par plus récent. C’est le paramètre par défaut lorsque vous effectuez une recherche. Remarquez que les deux filtres additionnels pour les articles “Free Full Text“ et HINARI. Ils ont été crées pour les recherches HINARI/PubMed. Sur les 5483 articles, 2499 sont disponibles à travers le filtre HINARI et 2645 avec le filtre Free full text filter (Il y a quelques chevauchements). Some individuals prefer to view the search results with the mix of HINARI and free-full text articles while other prefer using the filters.

12 L’option de tri par Relevance (pertinence)
Notez les options utiles dans la colonne à droite des résultats de recherche. L’option de tri par Relevance (pertinence) Le graphique des résultats par année Liste des titres avec vos termes de recherche Les articles texte intégral de PubMed Central (un dépôt institutionnel de l’institut national de la santé aux USA) Voir la prochaine diapositive pour en savoir plus sur les détails de la recherche Search. Depending on your individual preference, some of the options in the right column will be useful to you.

13 Les détails de la recherche qui inclus tous les champs (mots-clés) pour : malaria, infection, infections et africa ET les termes MeSH (Medical Subject Headings) pour malaria, infection et africa. Les termes MeSH sont assignés par des indexeurs de la Bibliothèque Nationale de Médecine des Etats Unis. Pour plus d’information, rendez vous sur le module 1 du cours avancé. Note how the PubMed search combines keywords with the Medical Subject Headings (MeSH) that are assigned by indexers at the National Library of Medicine (USA).

14 Notez que des liens supplémentaires apparaissent pour les articles gratuits Free Article et Free PMC Article. En cliquant sur ces liens, vous serez redirigés sur la vue Abstract display et pourrez accéder au texte intégral. Notez également que les termes de la recherche sont en gras – malaria, infections et Africa. If you complete a search in ‘regular’ PubMed, these Free Article(s) and Free PMC Article(s) will be in your search results but not the HINARI ones. Remember that there is some overlap.

15 Si vous cliquez sur les liens Free Article or Free PMC Article, vous êtes redirigés vers le format Abstract. Cliquer sur Full text links (liens vers le texte intégral) pour accéder au site de l’éditeur et à l‘article en texte intégral.

16 Vous avez maintenant accès à l’article en texte intégral du journal BioMed Central.

17 Nous allons maintenant sélectionner le bouton pour le format MEDLINE et retenir les options 20 résultats par page et Sort by Most Recent (tri par plus récent).

18 Remarquez le format Abstract Format avec les options 20 per page et Sort by Most Recent (tri par plus récent), affichées la ligne des paramétrages d’affichage. au dessus du résumé. Observez les filtres Free Full Text (texte intégral gratuit) et HINARI. Vous pouvez utiliser ces options selon vos préférences The use of the Abstract display is stressed for two reasons – you can read the abstract to confirm if this is an article you want to read and this display format has links to the free full text and HINARI full-text articles – to be discussed in the notes of the next slide.

19 Après avoir cliqué sur le format Abstract, une liste de tous les articles apparait, comprenant les icônes HINARI, des éditeurs et/ou Free Full Text. En cliquant sur l’icône HINARI icon ou l’icône de l’éditeur, l’article en texte intégral va s’afficher. Notez que certains articles auront à la fois une icône HINARI et Free Full Text dans le format Abstract. This point is critical. The Abstract format contains the icons/links to the full text. This PubMed program is called Linkout as it links to full-text articles you are able to access – either as free full text articles or those from HINARI. Note – the Linkout program does not work 100% of the time. If the HINARI icon does not work properly, click on the link to the publisher. If neither work, you will need to return to the HINARI Content page and try to access the journal article through the Journal Collection A-Z list or Publishers’ list. ‘Access Problems and Solutions’ are discussed in the Basic Course Module 3 Appendix in a presentation with that title.

20 En 2010, PubMed a amélioré l’affichage Abstract
En 2010, PubMed a amélioré l’affichage Abstract. Pour les ‘abstracts structurés’, les en-têtes- clés (INTRODUCTION/BACKGROUND, METHODS AND FINDINGS RESULTS and/or, CONCLUSIONS and KEYWORDS) sont mis en évidence au début de chaque paragraphe. Approximativement 20% des références dans PubMed utilisent ce format structuré. This format is quite useful as it clearly outlines the contents of the article.

21 En bas de chaque référence, il y a une option Similar articles pour les articles similaires. Les résultats de cette requête est de101 articles avec 56 articles en texte intégral et 38 articles HINARI. This option gives you access to citations and possibly full-text of articles that are similar to the original citation.