Duplication du génome du poisson teleost

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1 Duplication du génome du poisson teleost
BIO INFO MATHS HANAHEM Wassim – L3 INFO Cours de Biologie Computationnelle

2 Introduction Tetraodon nigrovidis : plus petit génome parmi les vertébrés Comparaison de gènes  identifier des gènes qu’on pensait absents  Les protéines de poissons ont divergé plus vite que les mammifères Découverte de 900 gènes humains WGD a affecté la lignée  possibilité d’inférer la structure du génome de l’ancêtre des vertébrés  composé de 12 chromosomes

3 On utilise des Takifugu rubripes Ressemble à Tetraodon
Plus petits génomes (vertébrés) Divergé du même ancêtre commun (18-30 Ma) Ancêtre commun avec mammifères : 450 Ma La distribution des gènes dupliqués dans le génome révèlent un pattern de couplage de chromosomes. Les orthologues avec le génome humain montrent clairement une ancienne WGD suivie par une perte de gènes dupliqués

4 Séquençage Whole Genome Shotgun @MIT & Harvard Programme : Arachne
Résultats : 49,609 contigs  312 Mb Soit 91,9% du génome (avec gaps) Connectés en scaffolds : 342Mb

5 Assemblage Ajout de données supplémentaires
Hybridation sur des chromosomes de bactéries  mise en évidence par radioactivité Jonction de 2563 scaffolds en 128 ultracontigs  81,3% de couverture Ancrage de 39 ultracontigs (les plus grands) sur des chromosomes Liens inter-contigs corrects à > 99%

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7 Whole Genome Duplication
Gènes dupliqués sur des chromosomes paralogues Ks entre les copies de gènes 75% sont d’anciennes duplications Grande probabilités d’existence de copies Comparaisons entre espèces proches Synténie Correspondances multiples avec des segments de chromosomes humains

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9 Scénario d’évolution Ancienne WGD Perte de gènes Mutations-Évolution

10 Exemple synténie Forte correspondence de genes entre Chr 9 et Chr 7 du poulet et du zebrafish Autre prevue de la WGD

11 Merci de votre attention